fichier rmd et html

202111_Rotenone/report_Rotenone.Rmd

@@ -381,7 +381,7 @@ qsub -cwd -V -N affiliations_stats_cleaned -o LOGS -e LOGS -b y "conda activate
 
 ```
 
-Numéro du job **affiliations_stats_cleaned** sur le cluster de migale: 4048514
+Numéro du job **affiliations_stats_cleaned** sur le cluster de migale: 4049992
 
 Lien vers le [rapport affiliations_stats_cleaned](FROGS/affiliations_stats_cleaned.html)
 
@@ -401,7 +401,7 @@ qsub -cwd -V -N tree -o LOGS -e LOGS -b y "conda activate frogs-3.2.2 && tree.py
 
 ```
 
-Numéro du job **tree** sur le cluster de migale: 4048515
+Numéro du job **tree** sur le cluster de migale:  4049993
 
 Lien vers l'arbre [Tree](FROGS/tree.html)
 
@@ -484,7 +484,7 @@ sample_variables(frogs.data)
 
 ```{r sample selection,fig.width=10,fig.height=4, eval=TRUE}
 #Je supprime les échantillons TF51_2, T026, TF50_2 et T023_2 qui ont un nombre de séquences < 5000
-frogs.data <- subset_samples(frogs.data, !(sample_names(frogs.data) %in% c("2.1")) )
+frogs.data <- subset_samples(frogs.data, !(sample_names(frogs.data) %in% c("2_1")) )
 
 frogs.data 
 ```
@@ -1829,7 +1829,7 @@ plot_da_boxplot(plotdata)
 
 Représentation en boxplot des OTUs differentiellements abondants 
 
-```{r 43-boxplot-Phylum,fig.width = 8, fig.height = 4, eval=TRUE}
+```{r 43-boxplot-Phylum,fig.width = 10, fig.height = 4, eval=TRUE}
 
 p<-ggplot(plotdata, aes(x=OTU2,y=Abundance,fill=Phylum,color=Phylum,alpha=Group)) +
  scale_y_log10() +
@@ -1845,7 +1845,7 @@ plot(p)
 
 ### Boxplot Family
 
-```{r 44-boxplot-Family,fig.width = 8, fig.height = 4, eval=TRUE}
+```{r 44-boxplot-Family,fig.width = 10, fig.height = 4, eval=TRUE}
 p<-ggplot(plotdata, aes(x=OTU2,y=Abundance,fill=Family,color=Family,alpha=Group)) +
  scale_y_log10() +
  scale_alpha_discrete(range=c(0,1), guide=guide_legend(override.aes = list(fill="black"))) +
@@ -1880,7 +1880,6 @@ plot_da_compositebis(da.otus, data, labvec = c("Vehicule" = "V", "Rotenone" = "R
 ```
 
 
-
 ```{r  session info,eval = TRUE}
 #conflicts(detail=TRUE)
 sessionInfo()