Commits · 8357f661d81cb9b65b861675dd2bbe104c35200b · genotoul-bioinfo / ng6

19 Jan, 2016 11 commits
- No commit message · 8357f661
  Claire Kuchly authored Jan 19, 2016
```
No commit message
```
  8357f661
- fix bug · 007d8d34
  Claire Kuchly authored Jan 19, 2016
```
modification du template de splitbc vu que l'on ne fait plus la vérification de radtag dans split bc mais dans processRadtag
```
  007d8d34
- split_bc optionnel (uniquement si définition de pool) · 4ef0f687
  Maria Bernard authored Jan 19, 2016
```
pool non required
suppression des options tag_mismatch, rad et radtag (pour splitbc) car problème pour adapter au double digest
ajout d'une enzyme2 à process_radtag
```
  4ef0f687
- ajout des types des parametres · 799a63de
  Claire Kuchly authored Jan 19, 2016
  
  799a63de
- rajout enzyme name2 · c1dbef67
  Claire Kuchly authored Jan 19, 2016
  
  c1dbef67
- modification options/parameters · b87d063d
  Claire Kuchly authored Jan 19, 2016
  
  b87d063d
- modification output read · 90643b66
  Claire Kuchly authored Jan 19, 2016
  
  90643b66
- modification suite a clone filter : que pour du pairend , single RAD · 719a8eb1
  Claire Kuchly authored Jan 19, 2016
  
  719a8eb1
- suppression des anciens composants : RADqc_preprocessing.py, clone_filter.py,... · 7e89c6cb
  Maria Bernard authored Jan 19, 2016
```
suppression des anciens composants : RADqc_preprocessing.py, clone_filter.py, fastuniq.py, process_radtag.py
```
  7e89c6cb
- ajout de la visualisation · 3f2dc76e
  Claire Kuchly authored Jan 19, 2016
  
  3f2dc76e
- modification du nom process_radtag > processradtag · 6cfb4421
  Claire Kuchly authored Jan 19, 2016
```
modification de l'import des données dans la base de donnée.
bug fix
```
  6cfb4421
12 Jan, 2016 2 commits

modification de l'analyse pour prendre en compte l'analyse process_rdtag et... · ab348b20

Claire Kuchly authored Jan 12, 2016

modification de l'analyse pour prendre en compte l'analyse process_rdtag et clone_filter si dereplicate
gestion du postprocess des analyses qui était avant dans RADqc_preprocessing

ab348b20

association de process_radtag et clone_filter dans une seule analyse pour le... · 14babe34

Claire Kuchly authored Jan 12, 2016

association de process_radtag et clone_filter dans une seule analyse pour le moment process_radtag mais a changer
l'analyse RADqc_preprocessing n'existe plus

14babe34

28 Dec, 2015 1 commit

befidy.py : better doc, better id system · e0f9b48e

Penom Nom authored Dec 28, 2015

cnv2bed.py : minor bugfix
merge_sv.py: Added Doc, minor bugfix, modified launching code (still dirty)
Analyzebed.py: new analyse --> still in dev
breakdancer.py: Doc
cnvnator.py : 1 input file --> several input files, bugfix (chromosome)
delly.py Fixed issue when no created files
merge_intra: removed
standardisation: working now

e0f9b48e

11 Dec, 2015 1 commit
- Debug ordering sample name as input files · 51ed136e
  Celine Noirot authored Dec 11, 2015
  
  51ed136e
02 Dec, 2015 1 commit
- Big update: bug fixes, different merging strategy, new components, new scripts · 4f12bf6c
  Penom Nom authored Dec 02, 2015
  
  4f12bf6c
26 Nov, 2015 2 commits
- password type · 1287d78b
  Penom Nom authored Nov 26, 2015
  
  1287d78b
- No commit message · 30b507dd
  Penom Nom authored Nov 26, 2015
```
No commit message
```
  30b507dd
23 Nov, 2015 1 commit
- fix graph valeur cumulee · e15fc63a
  Penom Nom authored Nov 23, 2015
  
  e15fc63a
19 Nov, 2015 1 commit
- No commit message · 6b704e05
  Penom Nom authored Nov 19, 2015
```
No commit message
```
  6b704e05
17 Nov, 2015 1 commit
- fix gene_diversity workflow · 9f2a7f0c
  Penom Nom authored Nov 17, 2015
  
  9f2a7f0c
16 Nov, 2015 3 commits
- No commit message · 87d3e9fe
  Penom Nom authored Nov 16, 2015
```
No commit message
```
  87d3e9fe
- postprocess status · 08432cb8
  Penom Nom authored Nov 16, 2015
  
  08432cb8
- No commit message · a19602ee
  Penom Nom authored Nov 16, 2015
```
No commit message
```
  a19602ee
13 Nov, 2015 3 commits
- No commit message · 6c5b3b26
  Penom Nom authored Nov 13, 2015
```
No commit message
```
  6c5b3b26
- only one read of makeflowlog while getting status · cc5b5241
  Penom Nom authored Nov 13, 2015
  
  cc5b5241
- fix download · aad58bf9
  Penom Nom authored Nov 13, 2015
  
  aad58bf9
09 Nov, 2015 1 commit
- No commit message · 79ab67bb
  Penom Nom authored Nov 09, 2015
```
No commit message
```
  79ab67bb
30 Oct, 2015 1 commit
- No commit message · c064f091
  Penom Nom authored Oct 30, 2015
```
No commit message
```
  c064f091
29 Oct, 2015 1 commit
- ng6 python3 · ad087c8c
  Penom Nom authored Oct 29, 2015
  
  ad087c8c
28 Oct, 2015 1 commit
- No commit message · 690cedc0
  Penom Nom authored Oct 28, 2015
```
No commit message
```
  690cedc0
27 Oct, 2015 1 commit
- Asdd columnb rrbs/is_directionnal in footer · fd87a5b0
  Celine Noirot authored Oct 27, 2015
  
  fd87a5b0
19 Oct, 2015 1 commit
- No commit message · a27bfb55
  Penom Nom authored Oct 19, 2015
```
No commit message
```
  a27bfb55
15 Oct, 2015 1 commit
- No commit message · 42796642
  Penom Nom authored Oct 15, 2015
```
No commit message
```
  42796642
13 Oct, 2015 3 commits
- No commit message · db646afb
  Penom Nom authored Oct 13, 2015
```
No commit message
```
  db646afb
- engine_options · aaf771d8
  Penom Nom authored Oct 13, 2015
  
  aaf771d8
- No commit message · a12aaa1e
  Penom Nom authored Oct 13, 2015
```
No commit message
```
  a12aaa1e
09 Oct, 2015 1 commit
- multiprocess concurrent access fixed · 5202cf63
  Penom Nom authored Oct 09, 2015
  
  5202cf63
08 Oct, 2015 1 commit
- Just a test · 0b6f8288
  Penom Nom authored Oct 08, 2015
  
  0b6f8288
05 Oct, 2015 1 commit
- MAJ RRBS · 01967d1e
  Celine Noirot authored Oct 05, 2015
  
  01967d1e