MetExplore2 issueshttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues2019-05-22T15:19:53+02:00https://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/659Fake from gogs2019-05-22T15:19:53+02:00Maxime ChazalvielFake from gogshttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1074Fake from gogs2019-04-11T15:47:43+02:00Maxime ChazalvielFake from gogshttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1469Problème de rediretion sur la grid Biosource apres la sauvegarde de la biosource2021-10-04T15:12:29+02:00Maxime ChazalvielProblème de rediretion sur la grid Biosource apres la sauvegarde de la biosourceLe bouton "save" du formulaire *add biosource* redirige vers la grid biosource alors que l'on devrai rester dans le panel de curation.
Problème survient lors du chargement de la biosource dans la sessionLe bouton "save" du formulaire *add biosource* redirige vers la grid biosource alors que l'on devrai rester dans le panel de curation.
Problème survient lors du chargement de la biosource dans la sessionFuture DevelopmentsFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1474Metabolites et reactions disparus2020-06-30T10:37:23+02:00Maxime ChazalvielMetabolites et reactions disparusDans le BioSource 3183 (Project Agromics), des metabolites et des reactions ont disparu sans laisser de trace dans l'historique. Je me demande si une des actions ne les a pas effacées sans qu'on s'en rende compte.
ex :
- les metabolites...Dans le BioSource 3183 (Project Agromics), des metabolites et des reactions ont disparu sans laisser de trace dans l'historique. Je me demande si une des actions ne les a pas effacées sans qu'on s'en rende compte.
ex :
- les metabolites de la reaction ASPDECARBOX-RXN
- la réaction PABASYN-RXNHotfixLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1475Remove from visualization - Name of nodes, not working2019-08-23T11:52:53+02:00Maxime ChazalvielRemove from visualization - Name of nodes, not workingViz > Network Manager > Style > Remove from visualization - Name of nodes, not workingViz > Network Manager > Style > Remove from visualization - Name of nodes, not workingApplication note MetExploreVizMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1477Changement style sur les side compounds2019-08-27T11:17:54+02:00Maxime ChazalvielChangement style sur les side compounds2 problèmes :
1) lorsqu'on a modifié le style des métabolites (par exemple dbidentifier au lieu de nom) et qu'ensuite on duplique les side compounds, pour les molécules dupliquées se sont les noms et non les dbidentifiers qui sont affich...2 problèmes :
1) lorsqu'on a modifié le style des métabolites (par exemple dbidentifier au lieu de nom) et qu'ensuite on duplique les side compounds, pour les molécules dupliquées se sont les noms et non les dbidentifiers qui sont affichés (ne prend pas en compte le changement de style effectué précédemment).
2) lorsqu'on duplique les side compounds puis qu'on modifie le style (on choisit dbidentifier au lieu de nom), les dbidentifiers pour les side compounds sont affichés en gros comme pour les autres molécules et non en plus petit comme c'est normalement le cas pour les side compundsApplication note MetExploreVizMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1478Ajouter un bouton > Style par défaut2023-03-10T11:55:23+01:00Maxime ChazalvielAjouter un bouton > Style par défautLorsqu'on fait des modif de style dans la visu
ensuite on change de biosource
on recree une visu
elle est avec ces styles
peut-etre pratique pour l'utilisateur mais si on a fait des styles bizarre, pas tres facile de les supprimer
avoir...Lorsqu'on fait des modif de style dans la visu
ensuite on change de biosource
on recree une visu
elle est avec ces styles
peut-etre pratique pour l'utilisateur mais si on a fait des styles bizarre, pas tres facile de les supprimer
avoir un bouton a cote du bouton appliquer style, un autre bouton recharger les styles par defaut?Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1479Selection metabolite avec l'outil de recherche2023-03-10T11:55:21+01:00Maxime ChazalvielSelection metabolite avec l'outil de rechercheOn n'a pas le focus sur le metabolite selectionné
peut-etre avoir une liste des selection en cours dans une combo ?On n'a pas le focus sur le metabolite selectionné
peut-etre avoir une liste des selection en cours dans une combo ?Application note MetExploreVizJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1481Pouvoir afficher les "convex hull" pour certains compartiments uniquement2019-08-26T16:54:21+02:00Maxime ChazalvielPouvoir afficher les "convex hull" pour certains compartiments uniquementça serait pratique de pouvoir choisir pour quel(s) compartiment(s) on veut mettre un fond coloré. Par exemple, pour le compartiment extracellulaire ça n'est pas forcément pertinent, et comme les métabolites sont en général très dispersés...ça serait pratique de pouvoir choisir pour quel(s) compartiment(s) on veut mettre un fond coloré. Par exemple, pour le compartiment extracellulaire ça n'est pas forcément pertinent, et comme les métabolites sont en général très dispersés ou la périphérie ça recouvre tout le graphe !Application note MetExploreVizMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1482Visualisation du pathway enrichment2023-03-10T11:55:20+01:00Maxime ChazalvielVisualisation du pathway enrichmentLorsqu'on fait un pathway enrichment à partir d'une liste de métabolites ou réactions, ça serait sympa, dans la grid pathways, d'avoir pour chaque pathway significatif, un bouton qui nous permette de visualiser directement le pathway ave...Lorsqu'on fait un pathway enrichment à partir d'une liste de métabolites ou réactions, ça serait sympa, dans la grid pathways, d'avoir pour chaque pathway significatif, un bouton qui nous permette de visualiser directement le pathway avec les reactions ou métabolites mappés (ceux de la liste initiale) -> pour un exemple, cf. site INMEX (joliment fait !)Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1483Longues fonctionnalités2023-03-10T11:55:19+01:00Maxime ChazalvielLongues fonctionnalitésPour chaque fonctionalitées prenant du temps dans la vizu:
Stopper la force;
Ajouter un masque de chargement.
