Sample names in MultiQC report
Le nom d'un échantillons peut varier dans le rapport de MultiQC. Pour les stats FASTQC, le nom de l'échantillon dépend du nom de son fichier de reads. Pour les stats metaquast le nom de l'échantillon dépend du nom de l’assemblage. Et pour les stat prokka le nom de l'échantillon dépend du nom de l'échantillon donner dans la sample sheet.
Si les reads, et les assemblages sont nommées avec le nom de leur échantillon donné dans la sample sheet, il n'y pas de problème.
Ce problème apparait nottament dans les tests fonctionnels hifi : https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/metagwgs-test-datasets/-/blob/master/hifi/input/samplesheet.csv
Ce qui donne ça dans le rapport MULTIQC:
Une solution pourrait être de renommer les fichiers de reads et assemblages dans le process FASTQC et METAQUAST.