fichier rmd

202111_Rotenone/report_Rotenone.Rmd

@@ -347,8 +347,6 @@ qstat
 #Rapport de l'affiliation des OTUs
 qsub -cwd -V -N affiliations_stats -o LOGS -e LOGS -b y "conda activate frogs-3.2.2 && affiliations_stat.py --input-biom FROGS/affiliation.biom --output-file FROGS/affiliations_stats.html --log-file FROGS/affiliations_stats.log --multiple-tag blast_affiliations --tax-consensus-tag blast_taxonomy --identity-tag perc_identity --coverage-tag perc_query_coverage  && conda deactivate"
 
-Job 4046552
-
 ```
 
 Numéro du job **affiliation** sur le cluster de migale: 4046545
@@ -368,8 +366,6 @@ Création fichiers **multi_aff.tsv** pour import **affiliationExplorer** et **af
 ```{bash}
 qsub -cwd -V -N biom_to_tsv -o LOGS -e LOGS -b y "conda activate frogs-3.2.2 && biom_to_tsv.py --input-biom FROGS/affiliation.biom --input-fasta FROGS/filters.fasta --output-tsv FROGS/affiliation.tsv --output-multi-affi FROGS/multi_aff.tsv --log-file FROGS/biom_to_tsv.log  && conda deactivate"
 
-Job 4046554
-
 ```
 
 Numéro du job **biom_to_tsv** sur le cluster de migale: 4046554
@@ -384,15 +380,15 @@ Je refais un  <strong class="tool">affiliations_stats</strong> sur le biom netto
 #Il faut importer le fichiers "cleaned_biom-2021-06-17.biom" généré par affiliationExplorer
 
 #Affiliation stat pour comparer avant et après correction avec affiliationExplorer
-qsub -cwd -V -N affiliations_stats_cleaned -o LOGS -e LOGS -b y "conda activate frogs-3.2.2 && affiliations_stat.py --input-biom cleaned_biom-2021-10-19.biom --output-file FROGS/affiliations_stats_cleaned.html --log-file FROGS/affiliations_stats_cleaned.log --multiple-tag blast_affiliations --tax-consensus-tag blast_taxonomy --identity-tag perc_identity --coverage-tag perc_query_coverage  && conda deactivate"
-
-Job 3983975
+qsub -cwd -V -N affiliations_stats_cleaned -o LOGS -e LOGS -b y "conda activate frogs-3.2.2 && affiliations_stat.py --input-biom cleaned_biom-2021-11-17.biom --output-file FROGS/affiliations_stats_cleaned.html --log-file FROGS/affiliations_stats_cleaned.log --multiple-tag blast_affiliations --tax-consensus-tag blast_taxonomy --identity-tag perc_identity --coverage-tag perc_query_coverage  && conda deactivate"
 
 ```
 
+Numéro du job **affiliations_stats_cleaned** sur le cluster de migale: 4048514
+
 Lien vers le [rapport affiliations_stats_cleaned](FROGS/affiliations_stats_cleaned.html)
 
-<div class="alert comment">Suite aux différents outils FROGS utilisés pour le nettoyage des séquences, l'échantillon 113pq2 n'a plus que 1250 reads alors que tous les autres échantillons ont un nombre de reads > 15000, cet échantillon devra être supprimé lors de la rarefaction pour éviter de rarefier sur trop peu de séquences</div>  
+<div class="alert comment">Suite aux différents outils FROGS utilisés pour le nettoyage des séquences, l'échantillon 2.1 n'a plus que 42 séquences alors que tous les autres échantillons ont un nombre de séquences > 19000, cet échantillon devra être supprimé pour les analyses statistiques.</div>  
 
 ### Tree
 
@@ -404,11 +400,12 @@ Je crée l'arbre phylogénique avec <strong class="tool">tree</strong>
 conda activate frogs-3.2.2 && tree.py --help
 
 #Creation arbre phylogenique
-qsub -cwd -V -N tree -o LOGS -e LOGS -b y "conda activate frogs-3.2.2 && tree.py --input-sequences  FROGS/filters.fasta --biom-file cleaned_biom-2021-10-19.biom --out-tree FROGS/tree.nhx --html FROGS/tree.html --log-file FROGS/tree.log  && conda deactivate"
+qsub -cwd -V -N tree -o LOGS -e LOGS -b y "conda activate frogs-3.2.2 && tree.py --input-sequences  FROGS/filters.fasta --biom-file cleaned_biom-2021-11-17.biom --out-tree FROGS/tree.nhx --html FROGS/tree.html --log-file FROGS/tree.log  && conda deactivate"
 
-Job 3983983
 ```
 
+Numéro du job **tree** sur le cluster de migale: 4048515
+
 Lien vers l'arbre [Tree](FROGS/tree.html)
 
 # Metagenomic phyloseq analysis