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# Mise à jour et standardisation des séries chronologiques d'abondance du saumon atlantique sur les cours d'eau de l'ORE DiaPFC et la Bresle
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## STRUCTURE

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Le dossier se compose de sous-dossiers correspondant aux différents sites de l'ORE analysés (Bresle, Scorff, Oir et Nivelle). Ces dossiers sont sous-divisés en fonction des stades observés (adultes, smolts ou tacons) :  
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ORE/  # dossier racine
|
|_Abundance/ # dossier contenant les analyses des indices d'abondances
	- README.md # ce fichier
	- run.sh # script bash permettant de créer les scripts d'analyse par site et par stade (ex: analyse_tacon.R) puis de lancer les analyses; faire ./run.sh dans un terminal (linux)
	- analyse.R # script d'analyse principal; ce script est automatiquement modifié via run.sh pour changer les paramètres (ex: nombre d'itérations,...)
	|_doc/ # contient les rapports,...
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 		|_Bresle/
   			|_adult/
			  |_smolt/
          			- data/ # données d'échantillonnage
          			- inits/ # contient un script R (inits_smolt.R) qui génère automatiquement les valeurs initiales pour les chaînes MCMC
          			- model/ # modele pour les inférences
          			- results/ # contient les diagnostiques et les résultats des analyses
          			- Sab/ # dossier des analyses faites par Sabrina Servanty (cf. rapport dans le dossier doc/)
          			- parameters_smolt.R # paramètres à monitorer
  		|
 		|_Oir/
      			|_adult/
     			|_smolt/
      			|_tacon/
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  		|_Scorff/
      			|_adult/
      			|_smolt/
      			|_tacon/
  		|
  		|_Nivelle/
      			|_adult/
      			|_tacon/
				- analyse_coda_tacon.R # Permet d'obtenir des fichiers textes avec les estimations finales d'abondance à partir des CODA (S. Servanty)


## ANALYSES

1. Ouvrir le fichier "run.sh" et faire les modifications nécessaires (nb d'itérations,...)
2. Dans un terminal (linux): ./run.sh 

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## TO DO

- défifnir des requêtes pour extraire les données de la base directement
- repenser les tableaux de données: automatisation via la BDD? extraction via tableurs excel? Cela forcera à reprendre les scripts R (notamment au niveau du nettpyage/formattage des données)
- Vérifier les dates
- Nettoyage scripts data et inits (enlever les parties commentées)
- mettre sous GitHub
- ajouter nom du site aux résultats
- Passer sous JAGS? OpenBUGS n'est plus (trop) maintenu, problème de format de données et d'allocation de mémoire + meilleur intégration de jags dans R
- Nécessite de regarder si il y a des "cut" dans les modèles

# BRESLE
* automatisation des inits (cf inits_stade.R)
* séparation 1HM/PHM basée sur la taille / seuil fixé à 70cm / à actualiser?

# SCORFF
* modele SMOLT change chaqque année en fonction de l'arret des pièges!
* automatisation des inits pour les adultes (cf inits_stade.R)

# OIR
* automatisation des inits (cf inits_stade.R)
* Les données smolts vont jusqu'à 2016!

# NIVELLE
* automatisation des inits (cf inits_stade.R)