MetExplore2 issueshttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues2024-01-31T11:52:47+01:00https://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2349import kegg2024-01-31T11:52:47+01:00Florence Vinsonimport keggimport kegg crée une erreur et rien dans le lien jobimport kegg crée une erreur et rien dans le lien jobLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2325Sorting BioSources gives the wrong ordering2023-07-04T07:10:24+02:00Elva-Maria Novoa-Del-ToroSorting BioSources gives the wrong orderingWhen I click on a column name of a numeric column from the table of BioSources of a given organism, I get the wrong ordering. It seems like the numbers are considered strings. For example, 72, 50, 2606, 2420, ... for the descending sorti...When I click on a column name of a numeric column from the table of BioSources of a given organism, I get the wrong ordering. It seems like the numbers are considered strings. For example, 72, 50, 2606, 2420, ... for the descending sorting by the number of metabolites of the E. coli BioSourcesFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2320KEGG import does not work anymore2023-06-21T09:21:33+02:00Ludovic CottretKEGG import does not work anymoreIt's a met4j issue due to changes in KEGG API.It's a met4j issue due to changes in KEGG API.Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2317quand on fait de la curation sur une réaction on perd l'affiche de certains c...2023-04-06T16:07:23+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frquand on fait de la curation sur une réaction on perd l'affiche de certains colonnes dans les gridsFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2316curation des réactions : suppression d'un substrat ne fonctionne pas2023-04-06T16:06:26+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frcuration des réactions : suppression d'un substrat ne fonctionne pasFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2311[grid] décalage colonnes resultat mapping2023-03-24T16:09:54+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.fr[grid] décalage colonnes resultat mappingQuand on fait un mapping sur des métabolites, pour les colonnes de résultats qui sont ajoutées dans la grid "métabolites", il y a un décalage entre le contenu et leur header (il n'y a pas ce problème pour les réactions).Quand on fait un mapping sur des métabolites, pour les colonnes de résultats qui sont ajoutées dans la grid "métabolites", il y a un décalage entre le contenu et leur header (il n'y a pas ce problème pour les réactions).Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2098Resume du mapping sur les pathways à la façon de MapMan2023-02-27T17:25:05+01:00Ludovic CottretResume du mapping sur les pathways à la façon de MapManFuture DevelopmentsFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1575Ajouter un attribut "fixed" au composant d'un réseau curé au maximum2023-02-27T16:44:15+01:00Maxime ChazalvielAjouter un attribut "fixed" au composant d'un réseau curé au maximumQuand un ou plusieurs annotateurs ont curé à fond un objet, avoir la possibilité de mettre "Fixed" pour qu'on n'ait plus à revenir là dessus. On peut imaginer que ca "gele" les votes.
Date: 2015-11-27Quand un ou plusieurs annotateurs ont curé à fond un objet, avoir la possibilité de mettre "Fixed" pour qu'on n'ait plus à revenir là dessus. On peut imaginer que ca "gele" les votes.
Date: 2015-11-27Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2278[met4j-api] retourner 400 quand mauvaise requete2022-06-01T09:45:45+02:00Ludovic Cottret[met4j-api] retourner 400 quand mauvaise requetemetexplore-api/biosourcsblabla/ rend une valeur de retour de 200 alors qu'elle devrait rendre un 400.metexplore-api/biosourcsblabla/ rend une valeur de retour de 200 alors qu'elle devrait rendre un 400.Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1565Crash lors du chargment de deux FVA2022-04-04T14:53:52+02:00Maxime ChazalvielCrash lors du chargment de deux FVAlors de la réalistaion du test [Job management](https://sourceforge.net/p/metexplore/wiki/Tests%20Jobs%20Management/) j'ai voulu charger le resultat des deux analyses de Flux Variability Analysis (fin du test 3)
Le deuxième chargement ...lors de la réalistaion du test [Job management](https://sourceforge.net/p/metexplore/wiki/Tests%20Jobs%20Management/) j'ai voulu charger le resultat des deux analyses de Flux Variability Analysis (fin du test 3)
Le deuxième chargement ne s'est jamais fini et j'ai eu trois fois un message me disant qu'un script JavaScript plantait, avant de me resoudre a fermer la page.
Je ne sait pas si cela arrive souvent de faire et afficher deux FVA en meme temps sur un meme modele c'est pour cela que j'ai mis ce ticket seulement en minor bug.
Date: 2015-11-20
OS: Ubuntu 12.04
navigateur: Chromium Version 37.0.2062.120Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1470Duplicate compartment in SBML2022-04-04T14:53:52+02:00Maxime ChazalvielDuplicate compartment in SBMLLa biosource publique d'E.Coli n°677 contient 2 compartiments "Extra_organism", dont 1 complètement vide.
Ce compartiment apparait en 1 seul exemplaire dans le SBML exporté.
Faire un filtre sur ce compartiment conduit a avoir toute les g...La biosource publique d'E.Coli n°677 contient 2 compartiments "Extra_organism", dont 1 complètement vide.
Ce compartiment apparait en 1 seul exemplaire dans le SBML exporté.
Faire un filtre sur ce compartiment conduit a avoir toute les grids vides Y COMPRIS LA GRID COMPARTMENT. Du coup, impossible de cliquer sur une colone pour supprimer le filtre. Lors d'un essai précédent la grid "Genes" s'est remplie après coup affichant 1261/1261.
Mozilla Firefox for Ubuntu 44.0Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2255[GIR] doc: préciser le format du fichier tabulé2022-02-21T14:39:48+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.fr[GIR] doc: préciser le format du fichier tabuléIl faudrait expliquer davantage dans la doc comment doit être formaté le fichier tabulé.Il faudrait expliquer davantage dans la doc comment doit être formaté le fichier tabulé.Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2262Reaction KO ne fonctionne pas quand lower bound et upper bound fixee2022-02-11T17:16:43+01:00Ludovic CottretReaction KO ne fonctionne pas quand lower bound et upper bound fixeeExemple sur Ralsto (cf TP)
Si on fixe R_EPS_e à 0.62 et qu'on fait une FBA en l'indiquant en reaction KO, ça retourne 0, certainement parce que c'est unfeasible.Exemple sur Ralsto (cf TP)
Si on fixe R_EPS_e à 0.62 et qu'on fait une FBA en l'indiquant en reaction KO, ça retourne 0, certainement parce que c'est unfeasible.Ludovic CottretLudovic Cottret2022-02-25https://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2261Option pour choisir de mapper ou non le resultat de la FBA2022-02-11T15:38:36+01:00Ludovic CottretOption pour choisir de mapper ou non le resultat de la FBALudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1564Pas de mise à jour automatique de la colonne vote après un vote !2022-02-07T16:10:41+01:00Maxime ChazalvielPas de mise à jour automatique de la colonne vote après un vote !Si la colonne Vote Summary est affichée, elle ne se met pas a jour une fois qu'un vote a été effectué par l'utilisateurSi la colonne Vote Summary est affichée, elle ne se met pas a jour une fois qu'un vote a été effectué par l'utilisateurLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1561Export excel en job long2022-01-25T16:20:48+01:00Maxime ChazalvielExport excel en job longPasser l'export Excel en job long. Lorsque l'on exporte un réseau avec des "gros mappings", l'export peut durer plus de 3 minutes, ce qui n'est pas un job court.
Il faudrait faire une classe générique php pour l'export long en job.Passer l'export Excel en job long. Lorsque l'on exporte un réseau avec des "gros mappings", l'export peut durer plus de 3 minutes, ce qui n'est pas un job court.
Il faudrait faire une classe générique php pour l'export long en job.Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1559Valeur de l'attribut "generic" faux dans BioCyc2022-01-25T16:19:46+01:00Maxime ChazalvielValeur de l'attribut "generic" faux dans BioCycA regarder, ça a l'air tout pourri. Ca se passe dès le xml, donc c'est dès la lecture des pathway-tools
en liens avec #92A regarder, ça a l'air tout pourri. Ca se passe dès le xml, donc c'est dès la lecture des pathway-tools
en liens avec #92Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1558Valeur de l'attribut "Side compound" faux dans les réseaux BioCyc2022-01-25T16:19:11+01:00Maxime ChazalvielValeur de l'attribut "Side compound" faux dans les réseaux BioCycLes métabolites sont tous systématiquement side-compounds dans une réaction. On retrouve cette info dans les xml, c'est donc en amont de cette étape qu'existe le problème !!!Les métabolites sont tous systématiquement side-compounds dans une réaction. On retrouve cette info dans les xml, c'est donc en amont de cette étape qu'existe le problème !!!Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1557changer de menu les fonctions "dead reactions" et "orphan"2022-01-25T16:18:23+01:00Maxime Chazalvielchanger de menu les fonctions "dead reactions" et "orphan"Pour l'instant sont dans le menu "FLUX", mais on ne fait pas de flux quand on fait ça, je le mettrais plutôt dans un menu "network checking" par exemple.Pour l'instant sont dans le menu "FLUX", mais on ne fait pas de flux quand on fait ça, je le mettrais plutôt dans un menu "network checking" par exemple.Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1548Bug d'affichage des "short message" quand le zoom est supérieur à 100%2022-01-25T15:38:17+01:00Maxime ChazalvielBug d'affichage des "short message" quand le zoom est supérieur à 100%Quand le zoom du navigateur est supérieur à 100%, le short message passe parfois sur 2 lignes, et la seconde ligne est coupée (voir image jointe)Quand le zoom du navigateur est supérieur à 100%, le short message passe parfois sur 2 lignes, et la seconde ligne est coupée (voir image jointe)Ludovic CottretLudovic Cottret