@@ -306,8 +332,43 @@ if (!file.exists("REAL_CHEESE/RPB2.rds")) {
}
```
## Manual curation
```{r, eval=T}
all <- merge_phyloseq(physeq_its1, physeq_its2, physeq_d1d2, physeq_rpb2)
### ITS1
### Déamrche : tous les Meyerozyma guilliermondii controlés puis éliminés car chimères, pour toutes les séquences abondantes (>200 reads) et dont le %id ou %cov sont <95% check par blast et alignement (contre ASVs proches d'un point de vue taxo mais plus abondantes)