MetExploreViz issueshttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues2023-03-10T11:54:02+01:00https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/187Export SVG moyen quand fait sur une partie du réseau2023-03-10T11:54:02+01:00Maxime ChazalvielExport SVG moyen quand fait sur une partie du réseauQuand on fait un export SVG sur une zone de la représentation dans MetExploreViz on obtient un SVG avec un cadre sur cette zone ... et tout le reste autour !!Quand on fait un export SVG sur une zone de la représentation dans MetExploreViz on obtient un SVG avec un cadre sur cette zone ... et tout le reste autour !!Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/186lenteur avec mapping flux2023-03-10T11:54:00+01:00Maxime Chazalviellenteur avec mapping fluxlorsqu'on fait un mapping avec des valeurs de flux, la vizu est très très très lente, au point que l'on ne peut rien faire ... le moindre zoom prend plus d'une minutelorsqu'on fait un mapping avec des valeurs de flux, la vizu est très très très lente, au point que l'on ne peut rien faire ... le moindre zoom prend plus d'une minuteMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/185Voir les genes à côté des reactions ou au moins le nombre de genes2023-03-10T11:50:56+01:00Ludovic CottretVoir les genes à côté des reactions ou au moins le nombre de genesJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/184pb affichage formulaire dans Network Manager2023-03-10T10:55:36+01:00Ludovic Cottretpb affichage formulaire dans Network ManagerDescription :
Les boutons se superposent quand on change de type de mapping.
Reproduction:
- Sélectionner Helianthus annuus
- Faire un mapping avec "With conditions (average value)" et "Consider first row as header"
- Filtrer sur les 3 ...Description :
Les boutons se superposent quand on change de type de mapping.
Reproduction:
- Sélectionner Helianthus annuus
- Faire un mapping avec "With conditions (average value)" et "Consider first row as header"
- Filtrer sur les 3 voies métaboliques les plus significatives avec BH (chlorophyll a degradation I & II, volatile esters blabla)
- Visualiser les 11 réactions
- Selectionner Continuous et C1 (average)
- Appuyer sur le bouton "Reload" (fleche qui tourne) dans le menu Omics
-> Une nouvelle barre bleue apparait au dessus du bouton et ne peut pas se retirer.(cf image)![Sélection_999_131_](/uploads/ff7322ae8e002c2930137da6cb539e69/Sélection_999_131_.png)
Note: Quand je joue avec les mappings, ça m'arrive tres souvent ce genre de trucs où tout se mélange. Au bout d'un moment, il ne reste plus qu'à reloader la page...Maxime ChazalvielMaxime Chazalviel2019-09-06https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/183Pouvoir retirer le style sur les bordure des noeuds lorsqu'on fait un mapping2023-03-10T10:55:34+01:00Maxime ChazalvielPouvoir retirer le style sur les bordure des noeuds lorsqu'on fait un mappingMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/182MetExploreViz dans un autre onglet2023-03-07T14:12:58+01:00Maxime ChazalvielMetExploreViz dans un autre ongletMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/181Pouvoir dupliquer seulement certain liens2023-03-07T14:12:58+01:00Maxime ChazalvielPouvoir dupliquer seulement certain liensMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/180Proposer des duplication de side compounds en fonction des centralité de pair...2023-03-07T14:12:57+01:00Maxime ChazalvielProposer des duplication de side compounds en fonction des centralité de paires de cofacteurMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/179Flux mapping sur les fleches disparait quand on retire des side compounds2023-03-07T14:12:57+01:00Ludovic CottretFlux mapping sur les fleches disparait quand on retire des side compoundsreproduction :
- lancer fva
- dans Viz, choisir Flux Variability Analysis, Flux, min, max
- Dupliquer ou retirer un metabolite
- La double couleur bleu, jaune des fleches disparait et on n'en a plus qu'une (rouge, vert). On est obligé de...reproduction :
- lancer fva
- dans Viz, choisir Flux Variability Analysis, Flux, min, max
- Dupliquer ou retirer un metabolite
- La double couleur bleu, jaune des fleches disparait et on n'en a plus qu'une (rouge, vert). On est obligé de cliquer sur reload pour retrouver les couleursMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/178Add information in bug tracker2023-03-07T14:12:56+01:00Maxime ChazalvielAdd information in bug trackerMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/177Import d'image pas très fiable2023-03-07T14:12:55+01:00Maxime ChazalvielImport d'image pas très fiableTester sur différent réseaux et en mode edit ou pasTester sur différent réseaux et en mode edit ou pasMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/176Mapping non persistant2023-03-07T14:12:55+01:00Maxime ChazalvielMapping non persistantQuand on fait le metaborank et que l'on affiche les étoiles dans
le réseau on peut afficher le mapping en couleur par dessus,
mais on ne peut pas d'abord afficher le mapping, puis le
metaborank car on perd la coloration du mapping.Quand on fait le metaborank et que l'on affiche les étoiles dans
le réseau on peut afficher le mapping en couleur par dessus,
mais on ne peut pas d'abord afficher le mapping, puis le
metaborank car on perd la coloration du mapping.Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/175Visu inutilisable sur Mac + Firefox2023-03-07T14:12:54+01:00Ludovic CottretVisu inutilisable sur Mac + FirefoxExemple : CTRL + Click affiche le menu contextuel.Exemple : CTRL + Click affiche le menu contextuel.Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/174Le range pour les couleurs du mapping n'est pas bon2023-03-07T14:12:53+01:00Ludovic CottretLe range pour les couleurs du mapping n'est pas bonReproduction :
- Selectionner Helianthus annuus
- Selectionner les 3 colonnes du dataset https://drive.google.com/file/d/1L8LezlM8bjaVhS7_CBvF51isw7-5K3eT/view
- Faire mapping sur gene->name avec average value
- selectionner les 3 pathwa...Reproduction :
- Selectionner Helianthus annuus
- Selectionner les 3 colonnes du dataset https://drive.google.com/file/d/1L8LezlM8bjaVhS7_CBvF51isw7-5K3eT/view
- Faire mapping sur gene->name avec average value
- selectionner les 3 pathways qui ont le BH le plus fort
- Dessiner les 11 reactions correspondantes
- Selectionner C1 (average) dans Network Viz
Resultat observé : le min et le max dans les couleurs proposées sont 3 et 66.5
Resultat attendu : le min et le max dans les couleurs proposées devraient etre 40.5 et 66.5
Piste : 3 correspond au plus petit nb de reactions mappes...
![image](/uploads/915366ca50d9f1a58ca14331aa82f68e/image.png)Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/173Superposition des boutons dans network viz mapping2023-03-07T14:12:53+01:00Ludovic CottretSuperposition des boutons dans network viz mappingReproduction :
- Selectionner Helianthus annuus
- Selectionner les 3 colonnes du dataset https://drive.google.com/file/d/1L8LezlM8bjaVhS7_CBvF51isw7-5K3eT/view
- Faire mapping sur gene->name avec average value
- selectionner les 3 pathwa...Reproduction :
- Selectionner Helianthus annuus
- Selectionner les 3 colonnes du dataset https://drive.google.com/file/d/1L8LezlM8bjaVhS7_CBvF51isw7-5K3eT/view
- Faire mapping sur gene->name avec average value
- selectionner les 3 pathways qui ont le BH le plus fort
- Dessiner les 11 reactions correspondantes
- Selectionner C1 (average) dans Network Viz
- Appuyer sur le bouton refresh au dessus des couleurs
Resultat : Un nouveau input couleur se superpose au bouton (cf screenshot)
![image](/uploads/6735212182ea0a18ae5c974e185de923/image.png)Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/172viz & mapping2023-03-07T14:12:52+01:00Florence Vinsonviz & mappinggestion du nom des mapping
le mapping ne s'affiche pas toujours dans la listegestion du nom des mapping
le mapping ne s'affiche pas toujours dans la listeMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/171viz & gestion du cache2023-03-07T14:12:51+01:00Florence Vinsonviz & gestion du cachemetexplore a tendance a remplir le cache ; qd ordi limite en memoire apres tout "rame"
je le met pour la viz mais apparemment pas quemetexplore a tendance a remplir le cache ; qd ordi limite en memoire apres tout "rame"
je le met pour la viz mais apparemment pas queMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/170pb visualisation valeurs données discrètes2023-03-07T14:12:51+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frpb visualisation valeurs données discrèteslorsqu'on fait un mapping sur les gènes, puis lorsqu'on veut visualiser le ce mapping sur les liens (Nb_of_mapped), en choississant des valeurs discrètes, les valeurs discrètes proposées ne correspondent pas aux valeurs présentes dans la...lorsqu'on fait un mapping sur les gènes, puis lorsqu'on veut visualiser le ce mapping sur les liens (Nb_of_mapped), en choississant des valeurs discrètes, les valeurs discrètes proposées ne correspondent pas aux valeurs présentes dans la table "reactions" mais sont celles de la table "pathways".
Par exemple, pour le mapping de gènes en[GenesFoie.json](/uploads/74c1176e312c56c12712725129e37012/GenesFoie.json)[GenesFoie.json](/uploads/2b18005946ca48db832ab04714ce851a/GenesFoie.json)[GenesFoie.json](/uploads/f5ea5368976d4fbd1222bd33420f6db9/GenesFoie.json) fichier joint, la valeur maximale pour le "nb of mapped" dans la table de reactions est 3 alors que lorsqu'on veut afficher le mapping dans la vizu, l'échelle de couleur va jusqu'à 14 (qui est la valeur max dans la table pathways)Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/169mapping supprimé toujours présent dans la vizu2023-03-07T14:12:49+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frmapping supprimé toujours présent dans la vizuLorsqu'on supprime un mapping, celui-ci apparait encore dans la vizu dans le menu déroulant dans le panel de gauche lorsqu'on cherche à vizualiser un autre mapping.Lorsqu'on supprime un mapping, celui-ci apparait encore dans la vizu dans le menu déroulant dans le panel de gauche lorsqu'on cherche à vizualiser un autre mapping.Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/168[viz] import json et mapping2023-03-07T14:12:49+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.fr[viz] import json et mappingQuand on importe un json dans la vizu et qu'on choisit d'importer également le mapping, tous les mapping qui avaient été fait lors de la session pendant laquelle le json a été créé sont importés et pas uniquement celui qui était affiché ...Quand on importe un json dans la vizu et qu'on choisit d'importer également le mapping, tous les mapping qui avaient été fait lors de la session pendant laquelle le json a été créé sont importés et pas uniquement celui qui était affiché sur le réseau au moment de la sauvegarde du json : peut être que cela serait mieux de garder uniquement le mapping affiché lors de l'export ?Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardo