MetExplore2 issueshttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues2021-07-05T08:31:51+02:00https://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2233MetaboRank sur Human12021-07-05T08:31:51+02:00Fabien JourdanMetaboRank sur Human1Mettre à dispo le MetaboRank sur Human1 via Met4JMettre à dispo le MetaboRank sur Human1 via Met4JFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2198mapping gene2020-06-08T08:35:01+02:00Florence Vinsonmapping genelorsque identifiants gene de type 999.1 faire mapping uniquement sur ce qu'il y a avant .lorsque identifiants gene de type 999.1 faire mapping uniquement sur ce qu'il y a avant .Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2186format pmid before importing them2020-03-26T07:28:59+01:00Ludovic Cottretformat pmid before importing themOn peut avoir un message d'erreur comme ça:
[Warning] Pmid 10479480; is not an integer
Ce qu'il faudrait faire : formater le pmid pour qu'il ne contienne que des chiffres et valider apres.On peut avoir un message d'erreur comme ça:
[Warning] Pmid 10479480; is not an integer
Ce qu'il faudrait faire : formater le pmid pour qu'il ne contienne que des chiffres et valider apres.Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2185import & transfert2020-03-13T16:50:12+01:00Florence Vinsonimport & transfertlors de l'import, le transfert du fichier sur le serveur est tres long (wifi maison fv?) et tant que le transfert fichier n'est pas fini le formulaire est toujours actif (on peut changer de fichier par ex) et pas de message ; le message ...lors de l'import, le transfert du fichier sur le serveur est tres long (wifi maison fv?) et tant que le transfert fichier n'est pas fini le formulaire est toujours actif (on peut changer de fichier par ex) et pas de message ; le message sur le job est une fois le transfert effectuéLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2181supplementary data2020-02-28T10:14:35+01:00Florence Vinsonsupplementary dataajouter les suppl data dans la fenetre d'infoajouter les suppl data dans la fenetre d'infoFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2180Ajout d'un réseau uploadé dans un projet2020-02-27T14:06:08+01:00Fabien JourdanAjout d'un réseau uploadé dans un projetJ'ai créé un projet.
J'ai chargé un réseau via un SBML.
Quand je veux ajouter le réseau au projet ... MetExplore me dit que je n'y ai pas accès.
Par contre, quand je recharge MetExplore je peux le faire.
Il faudrait éviter d'avoir cette ...J'ai créé un projet.
J'ai chargé un réseau via un SBML.
Quand je veux ajouter le réseau au projet ... MetExplore me dit que je n'y ai pas accès.
Par contre, quand je recharge MetExplore je peux le faire.
Il faudrait éviter d'avoir cette étape de rechargement.Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2176Sauvegarde incomplète quand on utilise : Perform one separate mapping for eac...2020-02-06T08:32:40+01:00Maxime ChazalvielSauvegarde incomplète quand on utilise : Perform one separate mapping for each columnFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2175When adding (or edit) new task in TODO list from "Project Details" panel, it'...2020-02-28T10:43:31+01:00Maxime DelmasWhen adding (or edit) new task in TODO list from "Project Details" panel, it's not updated in "User Profile" Panel, need to reconnectSi on ajoute ou modifie ou supprime une tache depuis le panel "Project Details", les modifications ne sont pas prisent en compte dans le panel "User Profile" dans notre TODO list. Il faut se reconnecter pour que les infos soient mise a j...Si on ajoute ou modifie ou supprime une tache depuis le panel "Project Details", les modifications ne sont pas prisent en compte dans le panel "User Profile" dans notre TODO list. Il faut se reconnecter pour que les infos soient mise a jour
test : The TODO List n°17, 18, 19Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2171lien info2020-02-04T09:40:56+01:00Florence Vinsonlien infoles lien info vers http://microcyc.genoscope.cns.fr/ sont inactifs (il faut un compteles lien info vers http://microcyc.genoscope.cns.fr/ sont inactifs (il faut un compteLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2139MetExplore out when low connection2020-06-08T08:25:59+02:00Ludovic CottretMetExplore out when low connectionJe pense que la plupart des problemes lors des formations proviennent des connexions wifi partagees et souvent mediocres.
J'ai exagéré le trait : j'ai mis google en Fast3G (cf screenshot)... Ca patine, normal, mais surtout, ça ne va pas ...Je pense que la plupart des problemes lors des formations proviennent des connexions wifi partagees et souvent mediocres.
J'ai exagéré le trait : j'ai mis google en Fast3G (cf screenshot)... Ca patine, normal, mais surtout, ça ne va pas jusqu'au bout : il me propose au bout d'un moment de me deconnecter et toutes les tables ne sont pas chargés. Quand on regarde l'onglet Network des dev tools, plein de requetes ont ete "cancelled" (cf screenshot).
Test fait avec Helianthus annuus
Je pense que les problemes de chargement des mappings rencontrés lors de la formation de Lyon pourraient aussi provenir de là. Il faudrait rationaliser toutes les requetes ajax (commme on a deja commencé à le faire mais je ne suis pas sur qu'elles soient toutes traitees de la meme facon) et tester regulierement MetExplore dans des conditions dégradées.Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2137metaborank & menu2019-09-16T16:00:47+02:00Florence Vinsonmetaborank & menuQuand on réalise une copie en privé du réseau 3223 on ne
peut pas l'utiliser, pourrait être sympa de le rendre accessible
même avec une copie ? FV : cherche une solution.Quand on réalise une copie en privé du réseau 3223 on ne
peut pas l'utiliser, pourrait être sympa de le rendre accessible
même avec une copie ? FV : cherche une solution.Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2136Ajouter une petite visu récap à l'extraction de sous réseau2019-09-16T13:58:28+02:00Maxime ChazalvielAjouter une petite visu récap à l'extraction de sous réseauNetwork extraction :
Piste d'amélioration : ajouter une petite visu récap du type : nb
de voies trouvées, nombre de métabolites représentés dans
ces voies (dans mon cas par exemple il ne l'était pas tous)...
Peut-être sous forme de venn ...Network extraction :
Piste d'amélioration : ajouter une petite visu récap du type : nb
de voies trouvées, nombre de métabolites représentés dans
ces voies (dans mon cas par exemple il ne l'était pas tous)...
Peut-être sous forme de venn ou tableau.Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2127Mise à plat & AAM2019-09-02T15:32:42+02:00Maxime ChazalvielMise à plat & AAMRecon 2.04
Recon 2.2
=> Recon2.03 FLAT => DeprecatedRecon 2.04
Recon 2.2
=> Recon2.03 FLAT => DeprecatedMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2105Biosource id in Projects2019-07-29T10:45:23+02:00Fabien JourdanBiosource id in ProjectsQuand on veut ajouter un réseau privé dans un projet on a peu d'informations sur le biosource. Ce serait bien d'avoir au moins l'identifiant du biosource.Quand on veut ajouter un réseau privé dans un projet on a peu d'informations sur le biosource. Ce serait bien d'avoir au moins l'identifiant du biosource.Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1979Les données sont écrasées quand on modifie les IDs externes des métabolites2019-03-22T08:34:22+01:00Maxime ChazalvielLes données sont écrasées quand on modifie les IDs externes des métabolites1 - J'ai sélectionné un métabolite
2 - Affiché les infos et vu qu'on avait seulement un KEGG
3 - Cliqué sur Edit
4 - Entré le Chebi
5 - Enrichit à partir du Chebi
6 - Sauvé
Et on ne retrouve plus que le Chebi et le smiles associé et ...1 - J'ai sélectionné un métabolite
2 - Affiché les infos et vu qu'on avait seulement un KEGG
3 - Cliqué sur Edit
4 - Entré le Chebi
5 - Enrichit à partir du Chebi
6 - Sauvé
Et on ne retrouve plus que le Chebi et le smiles associé et plus l'id KEGG.HotfixLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1765Pas de confirmation apres inscription2019-03-22T08:33:36+01:00Maxime ChazalvielPas de confirmation apres inscriptionJe crois qu'on l'a déjà mis plusieurs fois mais on n'a pas de message après une inscription. Au moins mettre à côté du bouton Register qu'il faut regarder ses mails pour activer le compteJe crois qu'on l'a déjà mis plusieurs fois mais on n'a pas de message après une inscription. Au moins mettre à côté du bouton Register qu'il faut regarder ses mails pour activer le compteFabien JourdanFabien Jourdanhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1613Job disparait lors d'un log-in2019-03-22T08:33:03+01:00Maxime ChazalvielJob disparait lors d'un log-inReproduction du bug:
- Lorsque l'on est pas encore connecté, on lance un job long (export par exemple)
- Une fois le job lancer, on se connecte
- On reload la liste de job, la on perds le suivi du premier job
je ne sais pas si ca vien...Reproduction du bug:
- Lorsque l'on est pas encore connecté, on lance un job long (export par exemple)
- Une fois le job lancer, on se connecte
- On reload la liste de job, la on perds le suivi du premier job
je ne sais pas si ca vient du fait que j'avais des jobs fini associés a mon compte utilisateurs.Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1575Ajouter un attribut "fixed" au composant d'un réseau curé au maximum2023-02-27T16:44:15+01:00Maxime ChazalvielAjouter un attribut "fixed" au composant d'un réseau curé au maximumQuand un ou plusieurs annotateurs ont curé à fond un objet, avoir la possibilité de mettre "Fixed" pour qu'on n'ait plus à revenir là dessus. On peut imaginer que ca "gele" les votes.
Date: 2015-11-27Quand un ou plusieurs annotateurs ont curé à fond un objet, avoir la possibilité de mettre "Fixed" pour qu'on n'ait plus à revenir là dessus. On peut imaginer que ca "gele" les votes.
Date: 2015-11-27Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1574Prendre en compte le Vote I have no idea2019-03-22T08:32:50+01:00Maxime ChazalvielPrendre en compte le Vote I have no ideaQuand quelqu'un vote "I have no idea", il ne peut pas savoir qu'il a deja voté pour cette voie/réaction.
Solution : prendre en compte ce vote comme vote en soi et ajouter une categorie "No vote"
Date: 2015-11-26Quand quelqu'un vote "I have no idea", il ne peut pas savoir qu'il a deja voté pour cette voie/réaction.
Solution : prendre en compte ce vote comme vote en soi et ajouter une categorie "No vote"
Date: 2015-11-26Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1573pouvoir chercher dans la colonne action de History2019-03-22T08:32:50+01:00Maxime Chazalvielpouvoir chercher dans la colonne action de HistoryIl serait bien de pouvoir faire un search dans la grid History, notamment sur la colonne action.Il serait bien de pouvoir faire un search dans la grid History, notamment sur la colonne action.Ludovic CottretLudovic Cottret