MetExploreViz issueshttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues2023-04-12T21:28:12+02:00https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/223afficher le sens des réactions en fonction des bornes de flux2023-04-12T21:28:12+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frafficher le sens des réactions en fonction des bornes de fluxpour les réactions dont l'intervalle de flux est complètement négatif (lower bound et upper bound <=0), il faut inverser les sources et targets.
Pour tous les autres cas (si intervalle positif ou négatif/positif), ne rien changer !pour les réactions dont l'intervalle de flux est complètement négatif (lower bound et upper bound <=0), il faut inverser les sources et targets.
Pour tous les autres cas (si intervalle positif ou négatif/positif), ne rien changer !Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/222node information in exportHTML2023-04-12T11:28:13+02:00Louison Fresnaisnode information in exportHTMLIl pourrait être intéressant d'exporter les informations concernant les noeuds lors de l'exportHTML.
Je fait référence à ce type de panel, accessible en cliquant sur "See more information":
![image](/uploads/620d2b872f6d90385b83b60941...Il pourrait être intéressant d'exporter les informations concernant les noeuds lors de l'exportHTML.
Je fait référence à ce type de panel, accessible en cliquant sur "See more information":
![image](/uploads/620d2b872f6d90385b83b609419be692/image.png)
On pourrait modifier la quantité d'information : Par exemple pour les réactions n'afficher que l'équation ?
MerciJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/216Ajouter un bouton > Style par défaut2023-03-10T11:55:22+01:00Maxime ChazalvielAjouter un bouton > Style par défautLorsqu'on fait des modif de style dans la visu
ensuite on change de biosource
on recree une visu
elle est avec ces styles
peut-etre pratique pour l'utilisateur mais si on a fait des styles bizarre, pas tres facile de les supprimer
avoir...Lorsqu'on fait des modif de style dans la visu
ensuite on change de biosource
on recree une visu
elle est avec ces styles
peut-etre pratique pour l'utilisateur mais si on a fait des styles bizarre, pas tres facile de les supprimer
avoir un bouton a cote du bouton appliquer style, un autre bouton recharger les styles par defaut?Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/215Selection metabolite avec l'outil de recherche2023-03-10T11:55:20+01:00Maxime ChazalvielSelection metabolite avec l'outil de rechercheOn n'a pas le focus sur le metabolite selectionné
peut-etre avoir une liste des selection en cours dans une combo ?On n'a pas le focus sur le metabolite selectionné
peut-etre avoir une liste des selection en cours dans une combo ?Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/214Visualisation du pathway enrichment2023-03-10T11:55:19+01:00Maxime ChazalvielVisualisation du pathway enrichmentLorsqu'on fait un pathway enrichment à partir d'une liste de métabolites ou réactions, ça serait sympa, dans la grid pathways, d'avoir pour chaque pathway significatif, un bouton qui nous permette de visualiser directement le pathway ave...Lorsqu'on fait un pathway enrichment à partir d'une liste de métabolites ou réactions, ça serait sympa, dans la grid pathways, d'avoir pour chaque pathway significatif, un bouton qui nous permette de visualiser directement le pathway avec les reactions ou métabolites mappés (ceux de la liste initiale) -> pour un exemple, cf. site INMEX (joliment fait !)Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/213Longues fonctionnalités2023-03-10T11:55:18+01:00Maxime ChazalvielLongues fonctionnalitésPour chaque fonctionalitées prenant du temps dans la vizu:
Stopper la force;
Ajouter un masque de chargement.
var myMask = metExploreD3.createLoadMask("Remove elements not in path...", 'viz');
if(myMask!= undefined){
metExploreD3.showMas...Pour chaque fonctionalitées prenant du temps dans la vizu:
Stopper la force;
Ajouter un masque de chargement.
