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[<img src="https://www.inrae.fr/themes/custom/inrae_socle/logo.svg" height="140">](https://www.inrae.fr/)
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[<img src="https://www.mnhn.fr/sites/mnhn.fr/files/museum-national-d-histoire-naturelle_2.png" height="100">](https://www.mnhn.fr/)
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[<img src="https://www.france-bioinformatique.fr/wp-content/uploads/logo-ifb_small.png" height="100">](https://www.france-bioinformatique.fr/)
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[<img src="https://galaxyproject.org/images/galaxy-logos/galaxy_project_logo.png" height="70">](https://galaxyproject.org/)
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# [Galaxy](https://galaxyproject.org/) [Interactive Tools](https://docs.galaxyproject.org/en/master/admin/special_topics/interactivetools.html) Hackathon
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Un Hackathon pour partager des compétences en terme du développement logiciel et d'administration système des [Interactive Tools](https://docs.galaxyproject.org/en/master/admin/special_topics/interactivetools.html) de [Galaxy](https://galaxyproject.org/).
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## Séquences prévisionelles, dates & horaires
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| Date |  Horaires  |  Animateurs | Titre |  Supports et ressources  | 
| ---- | ---------- | ----------- | ----- | ------------------------ |
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| Vendredi 20 novembre|  9:00 - 12:00  | Yvan & Patrick | Lancement & Introduction | https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/admin/tutorials/interactive-tools/slides.html#1 |
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| Mardi 8 décembre|  9:00 - 17:30  | Anthony & Estelle | Admin - Configurer Galaxy | https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/admin/tutorials/ansible-galaxy/tutorial.html et https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/admin/tutorials/interactive-tools/tutorial.html |
| Jeudi 10 et vendredi 11 décembre|  9:00 - 13:00  | Franck & Yvan & ? | Développement d'IT pour Galaxy | --- |
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## Programme et prérequis
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Le nouveau système des interactives tools du framework galaxy permet de d'ajouter dans la tool box des applications web. Les utilisateurs peuvent ainsi bénéficier d'interface graphiques dynamiques comme par exemple (https://shiny.rstudio.com) Rshiny, [RStudio](https://rstudio.com/) ou [jupyter](https://jupyter.org), ce qui constitue un progrès très important en terme d'ergonomie.

Du point de vue de l'architecture logicielle, les interactives tools reposent sur une pile de technologies informatiques plus complexe que les tools classiques. Et comme il s'agit de développements récents, la documentation sur le sujet est encore lacunaire.

Afin de nous approprier ce nouveau système de façon collective, nous proposons un ensemble de 4 séquence de travail permettant de progresser à la fois sur la compréhension globale du système, l'administration système sous-jacente et le dévelopement de cette nouvelle génération d'outils. 

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### Introduction

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### Configurer Galaxy I - Admin - TP du GTN
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L'objectif de cette séance est de comprendre le fonctionnement des briques techniques permettant de mettre en place les interactive tools dans Galaxy.
Dans un premier temps nous déroulerons les tutoriaux du Galaxy Training Network permettant d'installer, par le biais d'Ansible, une instance Galaxy proposant des Interactive Tools tournant sur la même machine.
Dans un second temps, nous rentrerons dans les détails de chaque rôle Ansible pour comprendre les tâches et paramétrages sous-jacents effectués.  
Le TP se fera avec des VM mises en place par l'équipe d'animation. L'OS reste à définir.

Liens vers les tutos :
* Installation de Galaxy avec  Ansible : https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/admin/tutorials/ansible-galaxy/tutorial.html
* Configuration de Galaxy et du serveur pour mettre en place les IT : https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/admin/tutorials/interactive-tools/tutorial.html

**Prérequis** : une bonne connaissance du fonctionnnement de Galaxy, de son installation et des notions d'Ansible.
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* Ansible tutorial : https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/admin/tutorials/ansible/tutorial.html
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### Configurer Galaxy II - Admin - lien avec cluster
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Nous aurons un retour d'expérience sur le lancement des interactive tools sur un cluster (plateforme GenOuest et IFB). 
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### Hackathon - dev
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## Localisation
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En visio, lien en préparation.
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## Inscriptions
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Remplir le formulaire suivant : https://framaforms.org/hackathon-gxit-2020-inscription-1602514404
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## Questions

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* geoc@groupes.renater.fr
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