pvalues corrigées semblent incorrectes
Si on prend l'exemple de mapping proposé ici : https://docs.google.com/document/d/1lBhSfACFnze-rvA11N767SCNPdlKBPKaqnnSW9zGKfQ/edit?usp=sharing
Si on compare les resultats de la fonction p.adjust de R ( https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/p.adjust.html), on ne trouve pas les memes valeurs pour le test de BH.
En gros, on prend le vecteur de p-values et on applique une des methodes d'ajustement. J'ai pris la colonne de pvalues dans le tableau généré par MetExplore sur mon exemple et j'ai fait tourner les 2 méthodes, BH et Bonferonni. ex : p.adjust(pvals, method="BH")
Et je n'ai pas exactement les memes resultats. Vu comme c'est calculé, plus la p-value est faible, plus la valeur corrigée devrait etre faible egalement, non ? Et là ce n'est pas le cas :
Dans MetExplore : pval BH-corrected 1.14e-4 5.43e-2 -> devrait etre plus faible que pour 1.16e-4 1.16e-4 2.75e-2 1.79e-4 2.84e-2
Dans R : pval BH-corrected 1.14e-04 2.75e-02 1.16e-04 2.75e-02 1.79e-04 2.84e-02
Par contre, ça a l'air d'être bon pour le test de Bonferonni. Je pense que, dans ton code, il y a un probleme quand tu recuperes le rang. Peut etre qu'en utilisant https://jstat.github.io/all.html ?