MetExploreViz issueshttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues2019-03-21T16:46:47+01:00https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/2legende du degradé de couleur2019-03-21T16:46:47+01:00Maxime Chazalviellegende du degradé de couleurAu lieu de n'avoir que les extrémités, ca serait bien d'avoir tout le continuum dans la légendeAu lieu de n'avoir que les extrémités, ca serait bien d'avoir tout le continuum dans la légendehttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/1cluster mouse out2019-03-21T16:46:47+01:00Maxime Chazalvielcluster mouse outIl faudrait qu'on voit le nom du cluster quand on passe au-dessus.Il faudrait qu'on voit le nom du cluster quand on passe au-dessus.https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/6Rescale des images de molécules2019-03-21T16:46:48+01:00Maxime ChazalvielRescale des images de moléculesQuand on agrandit la taille des métabolites la taille des molécules ne suit pas.Quand on agrandit la taille des métabolites la taille des molécules ne suit pas.https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/11Affichage de plusieurs mapping sur un noeud2019-03-21T16:46:49+01:00Maxime ChazalvielAffichage de plusieurs mapping sur un noeudA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/12Éditer le header pour nommer les conditions2019-03-21T16:46:49+01:00Maxime ChazalvielÉditer le header pour nommer les conditionsA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/13Visu comparait de manière horizontale et/ou dans un autre onglet2019-03-21T16:46:49+01:00Maxime ChazalvielVisu comparait de manière horizontale et/ou dans un autre ongletA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/78viz & console2020-02-10T10:18:12+01:00Florence Vinsonviz & consoleerreur dans la console lors de la creation d'une visu
![2020-02-05_14h56_36](/uploads/37bbefba954455ca2fcc3d73bfdefb76/2020-02-05_14h56_36.png)erreur dans la console lors de la creation d'une visu
![2020-02-05_14h56_36](/uploads/37bbefba954455ca2fcc3d73bfdefb76/2020-02-05_14h56_36.png)https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/17Centrage et zoom quand les interactions du réseau sont liés2019-03-21T16:46:50+01:00Maxime ChazalvielCentrage et zoom quand les interactions du réseau sont liésFin 2018https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/18Extraction de sous réseau2019-03-21T16:46:51+01:00Maxime ChazalvielExtraction de sous réseauExtraction de sous réseau
=> Matrice de distance
=> Avant la visu dans les jobs
=> A discuter de l'intégration dans MetExploreExtraction de sous réseau
=> Matrice de distance
=> Avant la visu dans les jobs
=> A discuter de l'intégration dans MetExploreA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/19ATP juste en substrat ou juste en produit2019-03-21T16:46:51+01:00Maxime ChazalvielATP juste en substrat ou juste en produithttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/22Dupliquer un réseau dans une sous fenêtre est en "Play" et devrait être en pause2019-03-21T16:46:51+01:00Maxime ChazalvielDupliquer un réseau dans une sous fenêtre est en "Play" et devrait être en pauseLorsque l'on duplique un réseau, le nouveau réseau est en "play" avec les noeuds qui bougent :
- Problème : sur de grosses vizu, ça ralenti l'affichage ou plante metexplore
- Arg : En général on veux copier le réseau à l'identique et on ...Lorsque l'on duplique un réseau, le nouveau réseau est en "play" avec les noeuds qui bougent :
- Problème : sur de grosses vizu, ça ralenti l'affichage ou plante metexplore
- Arg : En général on veux copier le réseau à l'identique et on utilise l'outil de duplication puis "Assign coordinates from main to xx" afin de pouvoir comparer
- Solution : duppliquer le réseau en pause ou mieux : dans le même état (play/pause) que le réseau d'originehttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/26Paramétrer l'épaisseur des liens2019-03-21T16:46:52+01:00Maxime ChazalvielParamétrer l'épaisseur des liensA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/29Différents mode de mapping2019-03-21T16:46:53+01:00Maxime ChazalvielDifférents mode de mappingA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/30Barre de recherche Fuzzy matching2019-03-21T16:46:53+01:00Maxime ChazalvielBarre de recherche Fuzzy matchingFin 2018https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/31Button map all pathways2019-03-21T16:46:53+01:00Maxime ChazalvielButton map all pathwaysA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/33Sélection par mapping pour le style2019-03-21T16:46:54+01:00Maxime ChazalvielSélection par mapping pour le styleFin 2018https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/34Positionnement auto des sides compounds à l'arrêt et metab liés à une seule r...2019-03-21T16:46:54+01:00Maxime ChazalvielPositionnement auto des sides compounds à l'arrêt et metab liés à une seule réactionA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/35Pouvoir mapper réactions et métabolites2019-03-21T16:46:54+01:00Maxime ChazalvielPouvoir mapper réactions et métaboliteshttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/36Abstraire une sélection2019-03-21T16:46:55+01:00Maxime ChazalvielAbstraire une sélectionhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/37Dessin des flux2019-03-21T16:46:55+01:00Maxime ChazalvielDessin des fluxHotFixhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/38Rapprocher des nœuds à une certaines distances2019-03-21T16:46:55+01:00Maxime ChazalvielRapprocher des nœuds à une certaines distanceshttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/39Revoir L'IHM de la visu2019-03-21T16:46:55+01:00Maxime ChazalvielRevoir L'IHM de la visuA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/40Mettre du texte où on veut2019-03-21T16:46:55+01:00Maxime ChazalvielMettre du texte où on veutA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/41Ajouter des images 1er plan ou en font2019-03-21T16:46:56+01:00Maxime ChazalvielAjouter des images 1er plan ou en fontA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/69Ajouter un retour des options d'affichages aux options par défaut2020-02-04T08:32:52+01:00Seyer AlexandreAjouter un retour des options d'affichages aux options par défauthttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/42Erreurs -> Vide la visu et permet de la relancer2019-03-21T16:46:56+01:00Maxime ChazalvielErreurs -> Vide la visu et permet de la relancerA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/43Hide node not in panel2019-03-21T16:46:56+01:00Maxime ChazalvielHide node not in panelA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/44Mouse move voir les événements déclenchés2019-03-21T16:46:56+01:00Maxime ChazalvielMouse move voir les événements déclenchésA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/76Create a check box highlight compartment on metabolite border2020-02-04T08:33:33+01:00Maxime ChazalvielCreate a check box highlight compartment on metabolite borderMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/45Hide puis suppression2019-03-21T16:46:56+01:00Maxime ChazalvielHide puis suppressionA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/72échelle pour la "transparency" inversée ?2020-02-04T08:32:49+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.fréchelle pour la "transparency" inversée ?Pour moi ce n'est pas très logique d'avoir une transparence maximale quand on met 0 et minimale quand on met 1 ... c'est l'inverse dans ppt ;-)Pour moi ce n'est pas très logique d'avoir une transparence maximale quand on met 0 et minimale quand on met 1 ... c'est l'inverse dans ppt ;-)Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/46Nœuds isolés calculés à chaque modif avant la suppression2019-03-21T16:46:57+01:00Maxime ChazalvielNœuds isolés calculés à chaque modif avant la suppressionA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/47Rotation de cycle2019-03-21T16:46:57+01:00Maxime ChazalvielRotation de cycleA définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/52Image mapping : Import d'images par batch (plusieurs images en même temps)2019-03-21T16:46:58+01:00Maxime ChazalvielImage mapping : Import d'images par batch (plusieurs images en même temps)https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/58Pour les side compounds, en mode courbes, parfois le noeud superpose partiell...2020-02-04T08:34:01+01:00Maxime ChazalvielPour les side compounds, en mode courbes, parfois le noeud superpose partiellement la flèchehttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/53Image mapping : Possibilité de supprimer une image importer2019-03-21T16:46:58+01:00Maxime ChazalvielImage mapping : Possibilité de supprimer une image importerhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/54Image mapping : Parfois l'image est liée au noeuds (déplacement coordonné) pa...2019-03-21T16:46:58+01:00Maxime ChazalvielImage mapping : Parfois l'image est liée au noeuds (déplacement coordonné) parfois nonSylvain DSylvain Dhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/56Pour la visu, possibilité de "fusionner" des enzymes ayant les mêmes substrat...2019-03-21T16:46:59+01:00Maxime ChazalvielPour la visu, possibilité de "fusionner" des enzymes ayant les mêmes substrats et produitsTicket ouvert par MABTicket ouvert par MABhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/57Dans la visu, en mode courbes, pouvoir orienter les flèches dans le sens souh...2019-03-21T16:46:59+01:00Maxime ChazalvielDans la visu, en mode courbes, pouvoir orienter les flèches dans le sens souhaitéhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/59Intégrer une contrainte qui minimise le nombre d'intersections de courbes de ...2019-03-21T16:46:59+01:00Maxime ChazalvielIntégrer une contrainte qui minimise le nombre d'intersections de courbes de réactions à la force de répartition des métabolites dans la visu.Pour simplifier la lecture du réseau et ne pas mélanger graphiquement les réactions entre-elles.Pour simplifier la lecture du réseau et ne pas mélanger graphiquement les réactions entre-elles.A définirhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/60Dans la visu, en mode courbes, pouvoir éditer plusieurs cercles (même imparfa...2019-03-21T16:46:59+01:00Maxime ChazalvielDans la visu, en mode courbes, pouvoir éditer plusieurs cercles (même imparfaits) en même temps et recouvrant potentiellement quelques métabolites identiquesTicket ouvert par MABTicket ouvert par MABhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/61Dans la visu, possibilité d'effacer/annuler un cercle dans le network manager...2019-03-21T16:47:00+01:00Maxime ChazalvielDans la visu, possibilité d'effacer/annuler un cercle dans le network manager (cycle) plutôt que, ou en plus du, click droit sur un noeud du cercleTicket ouvert par MAB
Ajouter cette option sous "drawing cycle" par ex. - avec possibilité de sélectionner le cercle souhaité ?Ticket ouvert par MAB
Ajouter cette option sous "drawing cycle" par ex. - avec possibilité de sélectionner le cercle souhaité ?https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/62Dans la visu, possibilité de mettre en évidence telles réactions ou tel cycle...2019-03-21T16:47:00+01:00Maxime ChazalvielDans la visu, possibilité de mettre en évidence telles réactions ou tel cycle, etc. manuellement en sélectionnant les noeuds d'intérêtTicket ouvert par MAB
Trait de couleur comme pour la détection des cycles par ex.Ticket ouvert par MAB
Trait de couleur comme pour la détection des cycles par ex.https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/63Dans la visu, possibilité d'éditer manuellement et individuellement un format...2019-03-21T16:47:00+01:00Maxime ChazalvielDans la visu, possibilité d'éditer manuellement et individuellement un format pour une réactionTicket ouvert par MAB
Par ex., manuellement :
- Pouvoir changer la couleur et la grosseur d'un carré représentant une enzyme
- Pouvoir changer le trait d'une réaction (pointillé, plus gros, couleur, etc.)
- Pouvoir préciser son nom (uniq...Ticket ouvert par MAB
Par ex., manuellement :
- Pouvoir changer la couleur et la grosseur d'un carré représentant une enzyme
- Pouvoir changer le trait d'une réaction (pointillé, plus gros, couleur, etc.)
- Pouvoir préciser son nom (uniquement pour cette enzyme, que le reste reste caché si souhaité)https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/65Dans la visu, en plus d'aligner des éléments, pouvoir reproduire des distance...2019-03-21T16:47:00+01:00Maxime ChazalvielDans la visu, en plus d'aligner des éléments, pouvoir reproduire des distances identiques (entre plusieurs métabolites alignés sur une même ligne par ex.)Ticket ouvert par MABTicket ouvert par MABhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/66Dissocier l'édition de la place des noms des sides compounds uniquement (cons...2019-03-21T16:47:00+01:00Maxime ChazalvielDissocier l'édition de la place des noms des sides compounds uniquement (conserver la synchronisation du reste)Ticket ouvert par MABTicket ouvert par MABhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/67Remplacer les nœuds par leur label2019-03-21T16:47:01+01:00Maxime ChazalvielRemplacer les nœuds par leur labelhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/85Import JSON => Recharger le panel où sont répertorié les abstractions2020-03-20T10:53:33+01:00Maxime ChazalvielImport JSON => Recharger le panel où sont répertorié les abstractionsRelease abstractionAmina TaouiAmina Taouihttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/73dans les onglets "reactions" et "link" les items sont en bas2020-06-30T14:54:37+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frdans les onglets "reactions" et "link" les items sont en basdans les onglets "reactions" et "link" il faut descendre pour voir les items, on a l'impression qu'il n'y a rien ...dans les onglets "reactions" et "link" il faut descendre pour voir les items, on a l'impression qu'il n'y a rien ...Amina TaouiAmina Taouihttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/93Le bouton select/unselect all pour les compartiments ne fonctionne pas2020-06-30T10:11:20+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frLe bouton select/unselect all pour les compartiments ne fonctionne pasDans le panel Network manager, le bouton select/unselect all pour les compartiments ne fonctionne pasDans le panel Network manager, le bouton select/unselect all pour les compartiments ne fonctionne pasAmina TaouiAmina Taouihttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/98Style lien abstrait en mode curve2020-06-22T13:41:01+02:00Amina TaouiStyle lien abstrait en mode curveAmina TaouiAmina Taouihttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/83Orientation des liens2020-03-24T14:42:04+01:00Maxime ChazalvielOrientation des liensRelease abstractionAmina TaouiAmina Taouihttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/84Abstractions de réactions ayant les mêmes sources et les mêmes produits2020-04-07T14:53:29+02:00Maxime ChazalvielAbstractions de réactions ayant les mêmes sources et les mêmes produitsRelease abstractionAmina TaouiAmina Taouihttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/86Les labels doivent être liés aux liens2020-04-15T13:40:08+02:00Maxime ChazalvielLes labels doivent être liés aux liensRelease abstractionAmina TaouiAmina Taouihttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/97Suppression des warning (fenêtre)2020-06-15T11:14:44+02:00Amina TaouiSuppression des warning (fenêtre)Amina TaouiAmina Taouihttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/100Suppression d'un noeud présent dans une abstraction2020-05-05T10:21:48+02:00Maxime ChazalvielSuppression d'un noeud présent dans une abstraction1. Abstraction d'un ensemble de noeuds
![image](/uploads/87a92dfd397eb7de782f235228c729ef/image.png)
![image](/uploads/d8799a94da51f0e6f29d06ee90c36b7e/image.png)
2. Suppression d'un noeud
![image](/uploads/71201c7b411713212049201...1. Abstraction d'un ensemble de noeuds
![image](/uploads/87a92dfd397eb7de782f235228c729ef/image.png)
![image](/uploads/d8799a94da51f0e6f29d06ee90c36b7e/image.png)
2. Suppression d'un noeud
![image](/uploads/71201c7b41171321204920131223d7db/image.png)
=> ça ne supprime pas dans la liste de l'abstraction
3. l'abstraction avec le refresh ne marche plusRelease abstractionAmina TaouiAmina Taouihttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/87Aperçu de l’abstraction2020-03-16T17:56:41+01:00Maxime ChazalvielAperçu de l’abstractionRelease Aperçu de l’abstractionAmina TaouiAmina Taouihttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/89Documentation utilisateurs2020-04-10T10:44:58+02:00Maxime ChazalvielDocumentation utilisateursTransmissionAmina TaouiAmina Taouihttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/90le bypass ne marche pas2020-03-30T17:14:06+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frle bypass ne marche pasMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/94Pour l'abstraction des pathways, les cercles ne s'affichent pas2020-03-31T08:50:21+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frPour l'abstraction des pathways, les cercles ne s'affichent pas![MetExploreViz_03-31-2020](/uploads/d67a5254fc6762ff8f5f49f3b5fd20c2/MetExploreViz_03-31-2020.jpeg)![MetExploreViz_03-31-2020](/uploads/d67a5254fc6762ff8f5f49f3b5fd20c2/MetExploreViz_03-31-2020.jpeg)https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/95Ne pas afficher les labels sur les grands réseaux2020-04-07T10:44:48+02:00Fabien JourdanNe pas afficher les labels sur les grands réseauxPar défaut ce serait bien de ne pas afficher les labels sur les grands graphes.
Ce serait bien d'avoir moyen d'avoir une check box pour afficher ou pas les labelsPar défaut ce serait bien de ne pas afficher les labels sur les grands graphes.
Ce serait bien d'avoir moyen d'avoir une check box pour afficher ou pas les labelsTransmissionMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/101Loss of style settings after abstraction2020-06-22T13:41:22+02:00Clement FrainayLoss of style settings after abstractionThe style settings of the collapsed nodes are reset to default values after 'reveal'The style settings of the collapsed nodes are reset to default values after 'reveal'Amina TaouiAmina Taouihttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/88Documentation du code2020-06-22T13:41:28+02:00Maxime ChazalvielDocumentation du codePermettant la génération automatique de la documentation utilisateur.Permettant la génération automatique de la documentation utilisateur.TransmissionAmina TaouiAmina Taouihttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/104Utiliser un json sur une autre Biosource2020-05-26T11:52:14+02:00Cecilia BergesUtiliser un json sur une autre BiosourceBonjour,
J'ai crée un .json avec une biosource privée et j'aurai bien aimé utiliser cette vizualisation sur d'autres Biosource plus complète que la mienne pour garder une base de vizualisation. Je n'arrive pas à utiliser le même Json sur...Bonjour,
J'ai crée un .json avec une biosource privée et j'aurai bien aimé utiliser cette vizualisation sur d'autres Biosource plus complète que la mienne pour garder une base de vizualisation. Je n'arrive pas à utiliser le même Json sur une autre Biosource. Est ce qu'il serait possible d'avoir une solution pour faire ca ? En gardant uniquement les coordonées par exemple ?
Merci par avance,
Céciliahttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/216Ajouter un bouton > Style par défaut2023-03-10T11:55:22+01:00Maxime ChazalvielAjouter un bouton > Style par défautLorsqu'on fait des modif de style dans la visu
ensuite on change de biosource
on recree une visu
elle est avec ces styles
peut-etre pratique pour l'utilisateur mais si on a fait des styles bizarre, pas tres facile de les supprimer
avoir...Lorsqu'on fait des modif de style dans la visu
ensuite on change de biosource
on recree une visu
elle est avec ces styles
peut-etre pratique pour l'utilisateur mais si on a fait des styles bizarre, pas tres facile de les supprimer
avoir un bouton a cote du bouton appliquer style, un autre bouton recharger les styles par defaut?Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/215Selection metabolite avec l'outil de recherche2023-03-10T11:55:20+01:00Maxime ChazalvielSelection metabolite avec l'outil de rechercheOn n'a pas le focus sur le metabolite selectionné
peut-etre avoir une liste des selection en cours dans une combo ?On n'a pas le focus sur le metabolite selectionné
peut-etre avoir une liste des selection en cours dans une combo ?Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/214Visualisation du pathway enrichment2023-03-10T11:55:19+01:00Maxime ChazalvielVisualisation du pathway enrichmentLorsqu'on fait un pathway enrichment à partir d'une liste de métabolites ou réactions, ça serait sympa, dans la grid pathways, d'avoir pour chaque pathway significatif, un bouton qui nous permette de visualiser directement le pathway ave...Lorsqu'on fait un pathway enrichment à partir d'une liste de métabolites ou réactions, ça serait sympa, dans la grid pathways, d'avoir pour chaque pathway significatif, un bouton qui nous permette de visualiser directement le pathway avec les reactions ou métabolites mappés (ceux de la liste initiale) -> pour un exemple, cf. site INMEX (joliment fait !)Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/213Longues fonctionnalités2023-03-10T11:55:18+01:00Maxime ChazalvielLongues fonctionnalitésPour chaque fonctionalitées prenant du temps dans la vizu:
Stopper la force;
Ajouter un masque de chargement.
var myMask = metExploreD3.createLoadMask("Remove elements not in path...", 'viz');
if(myMask!= undefined){
metExploreD3.showMas...Pour chaque fonctionalitées prenant du temps dans la vizu:
Stopper la force;
Ajouter un masque de chargement.
var myMask = metExploreD3.createLoadMask("Remove elements not in path...", 'viz');
if(myMask!= undefined){
metExploreD3.showMask(myMask);
metExploreD3.deferFunction(function() {
var vis = d3.select("#"+'viz').select("#D3viz");
if(session!=undefined)
{
// We stop the previous animation
var force = session.getForce();
if(force!=undefined)
{
if(metExploreD3.GraphNetwork.isAnimated('viz')== "true")
force.resume();
}
}
<function>
if(session!=undefined)
{
if(force!=undefined)
{
if(metExploreD3.GraphNetwork.isAnimated("viz")== "true")
force.start();
}
}
metExploreD3.hideMask(myMask);
}, 10);Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/212Optimisation2023-03-10T11:55:18+01:00Maxime ChazalvielOptimisation1.Calculer un arbre couvrant et n'afficher que cet arbre;
2.Lorsqu'il y a de la superposition n'afficher que les noeuds visibles;
3.Afficher les éléments en fonction du nombre d'images par seconde affiché par l'écran;
4.Ne par afficher l...1.Calculer un arbre couvrant et n'afficher que cet arbre;
2.Lorsqu'il y a de la superposition n'afficher que les noeuds visibles;
3.Afficher les éléments en fonction du nombre d'images par seconde affiché par l'écran;
4.Ne par afficher le liens dans le cas ou le graphe est en mouvement;
5.Gérer les paramètres de la force (n'utiliser alpha qu'au début ou en combinaisons avec d'autre;
6.Calcul de collision lorsque le graphe est bien positionné;Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/211Undo sur les fonction de duplication et de suppression2023-03-10T11:55:17+01:00Maxime ChazalvielUndo sur les fonction de duplication et de suppressionJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/210Import graph from cytoscape2023-03-10T11:55:16+01:00Maxime ChazalvielImport graph from cytoscapeMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/209Paramétrer la force en fonction de la connectivité des noeuds2023-03-10T11:55:16+01:00Maxime ChazalvielParamétrer la force en fonction de la connectivité des noeudsJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/208Highlight des différences ou des similarités entre mapping comparé2023-03-10T11:55:14+01:00Maxime ChazalvielHighlight des différences ou des similarités entre mapping comparéMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/207Discrétisation des mappings2023-03-10T11:55:14+01:00Maxime ChazalvielDiscrétisation des mappingsMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/206Afficher genes sur visu2023-03-10T11:55:13+01:00Maxime ChazalvielAfficher genes sur visuun truc que je fais souvent à la main : ajouter les gènes qui codent pour la réaction. Ca serait bien dans le menu contextuel de la réaction, pouvoir ajouter sur la visu, à côté de la réaction les gènes impliquésun truc que je fais souvent à la main : ajouter les gènes qui codent pour la réaction. Ca serait bien dans le menu contextuel de la réaction, pouvoir ajouter sur la visu, à côté de la réaction les gènes impliquésMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/205MetExploreViz : afficher le nom de la voie quand on passe la souris sur le cl...2023-03-10T11:54:20+01:00Maxime ChazalvielMetExploreViz : afficher le nom de la voie quand on passe la souris sur le clusterMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/204Pouvoir retirer des arêtes2023-03-10T11:54:18+01:00Maxime ChazalvielPouvoir retirer des arêtesMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/203pouvoir agrandir les noeuds en fonction du mapping2023-03-10T11:54:18+01:00Maxime Chazalvielpouvoir agrandir les noeuds en fonction du mappingJe sais, on t'a dit que la couleur suffisait mais ce n'est pas tout le temps vrai... particulierement quand on surimpose les pathways ou les compartiments... Il faudrait pouvoir choisir si on joue sur la taille ou la couleur des noeuds,...Je sais, on t'a dit que la couleur suffisait mais ce n'est pas tout le temps vrai... particulierement quand on surimpose les pathways ou les compartiments... Il faudrait pouvoir choisir si on joue sur la taille ou la couleur des noeuds, ou même les deux...Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/202Mapper tous les résultats de flux dans la visu2023-03-10T11:54:17+01:00Maxime ChazalvielMapper tous les résultats de flux dans la visu*KO <br>
*Orphan.....*KO <br>
*Orphan.....Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/201visu & cart2023-03-10T11:54:16+01:00Maxime Chazalvielvisu & cartje met des reactions dans cart
je charge visu
je vide le cart
je refais load network from web site
je recupere dasn le cart les reactions qu'il y avait avant de faire un emptyje met des reactions dans cart
je charge visu
je vide le cart
je refais load network from web site
je recupere dasn le cart les reactions qu'il y avait avant de faire un emptyFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/200visu json load2023-03-10T11:54:14+01:00Maxime Chazalvielvisu json loadjson with keep BioSource
ok
je select autre bioSource (pas celui du json)
je perd la visu de mon ancien json
je veux recharger le json dans la visu
impossible (page blanche dans la visu et pas d'erreur dans la console)json with keep BioSource
ok
je select autre bioSource (pas celui du json)
je perd la visu de mon ancien json
je veux recharger le json dans la visu
impossible (page blanche dans la visu et pas d'erreur dans la console)Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/199Fenêtre de paramétrage à la Chrome2023-03-10T11:54:14+01:00Maxime ChazalvielFenêtre de paramétrage à la ChromeMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/198Arrondie sur les valeurs de flux2023-03-10T11:54:13+01:00Maxime ChazalvielArrondie sur les valeurs de fluxProposer un arrondi pour les labels sans arrondi sur les valeurs.
En faisant des arrondis, j'épure bien l'affichage mais je risque de
réduire à 0 un flux qui ne l'est pas…
Y'a moyen de ne pas importer de valeurs arrondis mais de choisir...Proposer un arrondi pour les labels sans arrondi sur les valeurs.
En faisant des arrondis, j'épure bien l'affichage mais je risque de
réduire à 0 un flux qui ne l'est pas…
Y'a moyen de ne pas importer de valeurs arrondis mais de choisir le
nombre de chiffre après la virgule pour l'affichage des valeurs?Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/197Réfléchir sur quelle forme prend le mapping dans la visu dans ce cas là2023-03-10T11:54:11+01:00Maxime ChazalvielRéfléchir sur quelle forme prend le mapping dans la visu dans ce cas làEt j'avais choisi average value! (dans mon cas elle sont identiques)
Mais il m'affiche quand même les 2 valeurs?
2 conditions + averageEt j'avais choisi average value! (dans mon cas elle sont identiques)
Mais il m'affiche quand même les 2 valeurs?
2 conditions + averageMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/196Paramétrage du mapping (Flux)2023-03-10T11:54:10+01:00Maxime ChazalvielParamétrage du mapping (Flux)ça serait TOP aussi si on pouvait faire un gradient de couleur
aussi sur les flux/réactions mais là en ayant une largeur de
flèche fixe mais qu'on pourrait paramétrer aussi!
Et de même pour les flux: taille de flèches ET couleursça serait TOP aussi si on pouvait faire un gradient de couleur
aussi sur les flux/réactions mais là en ayant une largeur de
flèche fixe mais qu'on pourrait paramétrer aussi!
Et de même pour les flux: taille de flèches ET couleursMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/195Paramétrage du mapping (Nœuds)2023-03-10T11:54:09+01:00Maxime ChazalvielParamétrage du mapping (Nœuds)Si pour les métabolites on avait possibilité de
changer la taille des cercles (mais parce que moi j'ai choisi de
faire des cercles…) en fonction de la valeur du mapping! Et si
on pouvait combiner couleur ET taille ça accentuerait encore
...Si pour les métabolites on avait possibilité de
changer la taille des cercles (mais parce que moi j'ai choisi de
faire des cercles…) en fonction de la valeur du mapping! Et si
on pouvait combiner couleur ET taille ça accentuerait encore
plus les choses dans le bon sens!Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/194Script de création des structures metabolite SVG2023-03-10T11:54:09+01:00Maxime ChazalvielScript de création des structures metabolite SVGFaire un script de création des structures metabolite en SVG.
-> Génération à partir de la base (createSVGFromDB.sh)
-> Commit dans MetExplore et MetExploreViz dans les branches develop
Orchestré dans Jenkins.Faire un script de création des structures metabolite en SVG.
-> Génération à partir de la base (createSVGFromDB.sh)
-> Commit dans MetExplore et MetExploreViz dans les branches develop
Orchestré dans Jenkins.Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/193Supprimer un onglet de mapping de le supprime pas de la liste des mappings da...2023-03-10T11:54:08+01:00Maxime ChazalvielSupprimer un onglet de mapping de le supprime pas de la liste des mappings dans la visu & probleme idbug trouver en faisant des test pour le ticket #345
Les mappings supprimés restent disponibles dans la combo box du menu Omics de la visu. Peut etre un store qui n'est pas refresh quand un mapping est supprimé.
Peut etre lié au #345bug trouver en faisant des test pour le ticket #345
Les mappings supprimés restent disponibles dans la combo box du menu Omics de la visu. Peut etre un store qui n'est pas refresh quand un mapping est supprimé.
Peut etre lié au #345Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/192Récoler certains nœuds dupliqué2023-03-10T11:54:07+01:00Maxime ChazalvielRécoler certains nœuds dupliquéMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/191Fenêtre de prévention des tâches coûteuses2023-03-10T11:54:06+01:00Maxime ChazalvielFenêtre de prévention des tâches coûteusesMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/190[Minor] La suppression définitive d'un mapping n'impacte pas le choix de mapp...2023-03-10T11:54:05+01:00Maxime Chazalviel[Minor] La suppression définitive d'un mapping n'impacte pas le choix de mapping de MetExploreVizLorsqu'on supprime définitivement un (ou plusieurs) mapping, MetExploreViz le propose toujours dans son menu de mapping.Lorsqu'on supprime définitivement un (ou plusieurs) mapping, MetExploreViz le propose toujours dans son menu de mapping.Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/189Options "threshold of reac..." & "names on nodes" = pas claires & bug2023-03-10T11:54:04+01:00Maxime ChazalvielOptions "threshold of reac..." & "names on nodes" = pas claires & bugDans les options de styles de MetExploreViz et dans le menu "General", il manque un "help" pour ces deux options. L'option "names on nodes" bug.Dans les options de styles de MetExploreViz et dans le menu "General", il manque un "help" pour ces deux options. L'option "names on nodes" bug.Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/188mapping protein & viz2023-03-10T11:54:03+01:00Maxime Chazalvielmapping protein & vizmapping protein :_9374_1_c
biosource :1363
erreur dans recherche de l'objet mappingmapping protein :_9374_1_c
biosource :1363
erreur dans recherche de l'objet mappingMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/187Export SVG moyen quand fait sur une partie du réseau2023-03-10T11:54:02+01:00Maxime ChazalvielExport SVG moyen quand fait sur une partie du réseauQuand on fait un export SVG sur une zone de la représentation dans MetExploreViz on obtient un SVG avec un cadre sur cette zone ... et tout le reste autour !!Quand on fait un export SVG sur une zone de la représentation dans MetExploreViz on obtient un SVG avec un cadre sur cette zone ... et tout le reste autour !!Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/186lenteur avec mapping flux2023-03-10T11:54:00+01:00Maxime Chazalviellenteur avec mapping fluxlorsqu'on fait un mapping avec des valeurs de flux, la vizu est très très très lente, au point que l'on ne peut rien faire ... le moindre zoom prend plus d'une minutelorsqu'on fait un mapping avec des valeurs de flux, la vizu est très très très lente, au point que l'on ne peut rien faire ... le moindre zoom prend plus d'une minuteMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/185Voir les genes à côté des reactions ou au moins le nombre de genes2023-03-10T11:50:56+01:00Ludovic CottretVoir les genes à côté des reactions ou au moins le nombre de genesJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/184pb affichage formulaire dans Network Manager2023-03-10T10:55:36+01:00Ludovic Cottretpb affichage formulaire dans Network ManagerDescription :
Les boutons se superposent quand on change de type de mapping.
Reproduction:
- Sélectionner Helianthus annuus
- Faire un mapping avec "With conditions (average value)" et "Consider first row as header"
- Filtrer sur les 3 ...Description :
Les boutons se superposent quand on change de type de mapping.
Reproduction:
- Sélectionner Helianthus annuus
- Faire un mapping avec "With conditions (average value)" et "Consider first row as header"
- Filtrer sur les 3 voies métaboliques les plus significatives avec BH (chlorophyll a degradation I & II, volatile esters blabla)
- Visualiser les 11 réactions
- Selectionner Continuous et C1 (average)
- Appuyer sur le bouton "Reload" (fleche qui tourne) dans le menu Omics
-> Une nouvelle barre bleue apparait au dessus du bouton et ne peut pas se retirer.(cf image)![Sélection_999_131_](/uploads/ff7322ae8e002c2930137da6cb539e69/Sélection_999_131_.png)
Note: Quand je joue avec les mappings, ça m'arrive tres souvent ce genre de trucs où tout se mélange. Au bout d'un moment, il ne reste plus qu'à reloader la page...Maxime ChazalvielMaxime Chazalviel2019-09-06https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/183Pouvoir retirer le style sur les bordure des noeuds lorsqu'on fait un mapping2023-03-10T10:55:34+01:00Maxime ChazalvielPouvoir retirer le style sur les bordure des noeuds lorsqu'on fait un mappingMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/182MetExploreViz dans un autre onglet2023-03-07T14:12:58+01:00Maxime ChazalvielMetExploreViz dans un autre ongletMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/181Pouvoir dupliquer seulement certain liens2023-03-07T14:12:58+01:00Maxime ChazalvielPouvoir dupliquer seulement certain liensMaxime ChazalvielMaxime Chazalviel