var myMask = metExploreD3.createLoadMask("Remove elements not in path...", 'viz');
if(myMask!= undefined){
metExploreD3.showMas...Pour chaque fonctionalitées prenant du temps dans la vizu:
Stopper la force;
Ajouter un masque de chargement.
var myMask = metExploreD3.createLoadMask("Remove elements not in path...", 'viz');
if(myMask!= undefined){
metExploreD3.showMask(myMask);
metExploreD3.deferFunction(function() {
var vis = d3.select("#"+'viz').select("#D3viz");
if(session!=undefined)
{
// We stop the previous animation
var force = session.getForce();
if(force!=undefined)
{
if(metExploreD3.GraphNetwork.isAnimated('viz')== "true")
force.resume();
}
}
<function>
if(session!=undefined)
{
if(force!=undefined)
{
if(metExploreD3.GraphNetwork.isAnimated("viz")== "true")
force.start();
}
}
metExploreD3.hideMask(myMask);
}, 10);Application note MetExploreVizMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1492Utiliser une regex avant le calcul de masse lors de l'import pour detecter le...2022-01-25T13:31:51+01:00Maxime ChazalvielUtiliser une regex avant le calcul de masse lors de l'import pour detecter les atomes non identifiésavant le calcul de masse lors de l'import utiliser une regex pour détecter ce qui n'est pas dans le tableau périodique.avant le calcul de masse lors de l'import utiliser une regex pour détecter ce qui n'est pas dans le tableau périodique.Future DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1493Optimisation2023-03-10T11:55:18+01:00Maxime ChazalvielOptimisation1.Calculer un arbre couvrant et n'afficher que cet arbre;
2.Lorsqu'il y a de la superposition n'afficher que les noeuds visibles;
3.Afficher les éléments en fonction du nombre d'images par seconde affiché par l'écran;
4.Ne par afficher l...1.Calculer un arbre couvrant et n'afficher que cet arbre;
2.Lorsqu'il y a de la superposition n'afficher que les noeuds visibles;
3.Afficher les éléments en fonction du nombre d'images par seconde affiché par l'écran;
4.Ne par afficher le liens dans le cas ou le graphe est en mouvement;
5.Gérer les paramètres de la force (n'utiliser alpha qu'au début ou en combinaisons avec d'autre;
6.Calcul de collision lorsque le graphe est bien positionné;Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1494Pouvoir dupliquer un side compound en fonction du cas2022-01-25T14:16:19+01:00Maxime ChazalvielPouvoir dupliquer un side compound en fonction du casChoisir sur la visu les noeuds à dupliquer en choisissant les liens.Choisir sur la visu les noeuds à dupliquer en choisissant les liens.Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1495Undo sur les fonction de duplication et de suppression2023-03-10T11:55:17+01:00Maxime ChazalvielUndo sur les fonction de duplication et de suppressionJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1498pouvoir réorganiser les fenêtres lors de la comparaison de réseaux2019-08-26T16:51:12+02:00Maxime Chazalvielpouvoir réorganiser les fenêtres lors de la comparaison de réseauxlorsqu'on compare plusieurs réseaux, ça serait bien de pouvoir ré-organiser les fenêtres comme on le souhaite : par exemple 2x2 pour comparer 4 réseaux, voire pouvoir les afficher dans des fenêtres séparées ?lorsqu'on compare plusieurs réseaux, ça serait bien de pouvoir ré-organiser les fenêtres comme on le souhaite : par exemple 2x2 pour comparer 4 réseaux, voire pouvoir les afficher dans des fenêtres séparées ?Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1499search by attribute : <attr>:<value>2019-08-26T16:51:08+02:00Maxime Chazalvielsearch by attribute : <attr>:<value>Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1501Créer une fenêtre d'information sur le mapping2022-01-25T14:19:36+01:00Maxime ChazalvielCréer une fenêtre d'information sur le mappingVoir D3.js C3.jsVoir D3.js C3.jsMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1504pouvoir revenir au filtre précédent2019-09-12T14:51:26+02:00Maxime Chazalvielpouvoir revenir au filtre précédentLorsqu'on fait plusieurs filtres successifs (un filtre à partir d'un liste déjà filtrée), ça serait pratique de pouvoir supprimer uniquement le dernier filtre (revenir à la 1ère liste filtrée) sans revenir directement à la liste complète.Lorsqu'on fait plusieurs filtres successifs (un filtre à partir d'un liste déjà filtrée), ça serait pratique de pouvoir supprimer uniquement le dernier filtre (revenir à la 1ère liste filtrée) sans revenir directement à la liste complète.Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1511champs présents lors de l'edition mais pas dans la grid reaction2021-04-20T17:33:25+02:00Maxime Chazalvielchamps présents lors de l'edition mais pas dans la grid reactionDans l'edition de reactions, on peut remplir plein de champs mais qu'on ne peut jamais trouver dans MetExplore. Ex : hole reaction, spontaneous, etc.. Il faudrait ajouter ces infos dans la grid en tant que cols supplémentaires...Dans l'edition de reactions, on peut remplir plein de champs mais qu'on ne peut jamais trouver dans MetExplore. Ex : hole reaction, spontaneous, etc.. Il faudrait ajouter ces infos dans la grid en tant que cols supplémentaires...Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1526menus biosource table pas clairs2022-04-04T14:53:35+02:00Maxime Chazalvielmenus biosource table pas clairsLe menu de la table biosource (group table, etc...) n'est pas très clair, il faudrait au moins mettre des séparateurs | pour séparer les items.Le menu de la table biosource (group table, etc...) n'est pas très clair, il faudrait au moins mettre des séparateurs | pour séparer les items.Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1533Stop animation when changing grid2019-08-26T16:49:03+02:00Maxime ChazalvielStop animation when changing gridQuand on par de l'onglet visualizaiont l'animation du dessin continue. Sur un gros réseau, ça ralentit considérablement l'appli !Quand on par de l'onglet visualizaiont l'animation du dessin continue. Sur un gros réseau, ça ralentit considérablement l'appli !Application note MetExploreVizMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1538Add Byocyc Biosources to MetExplore (Ifremer request)2022-01-25T14:29:28+01:00Maxime ChazalvielAdd Byocyc Biosources to MetExplore (Ifremer request)Following Ifremer request, add the following organisms coming from Biocyc:
- penicilium
- mytilus édulis (moule)Following Ifremer request, add the following organisms coming from Biocyc:
- penicilium
- mytilus édulis (moule)Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1539Créer une Doc developpeur2023-02-27T16:30:07+01:00Maxime ChazalvielCréer une Doc developpeurCréer un section doc développeurs dans le wiki.
