metexplore issueshttps://forgemia.inra.fr/groups/metexplore/-/issues2024-01-31T11:52:47+01:00https://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2349import kegg2024-01-31T11:52:47+01:00Florence Vinsonimport keggimport kegg crée une erreur et rien dans le lien jobimport kegg crée une erreur et rien dans le lien jobLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2325Sorting BioSources gives the wrong ordering2023-07-04T07:10:24+02:00Elva-Maria Novoa-Del-ToroSorting BioSources gives the wrong orderingWhen I click on a column name of a numeric column from the table of BioSources of a given organism, I get the wrong ordering. It seems like the numbers are considered strings. For example, 72, 50, 2606, 2420, ... for the descending sorti...When I click on a column name of a numeric column from the table of BioSources of a given organism, I get the wrong ordering. It seems like the numbers are considered strings. For example, 72, 50, 2606, 2420, ... for the descending sorting by the number of metabolites of the E. coli BioSourcesFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore-training/-/issues/1Change the screenshot of the excel filter in english2023-11-07T14:43:27+01:00Ludovic CottretChange the screenshot of the excel filter in englishhttps://metexplore.pages.mia.inra.fr/metexplore-training/docs/mappingmetabolomics/mapids/https://metexplore.pages.mia.inra.fr/metexplore-training/docs/mappingmetabolomics/mapids/https://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2320KEGG import does not work anymore2023-06-21T09:21:33+02:00Ludovic CottretKEGG import does not work anymoreIt's a met4j issue due to changes in KEGG API.It's a met4j issue due to changes in KEGG API.Ludovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/222node information in exportHTML2023-04-12T11:28:13+02:00Louison Fresnaisnode information in exportHTMLIl pourrait être intéressant d'exporter les informations concernant les noeuds lors de l'exportHTML.
Je fait référence à ce type de panel, accessible en cliquant sur "See more information":
![image](/uploads/620d2b872f6d90385b83b60941...Il pourrait être intéressant d'exporter les informations concernant les noeuds lors de l'exportHTML.
Je fait référence à ce type de panel, accessible en cliquant sur "See more information":
![image](/uploads/620d2b872f6d90385b83b609419be692/image.png)
On pourrait modifier la quantité d'information : Par exemple pour les réactions n'afficher que l'équation ?
MerciJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2317quand on fait de la curation sur une réaction on perd l'affiche de certains c...2023-04-06T16:07:23+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frquand on fait de la curation sur une réaction on perd l'affiche de certains colonnes dans les gridsFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2316curation des réactions : suppression d'un substrat ne fonctionne pas2023-04-06T16:06:26+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frcuration des réactions : suppression d'un substrat ne fonctionne pasFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/223afficher le sens des réactions en fonction des bornes de flux2023-04-12T21:28:12+02:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.frafficher le sens des réactions en fonction des bornes de fluxpour les réactions dont l'intervalle de flux est complètement négatif (lower bound et upper bound <=0), il faut inverser les sources et targets.
Pour tous les autres cas (si intervalle positif ou négatif/positif), ne rien changer !pour les réactions dont l'intervalle de flux est complètement négatif (lower bound et upper bound <=0), il faut inverser les sources et targets.
Pour tous les autres cas (si intervalle positif ou négatif/positif), ne rien changer !Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2311[grid] décalage colonnes resultat mapping2023-03-24T16:09:54+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.fr[grid] décalage colonnes resultat mappingQuand on fait un mapping sur des métabolites, pour les colonnes de résultats qui sont ajoutées dans la grid "métabolites", il y a un décalage entre le contenu et leur header (il n'y a pas ce problème pour les réactions).Quand on fait un mapping sur des métabolites, pour les colonnes de résultats qui sont ajoutées dans la grid "métabolites", il y a un décalage entre le contenu et leur header (il n'y a pas ce problème pour les réactions).Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/159chargement json avec des mappings déjà en cours2023-03-03T16:10:31+01:00Louison Fresnaischargement json avec des mappings déjà en courstout est dans le titre !tout est dans le titre !Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/156Map condition + compartiment/pathway2022-12-05T12:22:56+01:00Louison FresnaisMap condition + compartiment/pathwayL'idée est de pouvoir à la fois mapper une condition biologique sur les liens en même temps qu'un mapping des pathways ou des compartiments sur les liens !
Merci !L'idée est de pouvoir à la fois mapper une condition biologique sur les liens en même temps qu'un mapping des pathways ou des compartiments sur les liens !
Merci !Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/162[viz] remove node ne fonctionne pas quand les arrètes sont en arcs2023-03-06T17:39:32+01:00Nathalie Poupinnathalie.poupin@inrae.fr[viz] remove node ne fonctionne pas quand les arrètes sont en arcslorsque j'ai mis les arrêtes en "arrodis" la fonction "remove node" (clic droit sur un noeud) ne fonctionnait plus : la première fois le noeud n'était pas supprimé et la 2ème fois ça a complètement planté !lorsque j'ai mis les arrêtes en "arrodis" la fonction "remove node" (clic droit sur un noeud) ne fonctionnait plus : la première fois le noeud n'était pas supprimé et la 2ème fois ça a complètement planté !Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/155Avoid label overlapping (like ggrepel)2022-11-07T08:55:04+01:00Louison FresnaisAvoid label overlapping (like ggrepel)Le placement des labels est assez fastidieux et non sauvegardé dans le JSON.
Du coup il serait intéressant d'ajouter une option permettant de les placer automatiquement pour éviter qu'ils s'overlap (un peu comme ggrepel dans R).
A titre ...Le placement des labels est assez fastidieux et non sauvegardé dans le JSON.
Du coup il serait intéressant d'ajouter une option permettant de les placer automatiquement pour éviter qu'ils s'overlap (un peu comme ggrepel dans R).
A titre d'exemple voilà un lien vers cette fonctionnalité présente dans ggplot:
https://www.r-bloggers.com/2016/01/repel-overlapping-text-labels-in-ggplot2/
Merci !Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/tools/degradation-products-search/-/issues/1customize transitions list for mass differences2022-08-24T12:27:35+02:00Clement Frainaycustomize transitions list for mass differencesCurrently the massdiff network is build from a predefined list of expected reactions.
Since experimental setup often prevent some transitions to append (cosubstrate or enzyme availability), a selection widget would be useful to display o...Currently the massdiff network is build from a predefined list of expected reactions.
Since experimental setup often prevent some transitions to append (cosubstrate or enzyme availability), a selection widget would be useful to display only relevant transitions in the network.Clement FrainayClement Frainayhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/150implement setDiscreteMappingInt2022-07-19T11:31:05+02:00Jean-Clement Gallardoimplement setDiscreteMappingIntJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/149Continuous color/number editor bug reset + update window2022-07-18T08:37:04+02:00Jean-Clement GallardoContinuous color/number editor bug reset + update windowJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/147Double scroll bar on graphnetwork component2022-06-22T09:10:26+02:00Jean-Clement GallardoDouble scroll bar on graphnetwork componentJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2278[met4j-api] retourner 400 quand mauvaise requete2022-06-01T09:45:45+02:00Ludovic Cottret[met4j-api] retourner 400 quand mauvaise requetemetexplore-api/biosourcsblabla/ rend une valeur de retour de 200 alors qu'elle devrait rendre un 400.metexplore-api/biosourcsblabla/ rend une valeur de retour de 200 alors qu'elle devrait rendre un 400.Florence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/143Possibilité d'allonger la zone de texte des labels2022-05-31T20:09:45+02:00Louison FresnaisPossibilité d'allonger la zone de texte des labelsIl pourrait être utile de déterminer la forme de la "zone de texte" du label lorsque l'on le change à la main.
![image](/uploads/726d10c6311795e6d345d5f38b029571/image.png)
Par exemple sur la capture d'écran ci-dessus, je voudrais rall...Il pourrait être utile de déterminer la forme de la "zone de texte" du label lorsque l'on le change à la main.
![image](/uploads/726d10c6311795e6d345d5f38b029571/image.png)
Par exemple sur la capture d'écran ci-dessus, je voudrais rallonger la zone de texte afin d'afficher le nom de la réaction sur une ligne.
Merci !Jean-Clement GallardoJean-Clement Gallardohttps://forgemia.inra.fr/metexplore/MetExploreViz/-/issues/140Use table instead of json for coordinates import2022-05-31T09:22:48+02:00Clement FrainayUse table instead of json for coordinates importImport coordinates is the only "mapping" in the viz that do not use a simple tabulated file format. The expected json structure is not found in the documentation, making this feature difficult to useImport coordinates is the only "mapping" in the viz that do not use a simple tabulated file format. The expected json structure is not found in the documentation, making this feature difficult to useJean-Clement GallardoJean-Clement Gallardo