ok for multiparameter

src/jflow/workflow.py

@@ -249,9 +249,14 @@ class Workflow(threading.Thread):
                     sub_args[sarg[0]] = sarg[1]
                 for sub_param in param.sub_parameters:
                     if sub_args.has_key(sub_param.flag):
-                        self.__getattribute__(param.name)[sub_param.name] = sub_args[sub_param.flag]
+                        value = sub_args[sub_param.flag]
                     else:
-                        self.__getattribute__(param.name)[sub_param.name] = sub_param.default
+                        value = sub_param.default
+                    if sub_param.__class__ == InputFile:
+                        value = sub_param.prepare_input_file(value)
+                    elif sub_param.__class__ == InputFileList:
+                        value = sub_param.prepare_input_files(value)
+                    self.__getattribute__(param.name)[sub_param.name] = value
             elif param.__class__ == MultiParameterList:
                 final_vals = []
                 for sargs in args[param.name]:
@@ -260,9 +265,14 @@ class Workflow(threading.Thread):
                         sub_args[sarg[0]] = sarg[1]
                     for sub_param in param.sub_parameters:
                         if sub_args.has_key(sub_param.flag):
-                            final_sub_args[sub_param.name] = sub_args[sub_param.flag]
+                            value = sub_args[sub_param.flag] 
                         else:
-                            final_sub_args[sub_param.name] = sub_param.default
+                            value = sub_param.default
+                        if sub_param.__class__ == InputFile:
+                            value = sub_param.prepare_input_file(value)
+                        elif sub_param.__class__ == InputFileList:
+                            value = sub_param.prepare_input_files(value)
+                        final_sub_args[sub_param.name] = value
                     final_vals.append(final_sub_args)
                 self.__setattr__(param.name, final_vals)