fin analyses frogs femelle vs males

202106_Obeglu/report_Obeglu_FvsM.Rmd

@@ -308,17 +308,20 @@ Je vais rectifier toutes les multis affiliations sur "affiliationExplorer"
 
 * Lien pour accéder au module: [affiliationExplorer](https://shiny.migale.inrae.fr/app/affiliationexplorer)
 
+
 Je refais un  <strong class="tool">affiliations_stats</strong> sur le biom nettoyé des multis affiliations
 
 ```{bash}
 
 #Affiliation stat pour comparer avant et après correction avec affiliationExplorer
-qsub -cwd -V -N affiliations_stats_cleaned -o LOGS -e LOGS -b y "conda activate frogs-3.2.2 && affiliations_stat.py --input-biom cleaned_biom-2021-06-23.biom --output-file FROGSfm/affiliations_stats_cleaned.html --log-file FROGSfm/affiliations_stats_cleaned.log --multiple-tag blast_affiliations --tax-consensus-tag blast_taxonomy --identity-tag perc_identity --coverage-tag perc_query_coverage  && conda deactivate"
+qsub -cwd -V -N affiliations_stats_cleaned -o LOGS -e LOGS -b y "conda activate frogs-3.2.2 && affiliations_stat.py --input-biom cleaned_biom-2022-01-18.biom --output-file FROGSfm/affiliations_stats_cleaned.html --log-file FROGSfm/affiliations_stats_cleaned.log --multiple-tag blast_affiliations --tax-consensus-tag blast_taxonomy --identity-tag perc_identity --coverage-tag perc_query_coverage  && conda deactivate"
 
 Job 3635034
 
 ```
 
+Message du termminal: "Your job 4200552 ("affiliations_stats_cleaned") has been submitted"
+
 Lien vers le [rapport affiliations_stats_cleaned](FROGSfm/affiliations_stats_cleaned.html)
 
 ### Tree
@@ -331,14 +334,40 @@ Je crée l'arbre phylogénique avec <strong class="tool">tree</strong>
 conda activate frogs-3.2.2 && tree.py --help
 
 #Creation arbre phylogenique
-qsub -cwd -V -N tree -o LOGS -e LOGS -b y "conda activate frogs-3.2.2 && tree.py --input-sequences  FROGSfm/filters.fasta --biom-file cleaned_biom-2021-06-23.biom --out-tree FROGSfm/tree.nhx --html FROGSfm/tree.html --log-file FROGSfm/tree.log  && conda deactivate"
+qsub -cwd -V -N tree -o LOGS -e LOGS -b y "conda activate frogs-3.2.2 && tree.py --input-sequences  FROGSfm/filters.fasta --biom-file cleaned_biom-2022-01-18.biom --out-tree FROGSfm/tree.nhx --html FROGSfm/tree.html --log-file FROGSfm/tree.log  && conda deactivate"
 
 Job 3635036
 
 ```
 
+Message du termminal: "Your job 4200553 ("tree") has been submitted"
+
 Lien vers l'arbre [Tree](FROGSfm/tree.nwk)
 
+```{bash}
+#Commit du fichier data.tar.gz qui est un fichier lourd
+git add data.tar.gz
+
+git add FROGS*.biom
+git add *.html
+git add *affiliation.tsv
+
+#Enusite faire les commits
+git commit -m "fichiers tar"
+
+#Puis faire les push
+git push
+
+#Si gitlab fatal: pack exceeds maximum allowed size
+#Pour supprimer dernier commit:
+git reset HEAD~
+
+#Pour supprimer les fichiers venndiagram
+rm -f VennDiagram*.log
+#Pour supprimer de force un dossier et tout ce qu'il contient
+rm -rf ... 
+```
+
 ## Metagenomic phyloseq analysis 
 
 ### Import données