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Le dossier se compose de sous-dossiers correspondant aux différents sites de l'ORE analysés (Bresle, Scorff, Oir et Nivelle). Ces dossiers sont sous-divisés en fonction des stades observés (adultes, smolts ou tacons) :
ORE/ # dossier racine
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|_Abundance/ # dossier contenant les analyses des indices d'abondances
- README.md # ce fichier
- run.sh # script bash permettant de créer les scripts d'analyse par site et par stade (ex: analyse_tacon.R) puis de lancer les analyses; faire ./run.sh dans un terminal (linux)
- analyse.R # script d'analyse principal; ce script est automatiquement modifié via run.sh pour changer les paramètres (ex: nombre d'itérations,...)
|_doc/ # contient les rapports,...
ORE/ # dossier racine
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|_Abundance/ # dossier contenant les analyses des indices d'abondances
- README.md # ce fichier
- run.sh # script bash permettant de créer les scripts d'analyse par site et par stade (ex: analyse_tacon.R) puis de lancer les analyses; faire ./run.sh dans un terminal (linux)
- analyse.R # script d'analyse principal; ce script est automatiquement modifié via run.sh pour changer les paramètres (ex: nombre d'itérations,...)
|_doc/ # contient les rapports,...
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|_Bresle/
|_adult/
|_smolt/
- data/ # données d'échantillonnage
- inits/ # contient un script R (inits_smolt.R) qui génère automatiquement les valeurs initiales pour les chaînes MCMC
- model/ # modele pour les inférences
- results/ # contient les diagnostiques et les résultats des analyses
- Sab/ # dossier des analyses faites par Sabrina Servanty (cf. rapport dans le dossier doc/)
- parameters_smolt.R # paramètres à monitorer
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|_Bresle/
|_adult/
|_smolt/
- data/ # données d'échantillonnage
- inits/ # contient un script R (inits_smolt.R) qui génère automatiquement les valeurs initiales pour les chaînes MCMC
- model/ # modele pour les inférences
- results/ # contient les diagnostiques et les résultats des analyses
- Sab/ # dossier des analyses faites par Sabrina Servanty (cf. rapport dans le dossier doc/)
- parameters_smolt.R # paramètres à monitorer
|_Oir/
|_adult/
|_smolt/
|_tacon/
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|_Oir/
|_adult/
|_smolt/
|_tacon/
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|_Scorff/
|_adult/
|_smolt/
|_tacon/
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|_Nivelle/
|_adult/
|_tacon/
- analyse_coda_tacon.R # Permet d'obtenir des fichiers textes avec les estimations finales d'abondance à partir des CODA (S. Servanty)
|_Scorff/
|_adult/
|_smolt/
|_tacon/
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|_Nivelle/
|_adult/
|_tacon/
- analyse_coda_tacon.R # Permet d'obtenir des fichiers textes avec les estimations finales d'abondance à partir des CODA (S. Servanty)
## ANALYSES
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