MetExplore2 issueshttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues2024-03-26T16:28:18+01:00https://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2369Commenter les appels à listAnalysesRank dans le php2024-03-26T16:28:18+01:00Ludovic CottretCommenter les appels à listAnalysesRank dans le phpComme les répertoires correspondants n'existent pas, ca pollue le log. On les réintègrera si on réintegre MetaboRank.Comme les répertoires correspondants n'existent pas, ca pollue le log. On les réintègrera si on réintegre MetaboRank.Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2349import kegg2024-01-31T11:52:47+01:00Florence Vinsonimport keggimport kegg crée une erreur et rien dans le lien jobimport kegg crée une erreur et rien dans le lien jobLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2325Sorting BioSources gives the wrong ordering2023-07-04T07:10:24+02:00Elva-Maria Novoa-Del-ToroSorting BioSources gives the wrong orderingWhen I click on a column name of a numeric column from the table of BioSources of a given organism, I get the wrong ordering. It seems like the numbers are considered strings. For example, 72, 50, 2606, 2420, ... for the descending sorti...When I click on a column name of a numeric column from the table of BioSources of a given organism, I get the wrong ordering. It seems like the numbers are considered strings. For example, 72, 50, 2606, 2420, ... for the descending sorting by the number of metabolites of the E. coli BioSourcesFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2320KEGG import does not work anymore2023-06-21T09:21:33+02:00Ludovic CottretKEGG import does not work anymoreIt's a met4j issue due to changes in KEGG API.It's a met4j issue due to changes in KEGG API.Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2317quand on fait de la curation sur une réaction on perd l'affiche de certains c...2023-04-06T16:07:23+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frquand on fait de la curation sur une réaction on perd l'affiche de certains colonnes dans les gridsFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2316curation des réactions : suppression d'un substrat ne fonctionne pas2023-04-06T16:06:26+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frcuration des réactions : suppression d'un substrat ne fonctionne pasFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2311[grid] décalage colonnes resultat mapping2023-03-24T16:09:54+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.fr[grid] décalage colonnes resultat mappingQuand on fait un mapping sur des métabolites, pour les colonnes de résultats qui sont ajoutées dans la grid "métabolites", il y a un décalage entre le contenu et leur header (il n'y a pas ce problème pour les réactions).Quand on fait un mapping sur des métabolites, pour les colonnes de résultats qui sont ajoutées dans la grid "métabolites", il y a un décalage entre le contenu et leur header (il n'y a pas ce problème pour les réactions).Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2278[met4j-api] retourner 400 quand mauvaise requete2022-06-01T09:45:45+02:00Ludovic Cottret[met4j-api] retourner 400 quand mauvaise requetemetexplore-api/biosourcsblabla/ rend une valeur de retour de 200 alors qu'elle devrait rendre un 400.metexplore-api/biosourcsblabla/ rend une valeur de retour de 200 alors qu'elle devrait rendre un 400.Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2262Reaction KO ne fonctionne pas quand lower bound et upper bound fixee2022-02-11T17:16:43+01:00Ludovic CottretReaction KO ne fonctionne pas quand lower bound et upper bound fixeeExemple sur Ralsto (cf TP)
Si on fixe R_EPS_e à 0.62 et qu'on fait une FBA en l'indiquant en reaction KO, ça retourne 0, certainement parce que c'est unfeasible.Exemple sur Ralsto (cf TP)
Si on fixe R_EPS_e à 0.62 et qu'on fait une FBA en l'indiquant en reaction KO, ça retourne 0, certainement parce que c'est unfeasible.Ludovic CottretLudovic Cottret2022-02-25https://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2261Option pour choisir de mapper ou non le resultat de la FBA2022-02-11T15:38:36+01:00Ludovic CottretOption pour choisir de mapper ou non le resultat de la FBALudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2260[GIR] afficher la liste des réactions à étendre ?2022-01-24T16:20:30+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.fr[GIR] afficher la liste des réactions à étendre ?Quand il y a plus de 5 réactions à étendre, est ce que ce serait possible d'afficher la liste des réactions (avec le score MetaboRank) pour choisir les réactions à afficher plutôt que d'afficher les 5 1ères ?Quand il y a plus de 5 réactions à étendre, est ce que ce serait possible d'afficher la liste des réactions (avec le score MetaboRank) pour choisir les réactions à afficher plutôt que d'afficher les 5 1ères ?Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2255[GIR] doc: préciser le format du fichier tabulé2022-02-21T14:39:48+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.fr[GIR] doc: préciser le format du fichier tabuléIl faudrait expliquer davantage dans la doc comment doit être formaté le fichier tabulé.Il faudrait expliquer davantage dans la doc comment doit être formaté le fichier tabulé.Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2251update des copies d’écran sur la doc2021-12-15T08:27:50+01:00Ludovic Cottretupdate des copies d’écran sur la docFlorence VinsonFlorence Vinson2022-01-27https://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2250Repérer et retirer les utilisations du datalog dans le php et metexploreJava2021-12-15T08:25:58+01:00Ludovic CottretRepérer et retirer les utilisations du datalog dans le php et metexploreJavaLudovic CottretLudovic Cottret2022-01-27https://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2248Multiple affectation tres lent2021-11-30T14:53:33+01:00Ludovic CottretMultiple affectation tres lentPar exemple changer tous les lower bounds d'un meme reseau. Ca freeze l'ordi.Par exemple changer tous les lower bounds d'un meme reseau. Ca freeze l'ordi.Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2245mettre un background set pour le mapping sur les genes2021-11-06T12:04:51+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frmettre un background set pour le mapping sur les genesEst-ce que ce serait possible de mettre un background set quand on fait un mapping sur les gènes (de la même manière que c'est possible avec les métabolites) ?Est-ce que ce serait possible de mettre un background set quand on fait un mapping sur les gènes (de la même manière que c'est possible avec les métabolites) ?Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2242le filtre "saute" quand on modifie les colonnes à afficher2023-04-13T11:11:59+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frle filtre "saute" quand on modifie les colonnes à afficherQuand on a fait un filtre, et que l'on modifie les colonnes que l'on souhaite afficher dans une grid, le filtre "saute" sur cette grid uniquement.Quand on a fait un filtre, et que l'on modifie les colonnes que l'on souhaite afficher dans une grid, le filtre "saute" sur cette grid uniquement.Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2238Affichage FBA non lisible2021-09-30T15:02:03+02:00Ludovic CottretAffichage FBA non lisibleLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2237pb d'import SBML2021-12-02T12:56:06+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frpb d'import SBMLpb lors de l'import du SBML du réseau iMSC1255 (attaché)[Fouladiha2015_iMSC1255.xml](/uploads/1da7d8968eae08ea632624d49f0f5ede/Fouladiha2015_iMSC1255.xml)pb lors de l'import du SBML du réseau iMSC1255 (attaché)[Fouladiha2015_iMSC1255.xml](/uploads/1da7d8968eae08ea632624d49f0f5ede/Fouladiha2015_iMSC1255.xml)Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2236pb avec la classification des biosources par publications2021-09-14T14:16:32+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frpb avec la classification des biosources par publicationsDans la table "biosources", quand on trie sur la colonne "publication" après avoir "dégroupé", les publications ne sont pas ordonnées par ordre alphabétiqueDans la table "biosources", quand on trie sur la colonne "publication" après avoir "dégroupé", les publications ne sont pas ordonnées par ordre alphabétiqueFlorence VinsonFlorence Vinson