var myMask = metExploreD3.createLoadMask("Remove elements not in path...", 'viz');
if(myMask!= undefined){
metExploreD3.showMask(myMask);
metExploreD3.deferFunction(function() {
var vis = d3.select("#"+'viz').select("#D3viz");
if(session!=undefined)
{
// We stop the previous animation
var force = session.getForce();
if(force!=undefined)
{
if(metExploreD3.GraphNetwork.isAnimated('viz')== "true")
force.resume();
}
}
<function>
if(session!=undefined)
{
if(force!=undefined)
{
if(metExploreD3.GraphNetwork.isAnimated("viz")== "true")
force.start();
}
}
metExploreD3.hideMask(myMask);
}, 10);Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/212Optimisation2023-03-10T11:55:18+01:00Maxime ChazalvielOptimisation1.Calculer un arbre couvrant et n'afficher que cet arbre;
2.Lorsqu'il y a de la superposition n'afficher que les noeuds visibles;
3.Afficher les éléments en fonction du nombre d'images par seconde affiché par l'écran;
4.Ne par afficher l...1.Calculer un arbre couvrant et n'afficher que cet arbre;
2.Lorsqu'il y a de la superposition n'afficher que les noeuds visibles;
3.Afficher les éléments en fonction du nombre d'images par seconde affiché par l'écran;
4.Ne par afficher le liens dans le cas ou le graphe est en mouvement;
5.Gérer les paramètres de la force (n'utiliser alpha qu'au début ou en combinaisons avec d'autre;
6.Calcul de collision lorsque le graphe est bien positionné;Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/211Undo sur les fonction de duplication et de suppression2023-03-10T11:55:17+01:00Maxime ChazalvielUndo sur les fonction de duplication et de suppressionJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/210Import graph from cytoscape2023-03-10T11:55:16+01:00Maxime ChazalvielImport graph from cytoscapeMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/209Paramétrer la force en fonction de la connectivité des noeuds2023-03-10T11:55:16+01:00Maxime ChazalvielParamétrer la force en fonction de la connectivité des noeudsJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/208Highlight des différences ou des similarités entre mapping comparé2023-03-10T11:55:14+01:00Maxime ChazalvielHighlight des différences ou des similarités entre mapping comparéMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/207Discrétisation des mappings2023-03-10T11:55:14+01:00Maxime ChazalvielDiscrétisation des mappingsMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/206Afficher genes sur visu2023-03-10T11:55:13+01:00Maxime ChazalvielAfficher genes sur visuun truc que je fais souvent à la main : ajouter les gènes qui codent pour la réaction. Ca serait bien dans le menu contextuel de la réaction, pouvoir ajouter sur la visu, à côté de la réaction les gènes impliquésun truc que je fais souvent à la main : ajouter les gènes qui codent pour la réaction. Ca serait bien dans le menu contextuel de la réaction, pouvoir ajouter sur la visu, à côté de la réaction les gènes impliquésMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/205MetExploreViz : afficher le nom de la voie quand on passe la souris sur le cl...2023-03-10T11:54:20+01:00Maxime ChazalvielMetExploreViz : afficher le nom de la voie quand on passe la souris sur le clusterMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/204Pouvoir retirer des arêtes2023-03-10T11:54:18+01:00Maxime ChazalvielPouvoir retirer des arêtesMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/203pouvoir agrandir les noeuds en fonction du mapping2023-03-10T11:54:18+01:00Maxime Chazalvielpouvoir agrandir les noeuds en fonction du mappingJe sais, on t'a dit que la couleur suffisait mais ce n'est pas tout le temps vrai... particulierement quand on surimpose les pathways ou les compartiments... Il faudrait pouvoir choisir si on joue sur la taille ou la couleur des noeuds,...Je sais, on t'a dit que la couleur suffisait mais ce n'est pas tout le temps vrai... particulierement quand on surimpose les pathways ou les compartiments... Il faudrait pouvoir choisir si on joue sur la taille ou la couleur des noeuds, ou même les deux...Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/202Mapper tous les résultats de flux dans la visu2023-03-10T11:54:17+01:00Maxime ChazalvielMapper tous les résultats de flux dans la visu*KO <br>
*Orphan.....*KO <br>
*Orphan.....Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/201visu & cart2023-03-10T11:54:16+01:00Maxime Chazalvielvisu & cartje met des reactions dans cart
je charge visu
je vide le cart
je refais load network from web site
je recupere dasn le cart les reactions qu'il y avait avant de faire un emptyje met des reactions dans cart
je charge visu
je vide le cart
je refais load network from web site
je recupere dasn le cart les reactions qu'il y avait avant de faire un emptyFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/200visu json load2023-03-10T11:54:14+01:00Maxime Chazalvielvisu json loadjson with keep BioSource
ok
je select autre bioSource (pas celui du json)
je perd la visu de mon ancien json
je veux recharger le json dans la visu
impossible (page blanche dans la visu et pas d'erreur dans la console)json with keep BioSource
ok
je select autre bioSource (pas celui du json)
je perd la visu de mon ancien json
je veux recharger le json dans la visu
impossible (page blanche dans la visu et pas d'erreur dans la console)Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/199Fenêtre de paramétrage à la Chrome2023-03-10T11:54:14+01:00Maxime ChazalvielFenêtre de paramétrage à la ChromeMaxime ChazalvielMaxime Chazalviel