ng6 issueshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/ng6/-/issues2019-08-29T14:10:39+02:00https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/ng6/-/issues/35Test pipelines with slurm2019-08-29T14:10:39+02:00Gerald Salingerald.salin@inra.frTest pipelines with slurm* [x] illumina_qc
* #34 : need to add "load module system/R-3.4.3" to the .bashrc file of the user for this pipeline to work
* [x] illumina_rnaseq (without annotation which is buggy)
* [x] illumina_diversity_qc
* [x] gene_diversity
...* [x] illumina_qc
* #34 : need to add "load module system/R-3.4.3" to the .bashrc file of the user for this pipeline to work
* [x] illumina_rnaseq (without annotation which is buggy)
* [x] illumina_diversity_qc
* [x] gene_diversity
* [x] methylseq
* add "TrimGalore.modules = bioinfo/cutadapt-1.14-python-3.4.3" in [components] part of application.properties
* not working, waiting for the new pipeline developped by @celine.noirot with another workflow manager #56
* [x] illumina_matepair
* bug #55 with cutadapt output
* [x] ont_qc
* add "Trim_porechop.modules = compiler/gcc-7.2.0,bioinfo/Porechop-0.2.1" in [components] part of application.properties
* [x] radseq
* [x] download_url
* [x] download_symlink
* [x] download_archive
* [x] addrun
* [x] addproject
* [x] addfiles
* [x] addanalysis
* [x] phiX
* [x] quickstartV3.2 - Slurmhttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/ng6/-/issues/64Test pipelines with slurm with real data2018-12-20T18:27:43+01:00Maxime MannoTest pipelines with slurm with real data* [x] illumina_qc
* [x] illumina_rnaseq (without annotation which is buggy)
* [x] illumina_diversity_qc
* [ ] gene_diversity
* [ ] illumina_matepair
* [x] ont_qc
* [ ] radseq
* [x] download_url
* [x] download_symlink
* [x] down...* [x] illumina_qc
* [x] illumina_rnaseq (without annotation which is buggy)
* [x] illumina_diversity_qc
* [ ] gene_diversity
* [ ] illumina_matepair
* [x] ont_qc
* [ ] radseq
* [x] download_url
* [x] download_symlink
* [x] download_archiveV3.2 - Slurmhttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/ng6/-/issues/28TESTs TODO2018-08-02T14:55:08+02:00Celine NoirotTESTs TODOcategorie 1 : projet fini
categorie 2 : projet open
Cas d'utilisation
MAIL
1. [x] envoie mail pour des projets sans manager
1. [x] envoie mail categorie 1 1.> verifier la liste des run/analyses est correcte
TEST Projet 110 :
Liste...categorie 1 : projet fini
categorie 2 : projet open
Cas d'utilisation
MAIL
1. [x] envoie mail pour des projets sans manager
1. [x] envoie mail categorie 1 1.> verifier la liste des run/analyses est correcte
TEST Projet 110 :
Liste des runs (5):
* 110 1369
* 110 1362
* 110 1368
* 110 1370
* 110 1373
Liste des analyses (15):
* 110 8636
* 110 8633
* 110 8637
* 110 12868
* 110 12865
* 1362 6068
* 1362 6070
* 1369 6089
* 1369 6087
* 1370 6088
* 1370 6090
* 1373 6095
* 1373 6096
* 1368 6083
* 1368 6084
Mail :
Files impacted of:
- runs names: pool-B57-VI (1369), pool-B57-T (1362), pool-A22-T (1368), pool-A22-VI (1370), pool-B57-A22-VI (1373)
- analyses ids: 6089, 6087, 6068, 6070, 6083, 6084, 6088, 6090, 6095, 6096, 8636, 8633, 8637, 12868, 12865
1. [x] envoie mail categorie 2 1.> verifier la liste des run/analyses est correcte et l'icone dans la project vue pour chaque run est correcte
Files impacted of:
- runs names: pool1 (9422), Pool2bis_prob (9662), Pool2bis (9742)
- analyses ids: 36670, 36672, 36673, 36695, 37617, 37627, 37635, 37647
{{uid retention_date mail_sent_date retention_date mail_sent_date
36670 1525384800 1531299983 03/05/2018 11/07/2018
36672 1525384800 1531299983 03/05/2018 11/07/2018
36673 1525384800 1531299983 03/05/2018 11/07/2018
36695 1525384800 1531299983 03/05/2018 11/07/2018
37617 1529445600 1531299983 19/06/2018 11/07/2018
37627 1529445600 1531299983 19/06/2018 11/07/2018
37635 1529445600 1531299983 19/06/2018 11/07/2018
37647 1529445600 1531299983 19/06/2018 11/07/2018
37930 1531260000 0 10/07/2018
37934 1531260000 0 10/07/2018
37937 1531260000 0 10/07/2018
37941 1531260000 0 10/07/2018
}}
1. [x] renvoie d'un mail
PURGE
purge d'un projet complet (categorie1)
1. [x] tester login faux / login sans les droits d'acces / login avec les droit
1. [x] creer de faux repertoires associé verifier la suppression + l'icone dans la project vue pour chaque run est correcte + le data overview
purge d'un projet categorie 2
1. [x] verifier que l'icone dans la project vue pour chaque run est correcte,
1. [x] verifier que l'icone dans la run vue pour chaque analyse est correcte,
1. [x] la non suppression des data non obsolete
EXTENTION
extension catégorie 2
1. [x] option que les runs/analyses obsoletes : date changée et icone changé pour les runs/analyses uniquement concernés
1. [x] option projet complet avec date ok pour tout les runs/analyses
1. [x] option projet complet avec date d'extention pouvant être inférieure a des dates de retention de certain runs non obsolete
extention categorie 1 :
1. [x] verifier modification de tout
1. [x] date inferieur pour certain run/analyse verifier modification de tout sauf les run dont la date est suppérieure
vue all project :
1. [x] etendre un projet n'ayant pas de purge associé
1. [x] verifier que tous les runs/analyses sont bien etendu
1. [x] si la date est inférieure verifier que seulememnt les runs /analyses concernés sont etendus
1. [x] etendre un projet ayant une purge associée
1. [x] verifier que tous les runs/analyses sont bien etendu
1. [x] verifier que la purge est dans l'etat traitée et n'est plus dans la purge view.V3.1 - PurgeClaire KuchlyClaire Kuchly