diff --git a/Pretaitement_des_donnes_de_mapping.py b/Pretaitement_des_donnes_de_mapping.py
index f744e10ba68fd0298191342df9707a4a9839a735..4290d506b052ec145411e3078dca73da0049630f 100644
--- a/Pretaitement_des_donnes_de_mapping.py
+++ b/Pretaitement_des_donnes_de_mapping.py
@@ -3,12 +3,22 @@ import pandas as pd
import openpyxl as xls
import jpype
import asposecells
+import csv
jpype.startJVM()
from asposecells.api import *
input_fill="C:\\Users\\mumec\\Desktop\\fichier_en_cours_dutilisation\\ExportExcel_4311-1.xlsx"
Dossier_sortie="C:\\Users\\mumec\\Desktop\\fichier_en_cours_dutilisation\\"
+def recuperation_de_colonne(file, n, sep=";"):
+ with open(file,"r") as f:
+ r=csv.reader(f, delimiter = sep)
+ lignes=list(r) # variable interne non utilisable
+ res=[]
+ if (n < len(lignes[0])) and (n >= -len(lignes[0])):
+ for l in lignes :
+ res.append(l[n].strip())
+ return res
def recup_1_Pathways (input_fill, Dossier_sortie) :
fichier_entree = Workbook(input_fill) # chargement du fichier excel
@@ -40,11 +50,11 @@ def recup_1_Pathways (input_fill, Dossier_sortie) :
excel_file1.close()
-def recup_tout_les_pathways (Dossier, input_fill_name_without_num, output_fill, nombre_de_fichier):
+def recup_tout_les_pathways (Dossier, input_fill_name_without_num, output_fill, nombre_de_fichier,num_colonne_t_or_f=5):
tout_les_pathways=[]
for indice_fichier in range (1,nombre_de_fichier+1):
- nom_fichier=Dossier+input_fill_name_without_num+str(indice_fichier)+".xlsx"
+ nom_fichier=Dossier+input_fill_name_without_num+str(indice_fichier)+").xlsx"
fichier_en_cour_de_traitement= Workbook(nom_fichier) # chargement du fichier excel
collection_entree = fichier_en_cour_de_traitement.getWorksheets()
@@ -54,10 +64,10 @@ def recup_tout_les_pathways (Dossier, input_fill_name_without_num, output_fill,
Pathways_et_ces_metabolites.append(Nom_Pathway)
feuille_Metabolites=collection_entree.get(3)
- lignes = feuille_Metabolites.getCells().getMaxDataRow()
+ lignes = feuille_Metabolites.getCells().getMaxDataRow()+1 # la valeur s'arrete à l'avant derniére lignes si on ne met pas le +1
for indice in range(lignes):
- valeur = feuille_Metabolites.getCells().get(indice, 5).getValue()
+ valeur = feuille_Metabolites.getCells().get(indice, num_colonne_t_or_f).getValue() # mettre a jour le numéro de la colonne de présence dans le mapping (-1 car commence a 0)
if (valeur=="true" and feuille_Metabolites.getCells().get(indice, 0).getValue() not in Pathways_et_ces_metabolites ):
Pathways_et_ces_metabolites.append(feuille_Metabolites.getCells().get(indice, 0).getValue())
@@ -70,7 +80,7 @@ def recup_tout_les_pathways (Dossier, input_fill_name_without_num, output_fill,
tout_les_pathways.to_excel(excel_sortie)
excel_sortie.close()
-#recup_tout_les_pathways ("C:\\Users\\mumec\\Desktop\\fichier_en_cours_dutilisation\\", "ExportExcel_4311-", "C:\\Users\\mumec\\Desktop\\fichier_en_cours_dutilisation\\MetExplore_R22_L100_Pathways_avec_metabolites.xlsx", 59)
+#recup_tout_les_pathways ("C:\\Users\\mumec\\Desktop\\fichier_en_cours_dutilisation\\", "ExportExcel_4311-", "C:\\Users\\mumec\\Desktop\\fichier_en_cours_dutilisation\\MetExplore_R22_L100_Pathways_avec_metabolites.xlsx", 59,nombre_de_fichier,num_colonne_t_or_f=5)
@@ -123,54 +133,60 @@ def mise_en_forme_CPDB_mapping (Results_fill, correspondance_fill, output_fill):
excel_file_sortie.close()
-def pretraitement_resultats_Ramp (Resultas_Ramp, output_file_lists,output_file_table, pathways_IDs='oui'):
+def pretraitement_resultats_Ramp (Resultas_Ramp, output_file, pathways_IDs='oui'):
colonne_Pathways_Name=recuperation_de_colonne(Resultas_Ramp, 0)
colonne_input_IDs=recuperation_de_colonne(Resultas_Ramp, 3)
colonne_input_common_Name=recuperation_de_colonne(Resultas_Ramp, 4)
if (pathways_IDs=="oui") :
- print('Salut')
colonne_Pathways_IDs=recuperation_de_colonne(Resultas_Ramp, 2)
IDs_Tout_les_Pathways=[]
IDs_Tout_les_metabolites_mappes=[]
Name_Tout_les_metabolites_mappes=[]
Tout_les_Pathways=[]
+ metabolites_ID_associe_au_pathway=[]
+ metabolites_name_associe_au_pathway=[]
for numero in range (1,len(colonne_Pathways_IDs)):
if (colonne_Pathways_Name[numero] not in Tout_les_Pathways):
Tout_les_Pathways.append(colonne_Pathways_Name[numero])
+ metabolites_ID_associe_au_pathway.append([colonne_input_IDs[numero]])
+ metabolites_name_associe_au_pathway.append([colonne_input_common_Name[numero]])
if (pathways_IDs=="oui") :
IDs_Tout_les_Pathways.append(colonne_Pathways_IDs[numero])
+ else:
+ metabolites_ID_associe_au_pathway[Tout_les_Pathways.index(colonne_Pathways_Name[numero])].append(colonne_input_IDs[numero])
+ metabolites_name_associe_au_pathway[Tout_les_Pathways.index(colonne_Pathways_Name[numero])].append(colonne_input_common_Name[numero])
if colonne_input_IDs[numero] not in IDs_Tout_les_metabolites_mappes :
IDs_Tout_les_metabolites_mappes.append(colonne_input_IDs[numero])
Name_Tout_les_metabolites_mappes.append(colonne_input_common_Name[numero])
+ Tout_les_Pathways.insert(0,"Noms_voies_metaboliques")
+ IDs_Tout_les_Pathways.insert(0,"ID_voies _metaboliques")
+ Name_Tout_les_metabolites_mappes.insert(0,"Noms_metabolites_mappes")
+ IDs_Tout_les_metabolites_mappes.insert(0,"ID_metabolites_mappes")
+ metabolites_ID_associe_au_pathway.insert(0,"ID_metabolites_associés")
+ metabolites_name_associe_au_pathway.insert(0,"Noms_metabolites_associés")
- print(len(Tout_les_Pathways))
- print(len(IDs_Tout_les_Pathways))
- print(len(Name_Tout_les_metabolites_mappes))
- print(len(IDs_Tout_les_metabolites_mappes))
-
- tableau_des_pathways=np.zeros((len(Name_Tout_les_metabolites_mappes),len(Tout_les_Pathways)))
+ if (pathways_IDs=="oui") :
+ Total=[Tout_les_Pathways,IDs_Tout_les_Pathways,metabolites_ID_associe_au_pathway,metabolites_name_associe_au_pathway, Name_Tout_les_metabolites_mappes,IDs_Tout_les_metabolites_mappes]
+ else:
+ Total=[Tout_les_Pathways,metabolites_ID_associe_au_pathway,metabolites_name_associe_au_pathway,Name_Tout_les_metabolites_mappes,IDs_Tout_les_metabolites_mappes]
+ P_et_M=[Tout_les_Pathways,metabolites_ID_associe_au_pathway,metabolites_name_associe_au_pathway]
+ P_et_M_name=[Tout_les_Pathways,metabolites_name_associe_au_pathway]
- for iteration in range (1,len(colonne_input_IDs)):
- tableau_des_pathways[IDs_Tout_les_metabolites_mappes.index(colonne_input_IDs[iteration]),Tout_les_Pathways.index(colonne_Pathways_Name[iteration])]+=1
- print(np.sum(tableau_des_pathways))
- if (pathways_IDs=="oui") :
- Ensemble=[Tout_les_Pathways,IDs_Tout_les_Pathways, Name_Tout_les_metabolites_mappes,IDs_Tout_les_metabolites_mappes]
- else:
- Ensemble=[Tout_les_Pathways,Name_Tout_les_metabolites_mappes,IDs_Tout_les_metabolites_mappes]
+ Total = pd.DataFrame(Total ,dtype=object)
+ P_et_M= pd.DataFrame(P_et_M ,dtype=object)
+ P_et_M_name= pd.DataFrame(P_et_M_name ,dtype=object)
+ excel_file = pd.ExcelWriter(output_file)
+ Total.to_excel(excel_file,sheet_name="global")
+ P_et_M.to_excel(excel_file,sheet_name="Pathways_et_les_metas")
+ P_et_M_name.to_excel(excel_file,sheet_name="Pathways_et_les_metas_name")
+ excel_file.close()
- Ensemble = pd.DataFrame(Ensemble ,dtype=object)
- excel_file_Ensemble = pd.ExcelWriter(output_file_lists)
- Ensemble.to_excel(excel_file_Ensemble)
- excel_file_Ensemble.close()
- tableau_des_pathways = pd.DataFrame(tableau_des_pathways ,dtype=object)
- excel_file_table = pd.ExcelWriter(output_file_table)
- tableau_des_pathways.to_excel(excel_file_table)
- excel_file_table.close()
+#pretraitement_resultats_Ramp ("C:\\Users\\mumec\\Desktop\\Mini_codes\\results_LTest_V0_ramp_pathways.csv", "C:\\Users\\mumec\\Desktop\\Mini_codes\\results_LTest_V0_ramp_pathways_listes.xlsx", pathways_IDs='oui')
\ No newline at end of file