Y inclure les pages d'installation et de configuration deja crééesCréer un section doc développeurs dans le wiki.
Y inclure les pages d'installation et de configuration deja crééesFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1545[V1] mapping genes on reactions : espace entre le nom des genes2022-01-25T15:31:06+01:00Maxime Chazalviel[V1] mapping genes on reactions : espace entre le nom des genesIl manque des espaces dans la liste des gènes mappes.
En attendant que cette fonction apparaisse dans la v2.Il manque des espaces dans la liste des gènes mappes.
En attendant que cette fonction apparaisse dans la v2.Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1550imiter le nombre de running jobs par utilisateur/session2022-01-25T15:33:51+01:00Maxime Chazalvielimiter le nombre de running jobs par utilisateur/sessionPour éviter qu'ils en lancent une 50aine à la fois... On pourrait limiter à 5 je pensePour éviter qu'ils en lancent une 50aine à la fois... On pourrait limiter à 5 je penseLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1552résultat d'une FBA simple pas entierement visible dans la fenêtre de message2022-01-25T15:38:17+01:00Maxime Chazalvielrésultat d'une FBA simple pas entierement visible dans la fenêtre de messageApres un simple FBA, on ne voit pas complètement la valeur dans la boite de message.
Note:effectuez un zoom pour obtenir ce comportement. Ou avoir une mauvaise résolution (rétroprojecteur)Apres un simple FBA, on ne voit pas complètement la valeur dans la boite de message.
Note:effectuez un zoom pour obtenir ce comportement. Ou avoir une mauvaise résolution (rétroprojecteur)Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1553Compartiment dupliqué dans les BioSource iaf12602022-01-25T15:43:13+01:00Maxime ChazalvielCompartiment dupliqué dans les BioSource iaf1260Il a un compartiment dupliqué Extra_organism qui ne contient aucune réaction : le retirer de la database
IdBiosource 676 et 677Il a un compartiment dupliqué Extra_organism qui ne contient aucune réaction : le retirer de la database
IdBiosource 676 et 677Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1554FBA: résultats sur toutes les réactions2022-01-25T16:16:09+01:00Maxime ChazalvielFBA: résultats sur toutes les réactionsLorsqu'on fait une FBA il faudrait pouvoir avoir également avoir le résultat sur les valeurs des flux pour toutes les réactions du réseau et pas uniquement pour la réaction optimisée.
Lorsqu'on lance la FBA, un message indique que le r...Lorsqu'on fait une FBA il faudrait pouvoir avoir également avoir le résultat sur les valeurs des flux pour toutes les réactions du réseau et pas uniquement pour la réaction optimisée.
Lorsqu'on lance la FBA, un message indique que le résultat du job va apparaître mais aucune trace n’apparaît dans le panel job : ça serait pratique que ça apparaisse également dans la liste des jobs et qu'on puisse ainsi récupérer le résultat (sinon on le perd une fois qu'on a fermé la petite fenêtre)Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1555Pouvoir supprimer plusieurs jobs en même temps2023-02-27T17:00:42+01:00Maxime ChazalvielPouvoir supprimer plusieurs jobs en même tempsQuand on a beaucoup de jobs à supprimer, il peut être très long de devoir confirmer chaque suppression 1 à 1.Quand on a beaucoup de jobs à supprimer, il peut être très long de devoir confirmer chaque suppression 1 à 1.Future DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1562erreur lors de l'export excel2022-02-09T19:52:05+01:00Maxime Chazalvielerreur lors de l'export excelJ'ai le message d'erreur suivant : "export failed: Ajax error!" lorsque j'essaie de faire un export excel à partir d'un réseau sur lequel j'ai réalisé 4 mappings (mappings simples sans conditions). Pour info, je n'avais pas cette erreur ...J'ai le message d'erreur suivant : "export failed: Ajax error!" lorsque j'essaie de faire un export excel à partir d'un réseau sur lequel j'ai réalisé 4 mappings (mappings simples sans conditions). Pour info, je n'avais pas cette erreur hier lorsque je faisais des exports sur des réseaux avec seulement 1 ou 2 mappings.
Voir les Commentaires: https://sourceforge.net/p/metexplore/tickets/675/Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1563Les infos de la colonne "votes summary" non exportées lors de l'export Excel2022-02-10T18:17:35+01:00Maxime ChazalvielLes infos de la colonne "votes summary" non exportées lors de l'export Excellorsqu'on fait un export excel, la colonne "votes summary" de la grid "reactions" est bien exportée mais elle est vide : l'info avec le nombre de votes n'apparait pas.lorsqu'on fait un export excel, la colonne "votes summary" de la grid "reactions" est bien exportée mais elle est vide : l'info avec le nombre de votes n'apparait pas.Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1569la grid des url des doc dans les comment de se rafraichie pas2022-02-11T15:47:25+01:00Maxime Chazalviella grid des url des doc dans les comment de se rafraichie pasCorrespond au point 7 de ce [test](https://sourceforge.net/p/metexplore/wiki/[Test]%20Add%20or%20edit%20comment/)
le delete se fait bien mais la grid n'est pas rafraichie. Si on ferme le comment et qu'on le rouvre, le doc url a bien dis...Correspond au point 7 de ce [test](https://sourceforge.net/p/metexplore/wiki/[Test]%20Add%20or%20edit%20comment/)
le delete se fait bien mais la grid n'est pas rafraichie. Si on ferme le comment et qu'on le rouvre, le doc url a bien disparu
Date: 2015-11-25Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1571Warning maison dans S_History lors de lajout d'un compartiment2022-02-09T11:59:21+01:00Maxime ChazalvielWarning maison dans S_History lors de lajout d'un compartimentLors du test History, test 9 Try to add/update/delete components of the network
l'ajour d'un compartiment entraine des wrning maison dans la console
```
[WARNING][S_History][updateHistory] No idProject defined S_History.js:55:4
[WARNIN...Lors du test History, test 9 Try to add/update/delete components of the network
l'ajour d'un compartiment entraine des wrning maison dans la console
```
[WARNING][S_History][updateHistory] No idProject defined S_History.js:55:4
[WARNING][S_History][updateHistory] No idUser defined S_History.js:61:4
```
Mais dans la grid History du User Panel, l'historique est bien mis a jour
Date: 2015-11-25Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1576afficher la GPR au format texte dans fiche info reactions2023-02-27T14:17:14+01:00Maxime Chazalvielafficher la GPR au format texte dans fiche info reactionsDans la fiche d'info des reactions, ça serait pratique d'afficher la GPR associée (avec les identifiants des gènes et les associations OR ou AND), car sinon l'info des relations entre gènes (AND ou OR) n'est présente qu'à travers la peti...Dans la fiche d'info des reactions, ça serait pratique d'afficher la GPR associée (avec les identifiants des gènes et les associations OR ou AND), car sinon l'info des relations entre gènes (AND ou OR) n'est présente qu'à travers la petite vizu et ça n'est pas toujours facile à lire ...
Date: 2016-01-24Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1578Beacoup de liens mort via les boutons link present sur les grids de Network Data2022-02-07T16:13:07+01:00Maxime ChazalvielBeacoup de liens mort via les boutons link present sur les grids de Network DataPlein de liens sont morts.
solution envisagé : avant la redirection, faire un appel ajax sur cette page et qu'elle ne renvoie pas une erreur (404) ou autre.Plein de liens sont morts.
solution envisagé : avant la redirection, faire un appel ajax sur cette page et qu'elle ne renvoie pas une erreur (404) ou autre.Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1581[filter] perte filtre apres delete2019-05-27T17:34:53+02:00Maxime Chazalviel[filter] perte filtre apres deleteOn perd le filtre quand on delete une reaction (ou autre chose d'ailleurs)On perd le filtre quand on delete une reaction (ou autre chose d'ailleurs)HotfixFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1584Erreur dans la console dans les fichier joint des commebnt2022-02-09T12:04:12+01:00Maxime ChazalvielErreur dans la console dans les fichier joint des commebnterreur dans la console lors d'une description d'un attachment dans un comment
```
Uncaught Ext.JSON.decode(): You're trying to decode an invalid JSON String: {success: false, message: "ERROR in request n°4: You have an error in your SQL...erreur dans la console lors d'une description d'un attachment dans un comment
```
Uncaught Ext.JSON.decode(): You're trying to decode an invalid JSON String: {success: false, message: "ERROR in request n°4: You have an error in your SQL syntax; check the manual that corresponds to your MySQL server version for the right syntax to use near 'Extra_organism" constant="true" spatialDimensions="3" name="Extra_organism" size' at line 1. Please contact an administrator."}```
date: 2016-02-10
cf https://sourceforge.net/p/metexplore/tickets/861/Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1585bouton stop/play forces dans la vizu des GPR2022-02-07T15:00:43+01:00Maxime Chazalvielbouton stop/play forces dans la vizu des GPRQuand on fait stop pour la force il faudrait remplacer le bouton par un bouton play.
Date: 2016-02-10Quand on fait stop pour la force il faudrait remplacer le bouton par un bouton play.
Date: 2016-02-10Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1586Colonnes sans nom dans la window info Reaction2022-02-10T18:59:43+01:00Maxime ChazalvielColonnes sans nom dans la window info ReactionDans la grid "this reaction exists in 1 pathway" on peut rajouter deux colonnes...sans nom.Dans la grid "this reaction exists in 1 pathway" on peut rajouter deux colonnes...sans nom.Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1588Precurseurs et reactions reversibles ?2022-02-07T16:20:34+01:00Maxime ChazalvielPrecurseurs et reactions reversibles ?Pour l'instant, dans le backtrack, les reactions reversibles peuvent etre utilises dans les deux sens. On peut ajouter une option pour dire de n'utiliser chaque reaction reversible que dans un seul sens.
cf :https://sourceforge.net/p/me...Pour l'instant, dans le backtrack, les reactions reversibles peuvent etre utilises dans les deux sens. On peut ajouter une option pour dire de n'utiliser chaque reaction reversible que dans un seul sens.
cf :https://sourceforge.net/p/metexplore/tickets/71/Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1589bouton "Select all metabolites as bootstrap compounds"2022-02-07T16:20:19+01:00Maxime Chazalvielbouton "Select all metabolites as bootstrap compounds"cf https://sourceforge.net/p/metexplore/tickets/82/cf https://sourceforge.net/p/metexplore/tickets/82/Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1591FBA :liste déroulante type reactions2022-02-07T16:21:35+01:00Maxime ChazalvielFBA :liste déroulante type reactionscf https://sourceforge.net/p/metexplore/tickets/88/cf https://sourceforge.net/p/metexplore/tickets/88/Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1594pouvoir filtrer les réactions d'échange2022-02-07T16:22:13+01:00Maxime Chazalvielpouvoir filtrer les réactions d'échangePour les représentations en graphe, ça allègerait le dessin.
cf: https://sourceforge.net/p/metexplore/tickets/93/Pour les représentations en graphe, ça allègerait le dessin.
cf: https://sourceforge.net/p/metexplore/tickets/93/Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1598bug in topo php function2022-02-07T16:24:30+01:00Maxime Chazalvielbug in topo php functionBug quand le metabolite est source ou dead end produit par une seule reaction reversible
cf: https://sourceforge.net/p/metexplore/tickets/167/Bug quand le metabolite est source ou dead end produit par une seule reaction reversible
cf: https://sourceforge.net/p/metexplore/tickets/167/Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1601Import graph from cytoscape2023-03-10T11:55:16+01:00Maxime ChazalvielImport graph from cytoscapeMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1602Faciliter la comparaison2022-02-07T16:23:50+01:00Maxime ChazalvielFaciliter la comparaisonPermettre de mettre en évidence les différences entre les données mappéesPermettre de mettre en évidence les différences entre les données mappéesMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1603Importer des positions via gml ou dot2019-08-26T16:48:40+02:00Maxime ChazalvielImporter des positions via gml ou dotMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1604Créer une fonction de test des variables globales2022-02-07T16:23:19+01:00Maxime ChazalvielCréer une fonction de test des variables globalesMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1606Paramétrer la force en fonction de la connectivité des noeuds2023-03-10T11:55:16+01:00Maxime ChazalvielParamétrer la force en fonction de la connectivité des noeudsJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1610Export .sif and attribute files2022-02-07T16:25:58+01:00Maxime ChazalvielExport .sif and attribute filesExporter le dessin pour pouvoir le visualiser dans Cytoscape.
Solutions :
- .sif et attribute file sous forme de fichiers tabulés
- ou xgmml qui regroupe les deux
- + vizmap.props pour avoir le style MetExplore
Ca serait vraiment bien...Exporter le dessin pour pouvoir le visualiser dans Cytoscape.
Solutions :
- .sif et attribute file sous forme de fichiers tabulés
- ou xgmml qui regroupe les deux
- + vizmap.props pour avoir le style MetExplore
Ca serait vraiment bien pour profiter des features de Cytoscape qui sont difficilement adaptables en version web.Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1611Mettre en évidence les metabolites seulement en substrat ou seulement en produit2019-08-26T16:48:20+02:00Maxime ChazalvielMettre en évidence les metabolites seulement en substrat ou seulement en produitMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1614Seuil sur les valeurs de mapping pour l'affichage des nœuds2019-08-26T16:48:14+02:00Maxime ChazalvielSeuil sur les valeurs de mapping pour l'affichage des nœudsMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1615Choisir si une valeur de mapping est affiché sur le graphe ou pas2019-08-26T16:48:04+02:00Maxime ChazalvielChoisir si une valeur de mapping est affiché sur le graphe ou pasMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1616Highlight des différences ou des similarités entre mapping comparé2023-03-10T11:55:15+01:00Maxime ChazalvielHighlight des différences ou des similarités entre mapping comparéApplication note MetExploreVizMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1617Discrétisation des mappings2023-03-10T11:55:14+01:00Maxime ChazalvielDiscrétisation des mappingsMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1620Extraire le sous réseau d'un réseau mappé avec un seuil2019-08-26T16:46:19+02:00Maxime ChazalvielExtraire le sous réseau d'un réseau mappé avec un seuilMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1621Dessin de graphe hiérarchique -> Graphe couvrant max2019-08-26T16:47:51+02:00Maxime ChazalvielDessin de graphe hiérarchique -> Graphe couvrant maxMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1623Pouvoir paramétrer les légendes2019-08-26T16:46:04+02:00Maxime ChazalvielPouvoir paramétrer les légendesVia les styles ou un menu déroulantVia les styles ou un menu déroulantApplication note MetExploreVizMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1624Paramétrer les couleurs des pathways ou des compartiments2019-08-26T16:45:19+02:00Maxime ChazalvielParamétrer les couleurs des pathways ou des compartimentsApplication note MetExploreVizMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1630Mettre à jour la page wiki des versions2019-09-12T14:53:31+02:00Maxime ChazalvielMettre à jour la page wiki des versionsIl manque la dernière version:
http://vm-metexplore-dev.toulouse.inra.fr:3000/MetExplore/MetExplore2/wiki/Version-historyIl manque la dernière version:
http://vm-metexplore-dev.toulouse.inra.fr:3000/MetExplore/MetExplore2/wiki/Version-historyFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1634Créer un warning suivant le navigateur utilisé2019-09-16T16:20:11+02:00Maxime ChazalvielCréer un warning suivant le navigateur utiliséNous avons identifié des problèmes avec certains navitageurs.
