metexplore issueshttps://forgemia.inra.fr/groups/metexplore/-/issues2023-02-27T17:25:05+01:00https://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2098Resume du mapping sur les pathways à la façon de MapMan2023-02-27T17:25:05+01:00Ludovic CottretResume du mapping sur les pathways à la façon de MapManFuture DevelopmentsFlorence VinsonFlorence Vinsonhttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/2080Import of proteins in KEGG2019-04-11T15:47:13+02:00Fabien JourdanImport of proteins in KEGGWe don't import protein names from KEGG networks so it is not easy to map them...
We should adapt the importWe don't import protein names from KEGG networks so it is not easy to map them...
We should adapt the importFuture DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1948Support SBML L3V22019-03-22T08:34:15+01:00Maxime ChazalvielSupport SBML L3V2Demande de BaudoinDemande de BaudoinFuture DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1947Garantie que tous les champs Notes et Annotations sont bien exportés et im...2019-03-22T08:34:15+01:00Maxime ChazalvielGarantie que tous les champs Notes et Annotations sont bien exportés et importés en SBMLDemande de BaudoinDemande de BaudoinFuture DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1946Support pour le package group SBML2019-03-22T08:34:14+01:00Maxime ChazalvielSupport pour le package group SBMLDemande de BaudoinDemande de BaudoinFuture DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1945Rapport d'annotation2019-03-22T08:34:14+01:00Maxime ChazalvielRapport d'annotationDemande de Baudoin:
- Possibilité d'exporter des rapports (CSV et/ou PDF)
- concernant:
- les caractéristiques du modèle ("N réactions dans le modèle ont
une annotation vers XXXX")
- l'avancement de la curat...Demande de Baudoin:
- Possibilité d'exporter des rapports (CSV et/ou PDF)
- concernant:
- les caractéristiques du modèle ("N réactions dans le modèle ont
une annotation vers XXXX")
- l'avancement de la curation ("N nouvelles réactions depuis
XX/XX/XXXX")
- qui a fait quoi ("le XX/XX/XXXX, le curateur XXX, a modifié le
champs XXX de 'XXX' à 'XXX'")
- l'outil le plus avancé que j'ai vu avec cet objectif est
"Memote" de DTU Biosustain.Future DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1903Se passer des compartiments pour les enzymes et les proteines2019-03-22T08:34:04+01:00Maxime ChazalvielSe passer des compartiments pour les enzymes et les proteinesCa me gene depuis le debut cette histoire de compartiment pour les enzymes et les proteines... C'est encore une histoire d'etre compatible avec une seule sorte de SBML. Ca serait bien de trouver une solution.Ca me gene depuis le debut cette histoire de compartiment pour les enzymes et les proteines... C'est encore une histoire d'etre compatible avec une seule sorte de SBML. Ca serait bien de trouver une solution.Future DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1809Add svg image to metabolite edition2019-03-22T08:33:45+01:00Maxime ChazalvielAdd svg image to metabolite editionCa serai bien d'avoir le svg du metabolite dans l'interface quand on l'édite
(en liens avec #54 )Ca serai bien d'avoir le svg du metabolite dans l'interface quand on l'édite
(en liens avec #54 )Future DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1521Récupération des identifiants uniprot pour les proteines2022-01-25T14:28:01+01:00Maxime ChazalvielRécupération des identifiants uniprot pour les proteinesdans le SBML de recon2, l'info sur les identifiants Uniprot des proteines est présente dans la partie "annotation" : ça serait intéressant de pouvoir la récupérer et de l'ajouter comme colonne dans l'onglet "protein".dans le SBML de recon2, l'info sur les identifiants Uniprot des proteines est présente dans la partie "annotation" : ça serait intéressant de pouvoir la récupérer et de l'ajouter comme colonne dans l'onglet "protein".Future DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1517backup biosource apres deletion2022-01-25T14:27:37+01:00Maxime Chazalvielbackup biosource apres deletionlorsqu'on delete un biosource, il faudrait faire un backup temporaire du biosource (sous format fichier SBML par exemple) pour pouvoir le récupérer en cas de fausse manip !!lorsqu'on delete un biosource, il faudrait faire un backup temporaire du biosource (sous format fichier SBML par exemple) pour pouvoir le récupérer en cas de fausse manip !!Future DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1516export SBML de la selection de reactions2022-01-25T14:25:37+01:00Maxime Chazalvielexport SBML de la selection de reactionsUne fonctionnalité qui me manque : exporter un SBML des reactions selectionnées dans la grid.Une fonctionnalité qui me manque : exporter un SBML des reactions selectionnées dans la grid.Future DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1512faciliter le choix des metabolites dans l'edition des reactions2022-01-25T14:23:51+01:00Maxime Chazalvielfaciliter le choix des metabolites dans l'edition des reactionscomme dans les analyses de flux (ex : FBA), ca serait bien de pouvoir reporter la selection des metabolites dans le choix des substrats (même remarque pour la selection des reactions à ajouter aux pathways)comme dans les analyses de flux (ex : FBA), ca serait bien de pouvoir reporter la selection des metabolites dans le choix des substrats (même remarque pour la selection des reactions à ajouter aux pathways)Future DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1509Superpathway ne comporte pas de réaction2022-01-25T14:22:51+01:00Maxime ChazalvielSuperpathway ne comporte pas de réactionReproduction :
- On cree une superpathway vide
- ensuite, on édite une voie existante et qu'on dit qu'elle fait partie de cette super pathway crée précedemment
- on fait un filtre sur la super pathway : elle ne contient aucune réaction,...Reproduction :
- On cree une superpathway vide
- ensuite, on édite une voie existante et qu'on dit qu'elle fait partie de cette super pathway crée précedemment
- on fait un filtre sur la super pathway : elle ne contient aucune réaction, on s'attend à ce qu'elle contienne les reactions de la sous pathwayFuture DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1508Verifier qu'un élement n'existe pas deja lors de sa création2022-01-25T14:20:54+01:00Maxime ChazalvielVerifier qu'un élement n'existe pas deja lors de sa créationVerifier au moins l'identifiant (pour tout les composant du réseaux)
verifier la formule des réactions?Verifier au moins l'identifiant (pour tout les composant du réseaux)
verifier la formule des réactions?Future DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottrethttps://forgemia.inra.fr/metexplore/metexplore2/-/issues/1507Pouvoir faire des copier coller d'elements2022-01-25T14:20:30+01:00Maxime ChazalvielPouvoir faire des copier coller d'elementsLors de l'édition, ca serait bien de pouvoir partir de la fiche d'un element pour un creer un autre.
Exemple : pour dupliquer x fois 1 metabolites dans x compartiments
Premiere idée:
laisser le choix a l'utilisateur de renseigner plusi...Lors de l'édition, ca serait bien de pouvoir partir de la fiche d'un element pour un creer un autre.
Exemple : pour dupliquer x fois 1 metabolites dans x compartiments
Premiere idée:
laisser le choix a l'utilisateur de renseigner plusieurs compartiments dans le formulaire, et ainsi le dupliquer pour chaque
Deuxième idée:
pouvoir dupliquer l'objet et ensuite l'éditer pour changer juste quelques trucs.Future DevelopmentsLudovic CottretLudovic Cottret