D-GENIES issueshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues2017-11-16T17:36:08+01:00https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/12Export : build fasta with sorted and re-ordonned (reversed or not) contigs2017-11-16T17:36:08+01:00Floreal CabanettesExport : build fasta with sorted and re-ordonned (reversed or not) contigsBuild it when we sort or flip contigs. Add it to export options thenBuild it when we sort or flip contigs. Add it to export options then1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/11Set files from URL instead of upload them2017-11-01T20:45:12+01:00Floreal CabanettesSet files from URL instead of upload themUse an URL in the form instead of download fileUse an URL in the form instead of download file1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/10Add results to menu2017-10-26T18:14:02+02:00Floreal CabanettesAdd results to menuLes résultats sont ajoutés au menu "Results" quand ils sont chargés. Ils sont sauvés en cookies, et rechargés ensuite à partir des cookies.Les résultats sont ajoutés au menu "Results" quand ils sont chargés. Ils sont sauvés en cookies, et rechargés ensuite à partir des cookies.1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/9Big genomes: filter to keep acceptable in memory2017-11-20T16:34:08+01:00Floreal CabanettesBig genomes: filter to keep acceptable in memoryPistes :
- Éliminer les plus petits matchs
- Définir un nombre de matchs maximal à afficher
- Filtre côté client ou serveur ? Je dirais serveur quand c'est vraiment très gros, sinon clientPistes :
- Éliminer les plus petits matchs
- Définir un nombre de matchs maximal à afficher
- Filtre côté client ou serveur ? Je dirais serveur quand c'est vraiment très gros, sinon client1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/8Fix window resize2017-10-26T16:12:16+02:00Floreal CabanettesFix window resizeLorsqu'on agrandit la zone de dessin plus que la taille d'origine, la barre de droite part en bas. Ce n'est pas attendu.Lorsqu'on agrandit la zone de dessin plus que la taille d'origine, la barre de droite part en bas. Ce n'est pas attendu.1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/7Ajout de l'export2017-11-10T17:21:24+01:00Floreal CabanettesAjout de l'exportAjouter l'export au format :
* svg
* png
* PAF file
Pour SVG et PNG : soit toute l'image soit seulement l'image affichée. Pareil pour PAF ?Ajouter l'export au format :
* svg
* png
* PAF file
Pour SVG et PNG : soit toute l'image soit seulement l'image affichée. Pareil pour PAF ?1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/6Réglette intensité des limites de chromosomes2017-10-26T17:18:30+02:00Floreal CabanettesRéglette intensité des limites de chromosomesPour changer l'intensité de ces limitesPour changer l'intensité de ces limites1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/5Trier les zones2017-10-25T11:45:22+02:00Floreal CabanettesTrier les zonesTrier les zones pour les mettre dans l'ordre des maps.
Tri par poids moyen : carré de la taille, pondérer en fonction de la qualité.Trier les zones pour les mettre dans l'ordre des maps.
Tri par poids moyen : carré de la taille, pondérer en fonction de la qualité.1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/4Bug de la stroke width des maps lors du changement d'identité minimale2017-10-26T16:42:14+02:00Floreal CabanettesBug de la stroke width des maps lors du changement d'identité minimaleSi on a sélectionné une zone et qu'on change l'identité minimale, l'épaisseur des traits devient incorrecte.Si on a sélectionné une zone et qu'on change l'identité minimale, l'épaisseur des traits devient incorrecte.1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/3Ajouter la possibilité de sélectionner la zone à afficher à partir de 2 listes2017-10-27T10:57:04+02:00Floreal CabanettesAjouter la possibilité de sélectionner la zone à afficher à partir de 2 listesLes 2 listes sont ajoutées dans le bandeau à droite (ou peut être placé en bas éventuellement)Les 2 listes sont ajoutées dans le bandeau à droite (ou peut être placé en bas éventuellement)1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/2Analyser le fasta avant de lancer l'alignement pour éviter les traitements tr...2018-01-25T15:34:56+01:00Floreal CabanettesAnalyser le fasta avant de lancer l'alignement pour éviter les traitements trop longs ou donnant des résultats inexploitablesÉviter d'avoir trop de contigs de petite taille. Il faudra faire des tests pour définir les valeurs limitesÉviter d'avoir trop de contigs de petite taille. Il faudra faire des tests pour définir les valeurs limites1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanettes2018-01-19https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/1Permettre l'input d'un seul fasta et faire de l'auto-alignement2017-10-26T18:14:16+02:00Floreal CabanettesPermettre l'input d'un seul fasta et faire de l'auto-alignementUtiliser l'option minimap :
-X skip self and dual mappings (for the all-vs-all mode)Utiliser l'option minimap :
-X skip self and dual mappings (for the all-vs-all mode)1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanettes