MetExploreViz issueshttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues2023-04-12T21:28:12+02:00https://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/223afficher le sens des réactions en fonction des bornes de flux2023-04-12T21:28:12+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frafficher le sens des réactions en fonction des bornes de fluxpour les réactions dont l'intervalle de flux est complètement négatif (lower bound et upper bound <=0), il faut inverser les sources et targets.
Pour tous les autres cas (si intervalle positif ou négatif/positif), ne rien changer !pour les réactions dont l'intervalle de flux est complètement négatif (lower bound et upper bound <=0), il faut inverser les sources et targets.
Pour tous les autres cas (si intervalle positif ou négatif/positif), ne rien changer !Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/159chargement json avec des mappings déjà en cours2023-03-03T16:10:31+01:00Louison Fresnaischargement json avec des mappings déjà en courstout est dans le titre !tout est dans le titre !Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/162[viz] remove node ne fonctionne pas quand les arrètes sont en arcs2023-03-06T17:39:32+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.fr[viz] remove node ne fonctionne pas quand les arrètes sont en arcslorsque j'ai mis les arrêtes en "arrodis" la fonction "remove node" (clic droit sur un noeud) ne fonctionnait plus : la première fois le noeud n'était pas supprimé et la 2ème fois ça a complètement planté !lorsque j'ai mis les arrêtes en "arrodis" la fonction "remove node" (clic droit sur un noeud) ne fonctionnait plus : la première fois le noeud n'était pas supprimé et la 2ème fois ça a complètement planté !Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/149Continuous color/number editor bug reset + update window2022-07-18T08:37:04+02:00Jean-Clement GallardoContinuous color/number editor bug reset + update windowJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/147Double scroll bar on graphnetwork component2022-06-22T09:10:26+02:00Jean-Clement GallardoDouble scroll bar on graphnetwork componentJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/139Erreur dans la création d'un nouveau réseau quand panel style non vide2022-07-27T11:16:30+02:00Louison FresnaisErreur dans la création d'un nouveau réseau quand panel style non videErreur dans la création d'un nouveau réseau quand panel style non videErreur dans la création d'un nouveau réseau quand panel style non videJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/164[viz] mapping reste sélectionnable dans la vizu même après avoir été supprimé2023-03-07T14:12:45+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.fr[viz] mapping reste sélectionnable dans la vizu même après avoir été suppriméLorsqu'on supprime un mapping, celui-ci apparait toujours dans le menu déroulant dans la vizuLorsqu'on supprime un mapping, celui-ci apparait toujours dans le menu déroulant dans la vizuJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/166[Viz] Pas simple pour déselectionner des noeuds2023-03-07T14:12:47+01:00Ludovic Cottret[Viz] Pas simple pour déselectionner des noeudsIl faut recliquer dessus quand on veut le deselectionner. A moins que je n'ai pas trouvé d'autres moyens. Bref, quand on en a un tas à déselectionner, ce n'est vraiment pas pratique...Il faut recliquer dessus quand on veut le deselectionner. A moins que je n'ai pas trouvé d'autres moyens. Bref, quand on en a un tas à déselectionner, ce n'est vraiment pas pratique...Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/169mapping supprimé toujours présent dans la vizu2023-03-07T14:12:49+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frmapping supprimé toujours présent dans la vizuLorsqu'on supprime un mapping, celui-ci apparait encore dans la vizu dans le menu déroulant dans le panel de gauche lorsqu'on cherche à vizualiser un autre mapping.Lorsqu'on supprime un mapping, celui-ci apparait encore dans la vizu dans le menu déroulant dans le panel de gauche lorsqu'on cherche à vizualiser un autre mapping.Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/170pb visualisation valeurs données discrètes2023-03-07T14:12:51+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frpb visualisation valeurs données discrèteslorsqu'on fait un mapping sur les gènes, puis lorsqu'on veut visualiser le ce mapping sur les liens (Nb_of_mapped), en choississant des valeurs discrètes, les valeurs discrètes proposées ne correspondent pas aux valeurs présentes dans la...lorsqu'on fait un mapping sur les gènes, puis lorsqu'on veut visualiser le ce mapping sur les liens (Nb_of_mapped), en choississant des valeurs discrètes, les valeurs discrètes proposées ne correspondent pas aux valeurs présentes dans la table "reactions" mais sont celles de la table "pathways".
Par exemple, pour le mapping de gènes en[GenesFoie.json](/uploads/74c1176e312c56c12712725129e37012/GenesFoie.json)[GenesFoie.json](/uploads/2b18005946ca48db832ab04714ce851a/GenesFoie.json)[GenesFoie.json](/uploads/f5ea5368976d4fbd1222bd33420f6db9/GenesFoie.json) fichier joint, la valeur maximale pour le "nb of mapped" dans la table de reactions est 3 alors que lorsqu'on veut afficher le mapping dans la vizu, l'échelle de couleur va jusqu'à 14 (qui est la valeur max dans la table pathways)Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/90le bypass ne marche pas2020-03-30T17:14:06+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frle bypass ne marche pasMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/76Create a check box highlight compartment on metabolite border2020-02-04T08:33:33+01:00Maxime ChazalvielCreate a check box highlight compartment on metabolite borderMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/73dans les onglets "reactions" et "link" les items sont en bas2020-06-30T14:54:37+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frdans les onglets "reactions" et "link" les items sont en basdans les onglets "reactions" et "link" il faut descendre pour voir les items, on a l'impression qu'il n'y a rien ...dans les onglets "reactions" et "link" il faut descendre pour voir les items, on a l'impression qu'il n'y a rien ...Amina TaouiAmina Taouihttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/72échelle pour la "transparency" inversée ?2020-02-04T08:32:49+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.fréchelle pour la "transparency" inversée ?Pour moi ce n'est pas très logique d'avoir une transparence maximale quand on met 0 et minimale quand on met 1 ... c'est l'inverse dans ppt ;-)Pour moi ce n'est pas très logique d'avoir une transparence maximale quand on met 0 et minimale quand on met 1 ... c'est l'inverse dans ppt ;-)Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/69Ajouter un retour des options d'affichages aux options par défaut2020-02-04T08:32:52+01:00Seyer AlexandreAjouter un retour des options d'affichages aux options par défauthttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/172viz & mapping2023-03-07T14:12:52+01:00Florence Vinsonviz & mappinggestion du nom des mapping
le mapping ne s'affiche pas toujours dans la listegestion du nom des mapping
le mapping ne s'affiche pas toujours dans la listeMaxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/173Superposition des boutons dans network viz mapping2023-03-07T14:12:53+01:00Ludovic CottretSuperposition des boutons dans network viz mappingReproduction :
- Selectionner Helianthus annuus
- Selectionner les 3 colonnes du dataset https://drive.google.com/file/d/1L8LezlM8bjaVhS7_CBvF51isw7-5K3eT/view
- Faire mapping sur gene->name avec average value
- selectionner les 3 pathwa...Reproduction :
- Selectionner Helianthus annuus
- Selectionner les 3 colonnes du dataset https://drive.google.com/file/d/1L8LezlM8bjaVhS7_CBvF51isw7-5K3eT/view
- Faire mapping sur gene->name avec average value
- selectionner les 3 pathways qui ont le BH le plus fort
- Dessiner les 11 reactions correspondantes
- Selectionner C1 (average) dans Network Viz
- Appuyer sur le bouton refresh au dessus des couleurs
Resultat : Un nouveau input couleur se superpose au bouton (cf screenshot)
![image](/uploads/6735212182ea0a18ae5c974e185de923/image.png)Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/174Le range pour les couleurs du mapping n'est pas bon2023-03-07T14:12:53+01:00Ludovic CottretLe range pour les couleurs du mapping n'est pas bonReproduction :
- Selectionner Helianthus annuus
- Selectionner les 3 colonnes du dataset https://drive.google.com/file/d/1L8LezlM8bjaVhS7_CBvF51isw7-5K3eT/view
- Faire mapping sur gene->name avec average value
- selectionner les 3 pathwa...Reproduction :
- Selectionner Helianthus annuus
- Selectionner les 3 colonnes du dataset https://drive.google.com/file/d/1L8LezlM8bjaVhS7_CBvF51isw7-5K3eT/view
- Faire mapping sur gene->name avec average value
- selectionner les 3 pathways qui ont le BH le plus fort
- Dessiner les 11 reactions correspondantes
- Selectionner C1 (average) dans Network Viz
Resultat observé : le min et le max dans les couleurs proposées sont 3 et 66.5
Resultat attendu : le min et le max dans les couleurs proposées devraient etre 40.5 et 66.5
Piste : 3 correspond au plus petit nb de reactions mappes...
![image](/uploads/915366ca50d9f1a58ca14331aa82f68e/image.png)Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/175Visu inutilisable sur Mac + Firefox2023-03-07T14:12:54+01:00Ludovic CottretVisu inutilisable sur Mac + FirefoxExemple : CTRL + Click affiche le menu contextuel.Exemple : CTRL + Click affiche le menu contextuel.Maxime ChazalvielMaxime Chazalvielhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/176Mapping non persistant2023-03-07T14:12:55+01:00Maxime ChazalvielMapping non persistantQuand on fait le metaborank et que l'on affiche les étoiles dans
le réseau on peut afficher le mapping en couleur par dessus,
mais on ne peut pas d'abord afficher le mapping, puis le
metaborank car on perd la coloration du mapping.Quand on fait le metaborank et que l'on affiche les étoiles dans
le réseau on peut afficher le mapping en couleur par dessus,
mais on ne peut pas d'abord afficher le mapping, puis le
metaborank car on perd la coloration du mapping.Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardo