D-GENIES issueshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues2018-01-15T18:08:02+01:00https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/18Add stats2018-01-15T18:08:02+01:00Floreal CabanettesAdd statsÇa serait bien d'avoir aussi une la liste des contigs de chaque fichier qui n'ont pas d'alignement et une synthèse des alignements du type 50% > 75% d'identité, 20% entre 50 et 75%..., pet-être sous la forme d'un graphique en barre comme...Ça serait bien d'avoir aussi une la liste des contigs de chaque fichier qui n'ont pas d'alignement et une synthèse des alignements du type 50% > 75% d'identité, 20% entre 50 et 75%..., pet-être sous la forme d'un graphique en barre comme dans jvenn, mais pour faire cela il ne faut prendre dans chaque carré que les alignements qui sont significatifs. Ceci permettrait de comparer des assemblages de manière globale...1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/27Fix bug on small screens for run page2017-11-03T18:06:46+01:00Floreal CabanettesFix bug on small screens for run pageUse a table (responsive with bootstrap) instead of bootstrap divs #beurkUse a table (responsive with bootstrap) instead of bootstrap divs #beurk1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/36Export : exporter les contigs assemblés selon la référence2018-02-06T11:39:52+01:00Floreal CabanettesExport : exporter les contigs assemblés selon la référenceOn assemble les contigs qui se suivent dans le chromosome (on prend la diagonale), séparés entre eux (dans le même chromosome) de 100N. Pas de N entre les contigs associés à 2 chromosomes différents.
On se retrouve avec autant de "conti...On assemble les contigs qui se suivent dans le chromosome (on prend la diagonale), séparés entre eux (dans le même chromosome) de 100N. Pas de N entre les contigs associés à 2 chromosomes différents.
On se retrouve avec autant de "contigs assemblés" que de chromosomes1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/21Add example run2018-02-20T09:12:05+01:00Floreal CabanettesAdd example runAn example for test the app:
On avait aussi évoqué le fait de pouvoir mettre une URL en plus de l'upload: sur le même ligne.
On pourrait se servir de cette possibilité pour ajouter un bouton 'example' qui remplirait deux URL exemples. ...An example for test the app:
On avait aussi évoqué le fait de pouvoir mettre une URL en plus de l'upload: sur le même ligne.
On pourrait se servir de cette possibilité pour ajouter un bouton 'example' qui remplirait deux URL exemples. On pourrait utiliser deux génomes de champignons assez proches.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=saccharomyces
Afficher la vraie URL dans ce cas mais stocker l'exemple sur le serveur (ne pas le télécharger à chaque fois)1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/8Fix window resize2017-10-26T16:12:16+02:00Floreal CabanettesFix window resizeLorsqu'on agrandit la zone de dessin plus que la taille d'origine, la barre de droite part en bas. Ce n'est pas attendu.Lorsqu'on agrandit la zone de dessin plus que la taille d'origine, la barre de droite part en bas. Ce n'est pas attendu.1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/7Ajout de l'export2017-11-10T17:21:24+01:00Floreal CabanettesAjout de l'exportAjouter l'export au format :
* svg
* png
* PAF file
Pour SVG et PNG : soit toute l'image soit seulement l'image affichée. Pareil pour PAF ?Ajouter l'export au format :
* svg
* png
* PAF file
Pour SVG et PNG : soit toute l'image soit seulement l'image affichée. Pareil pour PAF ?1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/11Set files from URL instead of upload them2017-11-01T20:45:12+01:00Floreal CabanettesSet files from URL instead of upload themUse an URL in the form instead of download fileUse an URL in the form instead of download file1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/24Status : add a bar that progress when job progress2017-11-28T18:26:44+01:00Floreal CabanettesStatus : add a bar that progress when job progress1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/2Analyser le fasta avant de lancer l'alignement pour éviter les traitements tr...2018-01-25T15:34:56+01:00Floreal CabanettesAnalyser le fasta avant de lancer l'alignement pour éviter les traitements trop longs ou donnant des résultats inexploitablesÉviter d'avoir trop de contigs de petite taille. Il faudra faire des tests pour définir les valeurs limitesÉviter d'avoir trop de contigs de petite taille. Il faudra faire des tests pour définir les valeurs limites1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanettes2018-01-19https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/20Ménage2017-11-20T11:10:07+01:00Floreal CabanettesMénageRemove old jobs (and failed jobs?)Remove old jobs (and failed jobs?)1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/3Ajouter la possibilité de sélectionner la zone à afficher à partir de 2 listes2017-10-27T10:57:04+02:00Floreal CabanettesAjouter la possibilité de sélectionner la zone à afficher à partir de 2 listesLes 2 listes sont ajoutées dans le bandeau à droite (ou peut être placé en bas éventuellement)Les 2 listes sont ajoutées dans le bandeau à droite (ou peut être placé en bas éventuellement)1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/1Permettre l'input d'un seul fasta et faire de l'auto-alignement2017-10-26T18:14:16+02:00Floreal CabanettesPermettre l'input d'un seul fasta et faire de l'auto-alignementUtiliser l'option minimap :
-X skip self and dual mappings (for the all-vs-all mode)Utiliser l'option minimap :
-X skip self and dual mappings (for the all-vs-all mode)1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/28Gérer les erreurs d'upload2017-11-03T18:23:43+01:00Floreal CabanettesGérer les erreurs d'uploadEn cas d'erreur tout plante et c'est le drame :(En cas d'erreur tout plante et c'est le drame :(1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/6Réglette intensité des limites de chromosomes2017-10-26T17:18:30+02:00Floreal CabanettesRéglette intensité des limites de chromosomesPour changer l'intensité de ces limitesPour changer l'intensité de ces limites1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/4Bug de la stroke width des maps lors du changement d'identité minimale2017-10-26T16:42:14+02:00Floreal CabanettesBug de la stroke width des maps lors du changement d'identité minimaleSi on a sélectionné une zone et qu'on change l'identité minimale, l'épaisseur des traits devient incorrecte.Si on a sélectionné une zone et qu'on change l'identité minimale, l'épaisseur des traits devient incorrecte.1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/26Add max size for files and check it2017-12-18T11:17:33+01:00Floreal CabanettesAdd max size for files and check it1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/5Trier les zones2017-10-25T11:45:22+02:00Floreal CabanettesTrier les zonesTrier les zones pour les mettre dans l'ordre des maps.
Tri par poids moyen : carré de la taille, pondérer en fonction de la qualité.Trier les zones pour les mettre dans l'ordre des maps.
Tri par poids moyen : carré de la taille, pondérer en fonction de la qualité.1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/12Export : build fasta with sorted and re-ordonned (reversed or not) contigs2017-11-16T17:36:08+01:00Floreal CabanettesExport : build fasta with sorted and re-ordonned (reversed or not) contigsBuild it when we sort or flip contigs. Add it to export options thenBuild it when we sort or flip contigs. Add it to export options then1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/10Add results to menu2017-10-26T18:14:02+02:00Floreal CabanettesAdd results to menuLes résultats sont ajoutés au menu "Results" quand ils sont chargés. Ils sont sauvés en cookies, et rechargés ensuite à partir des cookies.Les résultats sont ajoutés au menu "Results" quand ils sont chargés. Ils sont sauvés en cookies, et rechargés ensuite à partir des cookies.1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/42Check extensions of files before upload (for local files)2017-11-06T11:11:56+01:00Floreal CabanettesCheck extensions of files before upload (for local files)Couldn't be done for URLs as we not always know name of files from URLCouldn't be done for URLs as we not always know name of files from URL1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanettes