MetExplore2 issueshttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues2019-03-22T08:34:08+01:00https://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1916doc pour pathway enrichment2019-03-22T08:34:08+01:00Maxime Chazalvieldoc pour pathway enrichmentIl faudrait mettre à jour la doc par rapport aux résultats du pathway enrichment : 2 p-value corrigées sont affichées maintenant.Il faudrait mettre à jour la doc par rapport aux résultats du pathway enrichment : 2 p-value corrigées sont affichées maintenant.Papier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1914Session expire2019-08-07T15:40:16+02:00Maxime ChazalvielSession expireune fois session expire, la cache maintient les data donc encore data mais un filtre cree une erreur (0 element)
faire des tests en deletant cookie PHPSESSION en cours de traitementt sur metexploreune fois session expire, la cache maintient les data donc encore data mais un filtre cree une erreur (0 element)
faire des tests en deletant cookie PHPSESSION en cours de traitementt sur metexplorePapier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1911Verification des ids2019-03-22T08:34:06+01:00Maxime ChazalvielVerification des idsIl manque un gros truc dans l'edition : verifier la conformité de l'id : seulement des caracteres alpha numeriques et aussi qu'il n'existe pas encore dans le réseau. Ca serait super d'arriver à ajouter cette verif pour la soumission.Il manque un gros truc dans l'edition : verifier la conformité de l'id : seulement des caracteres alpha numeriques et aussi qu'il n'existe pas encore dans le réseau. Ca serait super d'arriver à ajouter cette verif pour la soumission.Papier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1910Votes pas bien classés2019-03-22T08:34:06+01:00Maxime ChazalvielVotes pas bien classésIl faudrait surcharger la fonction sort des votes pour qu'ils soient bien classés, d'abord par nombre, puis par couleur.Il faudrait surcharger la fonction sort des votes pour qu'ils soient bien classés, d'abord par nombre, puis par couleur.Papier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1907Reperer les metabolic models parmi les networks2019-03-22T08:34:05+01:00Maxime ChazalvielReperer les metabolic models parmi les networksLors de la precedente soumission de MetExplore, un reviewer été très génés qu'on puisse faire tourner du flux sur des reseaux pas du tout faits pour ça. Il faudrait pouvoir repérer les metabolic models parmi les reseaux. Ca peut etre fac...Lors de la precedente soumission de MetExplore, un reviewer été très génés qu'on puisse faire tourner du flux sur des reseaux pas du tout faits pour ça. Il faudrait pouvoir repérer les metabolic models parmi les reseaux. Ca peut etre facile pour les publics puisqu'on les connait. Par contre, c'est plus difficile pour les privés.
Ce que je propose :
- ajouter un flag "model" à la table BioSource
- colorer differemment ou mettre en gras les BioSources qui ont le flag
- permettre l'edition de ce flag pour les biosources prives
- degriser la toolbox flux ssi un model a été sélectionnéPapier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1905Add element must not close the existing "Add element" forms2019-03-22T08:34:05+01:00Maxime ChazalvielAdd element must not close the existing "Add element" formsPapier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1904Add element from a form must not open a floating window2019-03-22T08:34:05+01:00Maxime ChazalvielAdd element from a form must not open a floating window... but an attached panel in the Curation Panel... but an attached panel in the Curation PanelPapier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1890Database type dans les imports2019-03-22T08:34:02+01:00Maxime ChazalvielDatabase type dans les importsRetirer dans le formulaire "import from MetExplore xml" le database type et le mettre à Other par défaut.Retirer dans le formulaire "import from MetExplore xml" le database type et le mettre à Other par défaut.Papier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1872Export avec SBML annotations ne fonctionne pas2019-03-22T08:33:58+01:00Maxime ChazalvielExport avec SBML annotations ne fonctionne pasQuand on exporte un réseau, on n'a pas les html notes avec les gene associations à la Palsson.......Quand on exporte un réseau, on n'a pas les html notes avec les gene associations à la Palsson.......Papier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2098Resume du mapping sur les pathways à la façon de MapMan2023-02-27T17:25:05+01:00Ludovic CottretResume du mapping sur les pathways à la façon de MapManFuture DevelopmentsFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2080Import of proteins in KEGG2019-04-11T15:47:13+02:00Fabien JourdanImport of proteins in KEGGWe don't import protein names from KEGG networks so it is not easy to map them...
We should adapt the importWe don't import protein names from KEGG networks so it is not easy to map them...
We should adapt the importFuture DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2053quand enzyme pas associée à gene, le GPR viz est faux2019-03-22T08:34:40+01:00Maxime Chazalvielquand enzyme pas associée à gene, le GPR viz est fauxHotfixLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2052ajout pubmed à reaction ne fonctionne pas2019-03-22T08:34:39+01:00Maxime Chazalvielajout pubmed à reaction ne fonctionne pasQuand on ajoute une ref, et qu'on edite ensuite la reaction, le mois et l'annee se rajoutent à la date et ça coince.Quand on ajoute une ref, et qu'on edite ensuite la reaction, le mois et l'annee se rajoutent à la date et ça coince.HotfixLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2049La modification de métabolite dans un projet de fonctionne pas2019-03-22T08:34:38+01:00Maxime ChazalvielLa modification de métabolite dans un projet de fonctionne pasJe voulais modifier le chebi (18320) du 1,4-dithiothreitol dans recon3D réseau 5527 dans le projet SpecMet (je t'y ai donné accès).
Ça écrase les Ids de la molécule et ça ne les remplace pas.
Pas d'erreur en console mais dans le PHP.
...Je voulais modifier le chebi (18320) du 1,4-dithiothreitol dans recon3D réseau 5527 dans le projet SpecMet (je t'y ai donné accès).
Ça écrase les Ids de la molécule et ça ne les remplace pas.
Pas d'erreur en console mais dans le PHP.
VM-METEXPLORE-TEST
error.log
[Tue Dec 11 08:32:15.106152 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: date(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 10, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.106338 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: mkdir(): No such file or directory in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 19, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.106406 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fopen(/var/www/datalog//5527/datalog_5527.sql): failed to open stream: No such file or directory in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 26, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.106421 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fwrite() expects parameter 1 to be resource, boolean given in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 28, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.106433 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fclose() expects parameter 1 to be resource, boolean given in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 30, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.108192 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: date(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 10, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.108247 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: mkdir(): No such file or directory in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 19, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.108286 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fopen(/var/www/datalog//5527/datalog_5527.sql): failed to open stream: No such file or directory in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 26, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.108298 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fwrite() expects parameter 1 to be resource, boolean given in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 28, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.108309 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fclose() expects parameter 1 to be resource, boolean given in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 30, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.108530 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: date(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/userAndProject/addHistoryItem.php on line 778, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.108562 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: date(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/userAndProject/addHistoryItem.php on line 783, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.108623 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: mkdir(): Permission denied in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/userAndProject/addHistoryItem.php on line 801, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.111964 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fopen(/var/www/datalog//History/5527/metabolites/history_9937334.tsv): failed to open stream: No such file or directory in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/userAndProject/addHistoryItem.php on line 712, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.111989 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fwrite() expects parameter 1 to be resource, boolean given in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/userAndProject/addHistoryItem.php on line 713, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.112001 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fwrite() expects parameter 1 to be resource, boolean given in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/userAndProject/addHistoryItem.php on line 714, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.112012 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fclose() expects parameter 1 to be resource, boolean given in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/userAndProject/addHistoryItem.php on line 715, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.112033 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: date(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/userAndProject/addHistoryItem.php on line 720, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.114023 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: date(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/userAndProject/addHistoryItem.php on line 727, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.118028 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Notice: Undefined variable: qty in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/modifNetwork/UpdateMetabolite.php on line 72, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.119733 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: date(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 10, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.119799 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: mkdir(): No such file or directory in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 19, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.119848 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fopen(/var/www/datalog//5527/datalog_5527.sql): failed to open stream: No such file or directory in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 26, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.119865 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fwrite() expects parameter 1 to be resource, boolean given in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 28, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.119880 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fclose() expects parameter 1 to be resource, boolean given in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 30, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.121558 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: date(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 10, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.121616 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: mkdir(): No such file or directory in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 19, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.121664 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fopen(/var/www/datalog//5527/datalog_5527.sql): failed to open stream: No such file or directory in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 26, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.121681 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fwrite() expects parameter 1 to be resource, boolean given in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 28, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.121695 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fclose() expects parameter 1 to be resource, boolean given in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 30, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.123297 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: date(): It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected the timezone 'UTC' for now, but please set date.timezone to select your timezone. in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 10, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.123349 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: mkdir(): No such file or directory in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 19, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.123407 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fopen(/var/www/datalog//5527/datalog_5527.sql): failed to open stream: No such file or directory in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 26, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.123423 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fwrite() expects parameter 1 to be resource, boolean given in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 28, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
[Tue Dec 11 08:32:15.123437 2018] [:error] [pid 10973] [client 147.99.104.40:49782] PHP Warning: fclose() expects parameter 1 to be resource, boolean given in /var/www/metexplore-master/resources/src/php/LogBioSourceUpdate.php on line 30, referer: https://vm-metexplore-test.toulouse.inra.fr/metexplore-master/
VM-METEXPLORE-PROD
ssl_error-log
[Tue Dec 11 08:35:14.358634 2018] [:error] [pid 368] [client 147.99.104.40:50103] SELECT DISTINCT idReaction, reversible FROM ReactionInBioSource WHERE ReactionInBioSource.idBioSource=5527, referer: https://metexplore.toulouse.inra.fr/metexplore2/
[Tue Dec 11 08:35:16.466681 2018] [:error] [pid 1809] [client 130.223.194.144:49560] PHP Notice: Use of undefined constant localhost - assumed 'localhost' in /var/www/joomla/tmp/sourcerer_php_e43a0d0151e478e19d0f9f57245cca66 on line 10
[Tue Dec 11 08:35:19.396824 2018] [:error] [pid 1878] [client 130.223.194.144:49561] PHP Notice: Use of undefined constant localhost - assumed 'localhost' in /var/www/joomla/tmp/sourcerer_php_e43a0d0151e478e19d0f9f57245cca66 on line 10, referer: http://www.metexplore.fr/
[Tue Dec 11 08:35:23.392356 2018] [:error] [pid 3163] [client 130.223.194.144:49567] SELECT DISTINCT idReaction, reversible FROM ReactionInBioSource WHERE ReactionInBioSource.idBioSource=3223, referer: https://metexplore.toulouse.inra.fr/metexplore2/
[Tue Dec 11 08:35:28.601474 2018] [:error] [pid 23300] [client 107.178.194.39:36530] PHP Notice: Use of undefined constant localhost - assumed 'localhost' in /var/www/joomla/tmp/sourcerer_php_e43a0d0151e478e19d0f9f57245cca66 on line 10
[Tue Dec 11 08:35:40.021161 2018] [:error] [pid 3163] [client 130.223.194.144:49579] SELECT DISTINCT idReaction, reversible FROM ReactionInBioSource WHERE ReactionInBioSource.idBioSource=3223, referer: https://metexplore.toulouse.inra.fr/metexplore2/
[Tue Dec 11 08:35:57.249758 2018] [:error] [pid 3205] [client 147.99.104.40:50175] PHP Notice: Undefined variable: qty in /var/www/metexplore2.18.13/resources/src/php/modifNetwork/UpdateMetabolite.php on line 72, referer: https://metexplore.toulouse.inra.fr/metexplore2/HotfixLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2046Error while trying to retrieve the reaction's pathways MySQL identifiers.2019-03-22T08:34:38+01:00Maxime ChazalvielError while trying to retrieve the reaction's pathways MySQL identifiers.Essai d'import du modele de Medicago : les pathways viennent de BioCyc et contiennent plein de caracteres bizzarres comme & etc...Essai d'import du modele de Medicago : les pathways viennent de BioCyc et contiennent plein de caracteres bizzarres comme & etc...HotfixLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2026Ne plus exporter les enrichissements en SBML2019-03-22T08:34:33+01:00Maxime ChazalvielNe plus exporter les enrichissements en SBMLHotfixLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2019TODO List all dans User Panel ne se met pas à jour2019-03-22T08:34:32+01:00Maxime ChazalvielTODO List all dans User Panel ne se met pas à jourSi on ajoute un TODO à un autre utilisateur, la TODO list All ne se met pas à jour, meme quand on appuie sur Refresh.Si on ajoute un TODO à un autre utilisateur, la TODO list All ne se met pas à jour, meme quand on appuie sur Refresh.HotfixLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2018TODO List loading dans le vide2019-03-22T08:34:31+01:00Maxime ChazalvielTODO List loading dans le videCf https://vm-metexplore-dev.toulouse.inra.fr/dokuwiki/doku.php?id=metexplore:tests:project:project_funtionalities
Quand on edite un projet, apres avoir sauvé, la TODO list tente de se rafraichir, mais dans le vide...
Version : 2.14.12...Cf https://vm-metexplore-dev.toulouse.inra.fr/dokuwiki/doku.php?id=metexplore:tests:project:project_funtionalities
Quand on edite un projet, apres avoir sauvé, la TODO list tente de se rafraichir, mais dans le vide...
Version : 2.14.12 mais existe aussi dans la version prod actuelleHotfixLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2017SBML IO : Pathway avec identifier et nom vide2019-03-22T08:34:31+01:00Maxime ChazalvielSBML IO : Pathway avec identifier et nom videExport Biosource Homo sapiens (Strain: global network) (Source: Publication, Version: Recon2.2) (4311) puis import.
On retrouve une pathway avec des identifiants vides.Export Biosource Homo sapiens (Strain: global network) (Source: Publication, Version: Recon2.2) (4311) puis import.
On retrouve une pathway avec des identifiants vides.HotfixLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1979Les données sont écrasées quand on modifie les IDs externes des métabolites2019-03-22T08:34:22+01:00Maxime ChazalvielLes données sont écrasées quand on modifie les IDs externes des métabolites1 - J'ai sélectionné un métabolite
2 - Affiché les infos et vu qu'on avait seulement un KEGG
3 - Cliqué sur Edit
4 - Entré le Chebi
5 - Enrichit à partir du Chebi
6 - Sauvé
Et on ne retrouve plus que le Chebi et le smiles associé et ...1 - J'ai sélectionné un métabolite
2 - Affiché les infos et vu qu'on avait seulement un KEGG
3 - Cliqué sur Edit
4 - Entré le Chebi
5 - Enrichit à partir du Chebi
6 - Sauvé
Et on ne retrouve plus que le Chebi et le smiles associé et plus l'id KEGG.HotfixLudovic CottretLudovic Cottret