From 619923288350265663d9391f5e041fc71bfe9d89 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Robert Bossy <Robert.Bossy@inra.fr> Date: Thu, 14 Sep 2023 19:46:47 +0200 Subject: [PATCH] added roots --- resources/ON-roots.yaml | 151 +++++++++++++++++++++++++++++++ resources/mammalia-roots.yaml | 3 + resources/seed-plants-roots.yaml | 3 + resources/vecteurs-roots.yaml | 16 ++++ 4 files changed, 173 insertions(+) create mode 100644 resources/ON-roots.yaml create mode 100644 resources/mammalia-roots.yaml create mode 100644 resources/seed-plants-roots.yaml create mode 100644 resources/vecteurs-roots.yaml diff --git a/resources/ON-roots.yaml b/resources/ON-roots.yaml new file mode 100644 index 0000000..2517e2f --- /dev/null +++ b/resources/ON-roots.yaml @@ -0,0 +1,151 @@ +- name: Hexapoda + taxid: ncbi:6960 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33154/ncbi:33208/ncbi:6072/ncbi:33213/ncbi:33317/ncbi:1206794/ncbi:88770/ncbi:6656/ncbi:197563/ncbi:197562/ncbi:6960 +- name: Acari + taxid: ncbi:6933 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33154/ncbi:33208/ncbi:6072/ncbi:33213/ncbi:33317/ncbi:1206794/ncbi:88770/ncbi:6656/ncbi:6843/ncbi:6854/ncbi:6933 +- mesh-id: D056893 + mesh-tree: B01.043 + name: Alveolata + taxid: ncbi:33630 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:2698737/ncbi:33630 +- mesh-id: D056894 + mesh-tree: B01.046 + name: Amoebozoa + taxid: ncbi:554915 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:554915 +- mesh-id: D001105 + mesh-tree: B02 + name: Archaea + taxid: ncbi:2157 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2157 +- mesh-id: D001419 + mesh-tree: B03 + name: Bacteria + taxid: ncbi:2 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2 +- mesh-id: D000077105 + mesh-tree: B01.650.940.150.511 + name: Chlamydomonadales + taxid: ncbi:3042 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33090/ncbi:3041/ncbi:2692248/ncbi:3166/ncbi:2812636/ncbi:3042 +- mesh-id: D002708 + mesh-tree: B01.650.940.150.469 + name: Chlorella + taxid: ncbi:3071 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33090/ncbi:3041/ncbi:2692248/ncbi:75966/ncbi:35460/ncbi:35461/ncbi:2511126/ncbi:3071 +- mesh-id: D056897 + mesh-tree: B01.175 + name: Choanoflagellida + taxid: ncbi:28009 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33154/ncbi:28009 +- mesh-id: D044785 + mesh-tree: B01.206 + name: Cryptophyta + taxid: ncbi:3027 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:3027 +- mesh-id: D058114 + mesh-tree: B01.650.940.800.150.200 + name: Desmidiales + taxid: ncbi:131210 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33090/ncbi:35493/ncbi:131221/ncbi:131209/ncbi:2684882/ncbi:131210 +- mesh-id: D016828 + mesh-tree: B01.237 + name: Diplomonadida + taxid: ncbi:5738 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:2611341/ncbi:207245/ncbi:5738 +- mesh-id: D056898 + mesh-tree: B01.268 + name: Euglenozoa + taxid: ncbi:33682 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:2611352/ncbi:33682 +- mesh-id: D005658 + mesh-tree: B01.300 + name: Fungi + taxid: ncbi:4751 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33154/ncbi:4751 +- mesh-id: D058108 + mesh-tree: B01.650.232 + name: Glaucocystophyceae + taxid: ncbi:38254 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:38254 +- mesh-id: D058087 + mesh-tree: B01.400 + name: Haptophyta + taxid: ncbi:2830 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:2608109/ncbi:2830 +- mesh-id: D050298 + mesh-tree: B01.500 + name: Ichthyosporea + taxid: ncbi:127916 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33154/ncbi:127916 +- mesh-id: D009348 + mesh-tree: B01.050.500.500.294 + name: Nematoda + taxid: ncbi:6231 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33154/ncbi:33208/ncbi:6072/ncbi:33213/ncbi:33317/ncbi:1206794/ncbi:6231 +- mesh-id: D056899 + mesh-tree: B01.625 + name: Oxymonadida + taxid: ncbi:66288 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:2611341/ncbi:2662611/ncbi:66288 +- mesh-id: D056900 + mesh-tree: B01.630 + name: Parabasalia + taxid: ncbi:5719 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:2611341/ncbi:5719 +- mesh-id: D011525 + mesh-tree: B01.650.940.150.634 + name: Prototheca + taxid: ncbi:3110 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33090/ncbi:3041/ncbi:2692248/ncbi:75966/ncbi:35460/ncbi:35461/ncbi:3110 +- mesh-id: D056919 + mesh-tree: B01.675 + name: Retortamonadidae + taxid: ncbi:193075 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:2611341/ncbi:207245/ncbi:193075 +- mesh-id: D056901 + mesh-tree: B01.680 + name: Rhizaria + taxid: ncbi:543769 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:2698737/ncbi:543769 +- mesh-id: D058009 + mesh-tree: B01.750 + name: Stramenopiles + taxid: ncbi:33634 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:2698737/ncbi:33634 +- mesh-id: D014780 + mesh-tree: B04 + name: Viruses + taxid: ncbi:10239 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:10239 +- mesh-id: D008827 + mesh-tree: G06 + name: Microbiological Phenomena +- mesh-id: D008829 + mesh-tree: H01.158.273.540 + name: Microbiology +- mesh-id: D008828 + mesh-tree: E05.200.875,E01.370.225.875 + name: Microbiological Techniques +- mesh-id: D001287 + mesh-tree: G05.360.340.024.079 + name: Attachment Sites, Microbiological +- mesh-id: D064806 + mesh-tree: C23.550.308 + name: Dysbiosis +- mesh-id: D054892 + mesh-tree: G05.360.340.550 + name: Metagenome +- mesh-id: D064349 + mesh-tree: G05.360.340.358 + name: Genome, Microbial +- mesh-id: D056226 + mesh-tree: A20 + name: Bacterial Structures +- mesh-id: D056229 + mesh-tree: A19 + name: Fungal Structures +- mesh-id: D056224 + mesh-tree: A21 + name: Viral Structures diff --git a/resources/mammalia-roots.yaml b/resources/mammalia-roots.yaml new file mode 100644 index 0000000..c5d729b --- /dev/null +++ b/resources/mammalia-roots.yaml @@ -0,0 +1,3 @@ +- name: Mammalia + taxid: ncbi:40674 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33154/ncbi:33208/ncbi:6072/ncbi:33213/ncbi:33511/ncbi:7711/ncbi:89593/ncbi:7742/ncbi:7776/ncbi:117570/ncbi:117571/ncbi:8287/ncbi:1338369/ncbi:32523/ncbi:32524/ncbi:40674 diff --git a/resources/seed-plants-roots.yaml b/resources/seed-plants-roots.yaml new file mode 100644 index 0000000..9b53ad6 --- /dev/null +++ b/resources/seed-plants-roots.yaml @@ -0,0 +1,3 @@ +- name: Spermatophyta + taxid: ncbi:58024 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33090/ncbi:35493/ncbi:131221/ncbi:3193/ncbi:58023/ncbi:78536/ncbi:58024 diff --git a/resources/vecteurs-roots.yaml b/resources/vecteurs-roots.yaml new file mode 100644 index 0000000..4583960 --- /dev/null +++ b/resources/vecteurs-roots.yaml @@ -0,0 +1,16 @@ +- name: Hexapoda + taxid: ncbi:6960 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33154/ncbi:33208/ncbi:6072/ncbi:33213/ncbi:33317/ncbi:1206794/ncbi:88770/ncbi:6656/ncbi:197563/ncbi:197562/ncbi:6960 +- name: Arachnida + taxid: ncbi:6854 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33154/ncbi:33208/ncbi:6072/ncbi:33213/ncbi:33317/ncbi:1206794/ncbi:88770/ncbi:6656/ncbi:6843/ncbi:6854 +- mesh-id: D009348 + mesh-tree: B01.050.500.500.294 + name: Nematoda + taxid: ncbi:6231 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33154/ncbi:33208/ncbi:6072/ncbi:33213/ncbi:33317/ncbi:1206794/ncbi:6231 +- mesh-id: D005658 + mesh-tree: B01.300 + name: Fungi + taxid: ncbi:4751 + taxpath: /ncbi:1/ncbi:131567/ncbi:2759/ncbi:33154/ncbi:4751 -- GitLab