Commit 3af9948e authored by Maria Bernard's avatar Maria Bernard
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Note:
# identifiant de base / projet
Dans chaque commande stacks on peut spŽcifier un identifiant de base de donnŽe: option -b prŽsente dans cstacks sstacks populations et genotypes mais pas dans ustacks
A priori au moment de charger les donnŽes dans la base avec load_radtags.pl on lui spŽcifie un identifiant de base et il va modifier tous les fichiers pour qu'ils correspondent ˆ cette identifiant.
A vŽrifier donc si cela est utile de mettre -b ˆ l'ID du projet ou non.
# fichier de sŽquences sorties de sŽquenceurs.
Claire nous a indiquŽ que les fichiers brut sont splitŽs en plusieurs morceaux pour pouvoir parallliser ....
ajouter option "split" dans le composent splitbc.py qui va donc devoir se lancer autant de fois que de coupure avec le mme fichier de barcode,
puis faire un merge des fichiers correspondant au mmes individus. Attention ˆ la gestion des duplicats! Normalement aucun probleme si
tous les individus ont des noms diffŽrents.
# controle de la validifitŽ du fichier de config
- vŽrif que tous les names des individus sont diffŽrents.
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