Identifier quand l'utilisateur se sert d'un de ces navigateurs et mettre quand l'utilisateur se connecte et disant qu'il a une "mauvaise" version.
Il faudrait également faire...Nous avons identifié des problèmes avec certains navitageurs.
Identifier quand l'utilisateur se sert d'un de ces navigateurs et mettre quand l'utilisateur se connecte et disant qu'il a une "mauvaise" version.
Il faudrait également faire une page Wiki des navigateurs pour lesquels ça ne passe pas...Future DevelopmentsFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1644mapping à partir d'un fichier2024-03-26T16:11:47+01:00Maxime Chazalvielmapping à partir d'un fichierPour les gros mappings (ex pour moi : plus de 50000 lignes), la solution copier-coller n'est pas tenable (ça freeze et ça met un temps infini (au bout de 5 minutes, je ne suis meme pas sur que ca finisse...). Il faudrait debugger l'impor...Pour les gros mappings (ex pour moi : plus de 50000 lignes), la solution copier-coller n'est pas tenable (ça freeze et ça met un temps infini (au bout de 5 minutes, je ne suis meme pas sur que ca finisse...). Il faudrait debugger l'import à partir d'un fichier et rétablir cette fonction.Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1647table editable mais changements pas sauvés2022-04-04T14:54:07+02:00Maxime Chazalvieltable editable mais changements pas sauvésAttention, c'est vachement trompeur, on peut éditer la table des pathways mais les changements ne peuvent pas être sauvegardés, il faudrait que la table ne soit pas éditable pour éviter les erreursAttention, c'est vachement trompeur, on peut éditer la table des pathways mais les changements ne peuvent pas être sauvegardés, il faudrait que la table ne soit pas éditable pour éviter les erreursFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1649Nombre de mapping / Pouvoir supprimer des mapping à partir de la visu2019-08-23T11:51:56+02:00Maxime ChazalvielNombre de mapping / Pouvoir supprimer des mapping à partir de la visuLorsqu'on fait un import de réseau à partir d'un json, et que l'on fait ensuite des mappings : dans le panel de gauche de la visu, il y a bcp plus de mapping qui sont listés que ceux qui existent "en vrai". Par exemple, j'avais fait 3 ma...Lorsqu'on fait un import de réseau à partir d'un json, et que l'on fait ensuite des mappings : dans le panel de gauche de la visu, il y a bcp plus de mapping qui sont listés que ceux qui existent "en vrai". Par exemple, j'avais fait 3 mappings différents, et dans la vizu, le menu déroulant affichait "mapping 1 / mapping 2 / mapping 1I / mapping 1II / mapping 2I / mapping 2II / mapping 3" !!Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1653style metabolite change les side compounds aussi2022-04-04T14:54:07+02:00Maxime Chazalvielstyle metabolite change les side compounds aussiSi on change la taille des métabolites dans le panel de gauche de MetExploreViz, le style des side compounds est également modifié. Il faudrait un style aussi pour les side compounds.Si on change la taille des métabolites dans le panel de gauche de MetExploreViz, le style des side compounds est également modifié. Il faudrait un style aussi pour les side compounds.Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1656Afficher genes sur visu2023-03-10T11:55:13+01:00Maxime ChazalvielAfficher genes sur visuun truc que je fais souvent à la main : ajouter les gènes qui codent pour la réaction. Ca serait bien dans le menu contextuel de la réaction, pouvoir ajouter sur la visu, à côté de la réaction les gènes impliquésun truc que je fais souvent à la main : ajouter les gènes qui codent pour la réaction. Ca serait bien dans le menu contextuel de la réaction, pouvoir ajouter sur la visu, à côté de la réaction les gènes impliquésMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1659export svg pas fidèle2019-08-26T16:41:55+02:00Maxime Chazalvielexport svg pas fidèleJe ne sais pas si on peut y faire quelque chose mais l'export svg se foire sur les labels des réactions, ça dépasse. On doit reprendre à la main ensuite...
Note : impossible d'attacher le svg...Je ne sais pas si on peut y faire quelque chose mais l'export svg se foire sur les labels des réactions, ça dépasse. On doit reprendre à la main ensuite...
Note : impossible d'attacher le svg...Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1661mettre à jour combo flux lors chargement2019-08-26T16:41:25+02:00Maxime Chazalvielmettre à jour combo flux lors chargementQuand on charge un réseau avec mapping sous forme de flux, le combo à gauche est toujours sur "Continuous" au lieu de "FLux".Quand on charge un réseau avec mapping sous forme de flux, le combo à gauche est toujours sur "Continuous" au lieu de "FLux".Application note MetExploreVizMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1665Visual interaction with mapping2023-02-27T16:49:44+01:00Maxime ChazalvielVisual interaction with mappingMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1666MetExploreViz : afficher le nom de la voie quand on passe la souris sur le cl...2023-03-10T11:54:20+01:00Maxime ChazalvielMetExploreViz : afficher le nom de la voie quand on passe la souris sur le clusterMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1667Pouvoir retirer des arêtes2023-03-10T11:54:19+01:00Maxime ChazalvielPouvoir retirer des arêtesMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1672Permettre le mapping à partir des CHEBI2019-05-22T16:05:40+02:00Maxime ChazalvielPermettre le mapping à partir des CHEBIJustine Team
Alexandrov TeamJustine Team
Alexandrov TeamFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1673pouvoir agrandir les noeuds en fonction du mapping2023-03-10T11:54:18+01:00Maxime Chazalvielpouvoir agrandir les noeuds en fonction du mappingJe sais, on t'a dit que la couleur suffisait mais ce n'est pas tout le temps vrai... particulierement quand on surimpose les pathways ou les compartiments... Il faudrait pouvoir choisir si on joue sur la taille ou la couleur des noeuds,...Je sais, on t'a dit que la couleur suffisait mais ce n'est pas tout le temps vrai... particulierement quand on surimpose les pathways ou les compartiments... Il faudrait pouvoir choisir si on joue sur la taille ou la couleur des noeuds, ou même les deux...Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1674Load network with sbml file2023-02-27T16:49:00+01:00Maxime ChazalvielLoad network with sbml fileApplication note MetExploreVizMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1686conserver les couleurs pour un mapping sur plusieurs conditions2019-08-26T16:40:24+02:00Maxime Chazalvielconserver les couleurs pour un mapping sur plusieurs conditionsQuand on fait un mapping avec plusieurs conditions, ça serait bien de pouvoir garder les mêmes couleurs quand on change seulement la conditionQuand on fait un mapping avec plusieurs conditions, ça serait bien de pouvoir garder les mêmes couleurs quand on change seulement la conditionApplication note MetExploreVizMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1692share biosource2022-02-08T21:21:34+01:00Maxime Chazalvielshare biosourceon ne peut partager un reseau (share ds panneau droite) que si on est proprietaire (si r ou rw pas de partage possible)on ne peut partager un reseau (share ds panneau droite) que si on est proprietaire (si r ou rw pas de partage possible)Fabien JourdanFabien Jourdanhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1707Sauvegarde des actions effectuées2022-02-07T16:35:20+01:00Maxime ChazalvielSauvegarde des actions effectuéesFonctions avec callback. Menu ouvrant une fenêtre avec le choix des actions à refaire.
Bouton de sauvegarde des fonctions
Soit à partir d'un réseau sauvé soit à partir d'un fichier de sauvegarde particulier.
Bouton d'import de fichierFonctions avec callback. Menu ouvrant une fenêtre avec le choix des actions à refaire.
Bouton de sauvegarde des fonctions
Soit à partir d'un réseau sauvé soit à partir d'un fichier de sauvegarde particulier.
Bouton d'import de fichierMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1710Modifier le style puis le réinitialiser2022-02-07T16:34:44+01:00Maxime ChazalvielModifier le style puis le réinitialiserMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1722Légende "pathways" dans la visu trop longue si beaucoup de pathways2022-04-04T14:54:07+02:00Maxime ChazalvielLégende "pathways" dans la visu trop longue si beaucoup de pathwaysSi il y a beaucoup de pathways on ne voit que les premiers noms dans la légende...Si il y a beaucoup de pathways on ne voit que les premiers noms dans la légende...Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1727Changer la version de jscolor2022-04-04T14:54:07+02:00Maxime ChazalvielChanger la version de jscolorProblème pour le style des réactionsProblème pour le style des réactionsMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1729Refactoring de la fonction de lancement de visualisation dans MetExplore2022-04-04T14:54:07+02:00Maxime ChazalvielRefactoring de la fonction de lancement de visualisation dans MetExploreMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1730Refactoring des menus d'export et de sauvegarde2022-02-07T16:35:48+01:00Maxime ChazalvielRefactoring des menus d'export et de sauvegarde### Un bouton "Save"
### Un menu export:
#### As image
* PNG
* JPEG
* SVG
#### As file:
* DOT
* GML### Un bouton "Save"
### Un menu export:
#### As image
* PNG
* JPEG
* SVG
#### As file:
* DOT
* GMLApplication note MetExploreVizJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1738Dans la grid mapping pouvoir faire des copier/coller successifs de tableau2022-04-04T14:54:07+02:00Maxime ChazalvielDans la grid mapping pouvoir faire des copier/coller successifs de tableauFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1740Hooks git2019-05-22T16:13:53+02:00Maxime ChazalvielHooks gitpre-push et post-push versionpre-push et post-push versionApplication note MetExploreVizMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1745Mapper tous les résultats de flux dans la visu2023-03-10T11:54:17+01:00Maxime ChazalvielMapper tous les résultats de flux dans la visu*KO <br>
*Orphan.....*KO <br>
*Orphan.....Application note MetExploreVizJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1583[filtre] compartiments2019-05-27T10:20:00+02:00Maxime Chazalviel[filtre] compartimentsfonctionne quand on filtre un compartiment filtre mais pas dans le sens
filtre un objet (par ex Metabolite) et on voudrait avoir l'affichage des compartiment concernesfonctionne quand on filtre un compartiment filtre mais pas dans le sens
filtre un objet (par ex Metabolite) et on voudrait avoir l'affichage des compartiment concernesFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1747mapping on condition values quand pas de condition2019-04-17T12:06:47+02:00Maxime Chazalvielmapping on condition values quand pas de conditionQuand on mappe une liste d'identifiants sans conditions on peut quand même sélectionner "mapping on each condition column" et si on fait ce choix, ça plante !Quand on mappe une liste d'identifiants sans conditions on peut quand même sélectionner "mapping on each condition column" et si on fait ce choix, ça plante !HotfixFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1755Import side compounds2019-08-26T16:36:27+02:00Maxime ChazalvielImport side compounds1.Change name <br>
2.Set in grid1.Change name <br>
2.Set in gridHotfixMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1759link info2022-02-07T16:37:39+01:00Maxime Chazalviellink infolien not found :
http://vm-trypanocyc.toulouse.inra.fr//TRYPANO/NEW-IMAGE?type=REACTION&object=MALATE-DEH-RXN_IN_CCO-MIT-LUM
lien ok :
http://vm-trypanocyc.toulouse.inra.fr//TRYPANO/NEW-IMAGE?type=REACTION&object=MALATE-DEH-RXN
http:/...lien not found :
http://vm-trypanocyc.toulouse.inra.fr//TRYPANO/NEW-IMAGE?type=REACTION&object=MALATE-DEH-RXN_IN_CCO-MIT-LUM
lien ok :
http://vm-trypanocyc.toulouse.inra.fr//TRYPANO/NEW-IMAGE?type=REACTION&object=MALATE-DEH-RXN
http://vm-trypanocyc.toulouse.inra.fr//TRYPANO/NEW-IMAGE?type=EC-NUMBER&object=EC-1.1.1.37HotfixLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1760mapping and visu2019-08-26T16:37:23+02:00Maxime Chazalvielmapping and visuune fois qu'on a affiché un mapping dans la visu on ne peux pas l'enleverune fois qu'on a affiché un mapping dans la visu on ne peux pas l'enleverHotfixMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1761visu & cart2023-03-10T11:54:16+01:00Maxime Chazalvielvisu & cartje met des reactions dans cart
je charge visu
je vide le cart
je refais load network from web site
je recupere dasn le cart les reactions qu'il y avait avant de faire un emptyje met des reactions dans cart
je charge visu
je vide le cart
je refais load network from web site
je recupere dasn le cart les reactions qu'il y avait avant de faire un emptyHotfixFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1762visu json load2023-03-10T11:54:15+01:00Maxime Chazalvielvisu json loadjson with keep BioSource
ok
je select autre bioSource (pas celui du json)
je perd la visu de mon ancien json
je veux recharger le json dans la visu
impossible (page blanche dans la visu et pas d'erreur dans la console)json with keep BioSource
ok
je select autre bioSource (pas celui du json)
je perd la visu de mon ancien json
je veux recharger le json dans la visu
impossible (page blanche dans la visu et pas d'erreur dans la console)HotfixMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1767Gérer l'opacité et la taille des noeuds via un clic droit...2021-04-09T08:52:07+02:00Maxime ChazalvielGérer l'opacité et la taille des noeuds via un clic droit...Application note MetExploreVizMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1768Fenêtre de paramétrage à la Chrome2023-03-10T11:54:14+01:00Maxime ChazalvielFenêtre de paramétrage à la ChromeApplication note MetExploreVizMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1769Dissocier la sauvegarde du style et du réseau2023-02-27T17:08:23+01:00Maxime ChazalvielDissocier la sauvegarde du style et du réseauFuture DevelopmentsMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1772Arrondie sur les valeurs de flux2023-03-10T11:54:13+01:00Maxime ChazalvielArrondie sur les valeurs de fluxProposer un arrondi pour les labels sans arrondi sur les valeurs.
En faisant des arrondis, j'épure bien l'affichage mais je risque de
réduire à 0 un flux qui ne l'est pas…
Y'a moyen de ne pas importer de valeurs arrondis mais de choisir...Proposer un arrondi pour les labels sans arrondi sur les valeurs.
En faisant des arrondis, j'épure bien l'affichage mais je risque de
réduire à 0 un flux qui ne l'est pas…
Y'a moyen de ne pas importer de valeurs arrondis mais de choisir le
nombre de chiffre après la virgule pour l'affichage des valeurs?Future DevelopmentsMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1773Les étiquettes de valeur gardent une ombre bleu et jaune par défaut2019-08-23T14:50:33+02:00Maxime ChazalvielLes étiquettes de valeur gardent une ombre bleu et jaune par défautLes étiquettes de valeur gardent une ombre bleu et jaune par
défaut (à 2 conditions)… il faudrait que cette ombre suive les couleurs
personnalisées des flèches je pense.Les étiquettes de valeur gardent une ombre bleu et jaune par
défaut (à 2 conditions)… il faudrait que cette ombre suive les couleurs
personnalisées des flèches je pense.HotfixMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1774Réfléchir sur quelle forme prend le mapping dans la visu dans ce cas là2023-03-10T11:54:12+01:00Maxime ChazalvielRéfléchir sur quelle forme prend le mapping dans la visu dans ce cas làEt j'avais choisi average value! (dans mon cas elle sont identiques)
Mais il m'affiche quand même les 2 valeurs?
2 conditions + averageEt j'avais choisi average value! (dans mon cas elle sont identiques)
Mais il m'affiche quand même les 2 valeurs?
2 conditions + averageFuture DevelopmentsMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1775Valeur de flux sur les arrêtes disparaissent2019-08-23T11:45:44+02:00Maxime ChazalvielValeur de flux sur les arrêtes disparaissentAprès avoir cliqué sur Import Side compound from tab file <br>
Puis en annulant <br>
J'ai perdu toutes les étiquettes… <br>
Mais je récupère tout si je rafraîchi le mapping, les réactions et les métabolites <br>
En fait ça n'a rien à vo...Après avoir cliqué sur Import Side compound from tab file <br>
Puis en annulant <br>
J'ai perdu toutes les étiquettes… <br>
Mais je récupère tout si je rafraîchi le mapping, les réactions et les métabolites <br>
En fait ça n'a rien à voir avec le import side compound… ça m'est arrivé aussi en cliquant en dehors de la fenêtre et en y revenant! Donc un petit bug!HotfixMaxime ChazalvielMaxime Chazalviel