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# atelier_repro
# Hackathon inter-CATIs Sète 2021: Atelier Reproductibilité
lien vers le GITLAB PAGES : [https://inter_cati_omics.pages.mia.inra.fr/hackathon_octobre2021/atelier_repro/](https://inter_cati_omics.pages.mia.inra.fr/hackathon_octobre2021/atelier_repro/)
{% pdf title="Slides présentation de l'atelier", src="HackathonReproIntro_20210930.pdf", width="100%", height="550", link=false %}{% endpdf %}
# Planning pour les 3 demies-journées du hackathon
......@@ -56,7 +61,7 @@ Live tuto
## J.2.SnakeMake
Snakemake: les bonnes pratiques
Snakemake: discussion autour des bonnes pratiques (1h)
- Structuration du workflow
- Configurations (paramétrages, ressources de calcul (profile))
- Modularité (rules et workflows)
......@@ -70,9 +75,11 @@ Snakemake: les bonnes pratiques
Pas de live tuto
Organisation des groupes de travail :
- identification des thématiques et délivrables (cf séance visio parallèle snakemake)
- identification des thématiques et délivrables (cf séance visio parallèle snakemake du 30/09)
- constitution des groupes en fonction du niveau des participants
Démarrage des travaux
## J.3.Hands On
Introduction / Synthèse:
......@@ -85,11 +92,11 @@ Prérequis pour l’atelier :
- mode --fakeroot sur genotoul vs. VM dédiée avec comptes nominatifs droits sudo
- [modulo le réseau] VM ou Laptop Linux avec
- singularity
- miniconda
- JAVA
- droits SUDO
- build SIF sur Forge ?
- singularity
- miniconda
- JAVA
- droits SUDO
- build SIF sur Forge ?
- On prévoit des images de base singularity déjà sur ces clusters au cas ou (salmon, R, …)
......
# Summary
* [Introduction](README.md)
* [Singularity](Singularity/README.md)
* [NextFlow](NextFlow/README.md)
* [Snakemake](Snakemake/README.md)
{
"plugins": ["pdf-pro", "accordion", "advanced-emoji"]
}
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