MetExplore2 issueshttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues2019-03-22T08:34:15+01:00https://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1948Support SBML L3V22019-03-22T08:34:15+01:00Maxime ChazalvielSupport SBML L3V2Demande de BaudoinDemande de BaudoinFuture DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1947Garantie que tous les champs Notes et Annotations sont bien exportés et im...2019-03-22T08:34:15+01:00Maxime ChazalvielGarantie que tous les champs Notes et Annotations sont bien exportés et importés en SBMLDemande de BaudoinDemande de BaudoinFuture DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1946Support pour le package group SBML2019-03-22T08:34:14+01:00Maxime ChazalvielSupport pour le package group SBMLDemande de BaudoinDemande de BaudoinFuture DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1945Rapport d'annotation2019-03-22T08:34:14+01:00Maxime ChazalvielRapport d'annotationDemande de Baudoin:
- Possibilité d'exporter des rapports (CSV et/ou PDF)
- concernant:
- les caractéristiques du modèle ("N réactions dans le modèle ont
une annotation vers XXXX")
- l'avancement de la curat...Demande de Baudoin:
- Possibilité d'exporter des rapports (CSV et/ou PDF)
- concernant:
- les caractéristiques du modèle ("N réactions dans le modèle ont
une annotation vers XXXX")
- l'avancement de la curation ("N nouvelles réactions depuis
XX/XX/XXXX")
- qui a fait quoi ("le XX/XX/XXXX, le curateur XXX, a modifié le
champs XXX de 'XXX' à 'XXX'")
- l'outil le plus avancé que j'ai vu avec cet objectif est
"Memote" de DTU Biosustain.Future DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1942Lien vers le google group sur la page "portail"2019-03-22T08:34:13+01:00Maxime ChazalvielLien vers le google group sur la page "portail"Il faudrait voir ce qui fait aussi double emploi dans la doc MetExplore et sur le portail MetExplore. Ca peut etre assez "confusionnant" d'avoir ces deux pages. Est ce qu'il ne faudrait pas faire plutot une page "MetExplore project" où o...Il faudrait voir ce qui fait aussi double emploi dans la doc MetExplore et sur le portail MetExplore. Ca peut etre assez "confusionnant" d'avoir ces deux pages. Est ce qu'il ne faudrait pas faire plutot une page "MetExplore project" où on pourrait mettre tout ce qui tourne autour de MetExplore ?Fabien JourdanFabien Jourdanhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1926Delete a TODO ne fonctionne pas...2019-03-22T08:34:10+01:00Maxime ChazalvielDelete a TODO ne fonctionne pas...HotfixLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1916doc pour pathway enrichment2019-03-22T08:34:08+01:00Maxime Chazalvieldoc pour pathway enrichmentIl faudrait mettre à jour la doc par rapport aux résultats du pathway enrichment : 2 p-value corrigées sont affichées maintenant.Il faudrait mettre à jour la doc par rapport aux résultats du pathway enrichment : 2 p-value corrigées sont affichées maintenant.Papier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1914Session expire2019-08-07T15:40:16+02:00Maxime ChazalvielSession expireune fois session expire, la cache maintient les data donc encore data mais un filtre cree une erreur (0 element)
faire des tests en deletant cookie PHPSESSION en cours de traitementt sur metexploreune fois session expire, la cache maintient les data donc encore data mais un filtre cree une erreur (0 element)
faire des tests en deletant cookie PHPSESSION en cours de traitementt sur metexplorePapier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1911Verification des ids2019-03-22T08:34:06+01:00Maxime ChazalvielVerification des idsIl manque un gros truc dans l'edition : verifier la conformité de l'id : seulement des caracteres alpha numeriques et aussi qu'il n'existe pas encore dans le réseau. Ca serait super d'arriver à ajouter cette verif pour la soumission.Il manque un gros truc dans l'edition : verifier la conformité de l'id : seulement des caracteres alpha numeriques et aussi qu'il n'existe pas encore dans le réseau. Ca serait super d'arriver à ajouter cette verif pour la soumission.Papier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1910Votes pas bien classés2019-03-22T08:34:06+01:00Maxime ChazalvielVotes pas bien classésIl faudrait surcharger la fonction sort des votes pour qu'ils soient bien classés, d'abord par nombre, puis par couleur.Il faudrait surcharger la fonction sort des votes pour qu'ils soient bien classés, d'abord par nombre, puis par couleur.Papier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1907Reperer les metabolic models parmi les networks2019-03-22T08:34:05+01:00Maxime ChazalvielReperer les metabolic models parmi les networksLors de la precedente soumission de MetExplore, un reviewer été très génés qu'on puisse faire tourner du flux sur des reseaux pas du tout faits pour ça. Il faudrait pouvoir repérer les metabolic models parmi les reseaux. Ca peut etre fac...Lors de la precedente soumission de MetExplore, un reviewer été très génés qu'on puisse faire tourner du flux sur des reseaux pas du tout faits pour ça. Il faudrait pouvoir repérer les metabolic models parmi les reseaux. Ca peut etre facile pour les publics puisqu'on les connait. Par contre, c'est plus difficile pour les privés.
Ce que je propose :
- ajouter un flag "model" à la table BioSource
- colorer differemment ou mettre en gras les BioSources qui ont le flag
- permettre l'edition de ce flag pour les biosources prives
- degriser la toolbox flux ssi un model a été sélectionnéPapier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1905Add element must not close the existing "Add element" forms2019-03-22T08:34:05+01:00Maxime ChazalvielAdd element must not close the existing "Add element" formsPapier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1904Add element from a form must not open a floating window2019-03-22T08:34:05+01:00Maxime ChazalvielAdd element from a form must not open a floating window... but an attached panel in the Curation Panel... but an attached panel in the Curation PanelPapier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1903Se passer des compartiments pour les enzymes et les proteines2019-03-22T08:34:04+01:00Maxime ChazalvielSe passer des compartiments pour les enzymes et les proteinesCa me gene depuis le debut cette histoire de compartiment pour les enzymes et les proteines... C'est encore une histoire d'etre compatible avec une seule sorte de SBML. Ca serait bien de trouver une solution.Ca me gene depuis le debut cette histoire de compartiment pour les enzymes et les proteines... C'est encore une histoire d'etre compatible avec une seule sorte de SBML. Ca serait bien de trouver une solution.Future DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1890Database type dans les imports2019-03-22T08:34:02+01:00Maxime ChazalvielDatabase type dans les importsRetirer dans le formulaire "import from MetExplore xml" le database type et le mettre à Other par défaut.Retirer dans le formulaire "import from MetExplore xml" le database type et le mettre à Other par défaut.Papier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1887Mapping protein et enzyme ne fonctionnent pas2019-03-22T08:34:01+01:00Maxime ChazalvielMapping protein et enzyme ne fonctionnent pasComment reproduire :
Load recon2
Select Mapping
Select Protein and Name in the Mapping grid
Copy paste FADS2 in the grid
Launch the mapping
Do the same thing with Enzyme (with FADS2 also)
Error in console log :
app.js:1 Uncaught TypeEr...Comment reproduire :
Load recon2
Select Mapping
Select Protein and Name in the Mapping grid
Copy paste FADS2 in the grid
Launch the mapping
Do the same thing with Enzyme (with FADS2 also)
Error in console log :
app.js:1 Uncaught TypeError: Cannot read property 'mappings' of undefined
at L.dataMappingInVisualization (app.js:1)
at L.addDataCover (app.js:1)
at L.success (app.js:1)
at Object.callback (app.js:1)
at L.onComplete (app.js:1)
at L.onStateChange (app.js:1)
at XMLHttpRequest.<anonymous> (app.js:1)HotfixMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1872Export avec SBML annotations ne fonctionne pas2019-03-22T08:33:58+01:00Maxime ChazalvielExport avec SBML annotations ne fonctionne pasQuand on exporte un réseau, on n'a pas les html notes avec les gene associations à la Palsson.......Quand on exporte un réseau, on n'a pas les html notes avec les gene associations à la Palsson.......Papier MetExplore 2Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1860Titre colonne mapping = undefined quand Ko analysis2019-03-22T08:33:55+01:00Maxime ChazalvielTitre colonne mapping = undefined quand Ko analysisLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1843Reload biosources dans Project ne fonctionne pas2019-03-22T08:33:52+01:00Maxime ChazalvielReload biosources dans Project ne fonctionne pasComment reproduire:
- charger un projet
- Creer une nouvelle biosource
- Cliquer sur le reload à côté de "Add Biosource to the project"
- Chercher la nouvelle biosource : elle n'apparait pasComment reproduire:
- charger un projet
- Creer une nouvelle biosource
- Cliquer sur le reload à côté de "Add Biosource to the project"
- Chercher la nouvelle biosource : elle n'apparait pasLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1809Add svg image to metabolite edition2019-03-22T08:33:45+01:00Maxime ChazalvielAdd svg image to metabolite editionCa serai bien d'avoir le svg du metabolite dans l'interface quand on l'édite
(en liens avec #54 )Ca serai bien d'avoir le svg du metabolite dans l'interface quand on l'édite
(en liens avec #54 )Future DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottret