D-GENIES issueshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues2017-12-05T17:25:12+01:00https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/88Si on met le même id plus de 2 fois dans la soumission d'un job, ça plante (o...2017-12-05T17:25:12+01:00Floreal CabanettesSi on met le même id plus de 2 fois dans la soumission d'un job, ça plante (on passe pas à _3)1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/44Vérifier que les fichiers fasta fournis sont valides2017-12-05T17:15:49+01:00Floreal CabanettesVérifier que les fichiers fasta fournis sont valides=> Fichiers non vides
=> Format fasta correct=> Fichiers non vides
=> Format fasta correct1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/71Split of contigs: when to do that?2017-12-05T15:02:08+01:00Floreal CabanettesSplit of contigs: when to do that?On big genomes, we improve RAM and speed by cutting the contigs in parts of 10MO. Determine when to do that and do it automaticallyOn big genomes, we improve RAM and speed by cutting the contigs in parts of 10MO. Determine when to do that and do it automatically1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/25Status : auto-refresh page periodically2017-11-28T18:26:44+01:00Floreal CabanettesStatus : auto-refresh page periodically1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/24Status : add a bar that progress when job progress2017-11-28T18:26:44+01:00Floreal CabanettesStatus : add a bar that progress when job progress1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/84Cron pour vérifier les jobs locaux2017-11-21T18:34:12+01:00Floreal CabanettesCron pour vérifier les jobs locauxSi un job est started, le cron vérifie que le processus est toujours actif. Sinon il passe le job en erreur.
Se fera en même temps que le scheduler qui lancera les jobsSi un job est started, le cron vérifie que le processus est toujours actif. Sinon il passe le job en erreur.
Se fera en même temps que le scheduler qui lancera les jobs1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/83Scheduler local pour les soumissions de jobs locaux2017-11-21T18:34:12+01:00Floreal CabanettesScheduler local pour les soumissions de jobs locaux1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/86Reverse contigs: do a reverse complement, not just reverse the sequence2017-11-21T10:15:25+01:00Floreal CabanettesReverse contigs: do a reverse complement, not just reverse the sequence1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/85Export association table : add info of reverse2017-11-20T17:44:33+01:00Floreal CabanettesExport association table : add info of reverse+ if not reverse, - else+ if not reverse, - else1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/9Big genomes: filter to keep acceptable in memory2017-11-20T16:34:08+01:00Floreal CabanettesBig genomes: filter to keep acceptable in memoryPistes :
- Éliminer les plus petits matchs
- Définir un nombre de matchs maximal à afficher
- Filtre côté client ou serveur ? Je dirais serveur quand c'est vraiment très gros, sinon clientPistes :
- Éliminer les plus petits matchs
- Définir un nombre de matchs maximal à afficher
- Filtre côté client ou serveur ? Je dirais serveur quand c'est vraiment très gros, sinon client1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/35Export : ajout de l'export d'un tableau contenant les correspondances query-t...2017-11-20T16:13:19+01:00Floreal CabanettesExport : ajout de l'export d'un tableau contenant les correspondances query-target sur la diagonaleOption disponible que si le tri des contigs a été effectuéOption disponible que si le tri des contigs a été effectué1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/20Ménage2017-11-20T11:10:07+01:00Floreal CabanettesMénageRemove old jobs (and failed jobs?)Remove old jobs (and failed jobs?)1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/78input file names in the mail2017-11-17T17:23:10+01:00Christophe Kloppinput file names in the mailCould you add the input file names in the mail send to the user?
The submission date and time should also be added Could you add the input file names in the mail send to the user?
The submission date and time should also be added 1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/43Handle memory exception from minimap2017-11-17T17:22:28+01:00Floreal CabanettesHandle memory exception from minimapAs minimap says there is a lack of memory, report it to the user (not directly it, say to it its data are too big...)As minimap says there is a lack of memory, report it to the user (not directly it, say to it its data are too big...)1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/76Change restore zoom color2017-11-17T15:24:50+01:00Floreal CabanettesChange restore zoom colorLe vert fluo c'est trèèèès moyen !!!Le vert fluo c'est trèèèès moyen !!!1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/81Disable sort on all-vs-all mode2017-11-17T11:10:06+01:00Floreal CabanettesDisable sort on all-vs-all mode1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/79Mettre le target avant le query dans le formulaire2017-11-17T10:10:39+01:00Floreal CabanettesMettre le target avant le query dans le formulaire1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/12Export : build fasta with sorted and re-ordonned (reversed or not) contigs2017-11-16T17:36:08+01:00Floreal CabanettesExport : build fasta with sorted and re-ordonned (reversed or not) contigsBuild it when we sort or flip contigs. Add it to export options thenBuild it when we sort or flip contigs. Add it to export options then1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/73Timeout if sort is too long2017-11-14T17:23:18+01:00Floreal CabanettesTimeout if sort is too longAs sort is done server-side, if it's too long we have a timeout (because we are not asynchronous).
Solutions:
- Limit number of lines taken in account for the sort (not sure it solves the problem, may be a problem for export fasta etc.....As sort is done server-side, if it's too long we have a timeout (because we are not asynchronous).
Solutions:
- Limit number of lines taken in account for the sort (not sure it solves the problem, may be a problem for export fasta etc...)
- Make it asynchronous:
- By a websocket connection. If chosen, could also be used for the status page
- By a regular server call by the client (it's not the best choice... :-( )
- Make the sort on job launch and save it. Just load it on click on the sort button. Solves the problem, but job takes more time (juste few seconds in general...) and the server could do it while the user will never want the sorted version.1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/77Revoir le système de notifications2017-11-13T15:00:25+01:00Floreal CabanettesRevoir le système de notificationsCar noty.js a ses limites...
Le placement idéal des notifications serait en top center, sauf que ça marche mal en noty.js... Voir les concurrents.Car noty.js a ses limites...
Le placement idéal des notifications serait en top center, sauf que ça marche mal en noty.js... Voir les concurrents.1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanettes