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# Mise à jour et standardisation des séries chronologiques d'abondance du saumon atlantique sur les cours d'eau de l'ORE DiaPFC et la Bresle
# Mise à jour et standardisation des séries chronologiques d'abondance du saumon atlantique sur les cours d'eau de l'ORE DiaPFC
## STRUCTURE
Le dossier se compose de sous-dossiers correspondant aux différents sites de l'ORE analysés (Bresle, Scorff, Oir et Nivelle). Ces dossiers sont sous-divisés en fonction des stades observés (adultes, smolts ou tacons) :
ORE/ # dossier racine
|
|_Abundance/ # dossier contenant les analyses des indices d'abondances
|
|_Abundance/ # dossier contenant les analyses des indices d'abondances
- README.md # ce fichier
- run.sh # script bash permettant de créer les scripts d'analyse par site et par stade (ex: analyse_tacon.R) puis de lancer les analyses; faire ./run.sh dans un terminal (linux)
- analyse.R # script d'analyse principal; ce script est automatiquement modifié via run.sh pour changer les paramètres (ex: nombre d'itérations,...)
|_doc/ # contient les rapports,...
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|_Bresle/
|_doc/ # contient les rapports,...
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|_Bresle/
|_adult/
|_smolt/
- data/ # données d'échantillonnage
......
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