D-GENIES issueshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues2017-11-17T11:10:06+01:00https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/81Disable sort on all-vs-all mode2017-11-17T11:10:06+01:00Floreal CabanettesDisable sort on all-vs-all mode1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/33Distribution du programme2018-02-22T10:56:13+01:00Floreal CabanettesDistribution du programmeMettre à disposition l'outil :
- Via PIP
- Via AnacondaMettre à disposition l'outil :
- Via PIP
- Via Anaconda1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/39Do the index after the map, if this one has not failed2017-11-03T16:09:28+01:00Floreal CabanettesDo the index after the map, if this one has not failed1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/110Download of query: remove contigs not present in the index2018-01-29T16:06:39+01:00Floreal CabanettesDownload of query: remove contigs not present in the indexBecause they has been filtered outBecause they has been filtered out1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanettes2018-02-02https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/123Ease integration of a new tool2018-04-03T13:11:55+02:00Floreal CabanettesEase integration of a new tool1.1Floreal CabanettesFloreal Cabanettes2018-04-06https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/108Error: MySQL server has gone away2018-01-29T11:58:46+01:00Floreal CabanettesError: MySQL server has gone awayHappens after 1 day. We must restart mysql and apache to restore the website.Happens after 1 day. We must restart mysql and apache to restore the website.1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanettes2018-01-26https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/35Export : ajout de l'export d'un tableau contenant les correspondances query-t...2017-11-20T16:13:19+01:00Floreal CabanettesExport : ajout de l'export d'un tableau contenant les correspondances query-target sur la diagonaleOption disponible que si le tri des contigs a été effectuéOption disponible que si le tri des contigs a été effectué1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/12Export : build fasta with sorted and re-ordonned (reversed or not) contigs2017-11-16T17:36:08+01:00Floreal CabanettesExport : build fasta with sorted and re-ordonned (reversed or not) contigsBuild it when we sort or flip contigs. Add it to export options thenBuild it when we sort or flip contigs. Add it to export options then1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/36Export : exporter les contigs assemblés selon la référence2018-02-06T11:39:52+01:00Floreal CabanettesExport : exporter les contigs assemblés selon la référenceOn assemble les contigs qui se suivent dans le chromosome (on prend la diagonale), séparés entre eux (dans le même chromosome) de 100N. Pas de N entre les contigs associés à 2 chromosomes différents.
On se retrouve avec autant de "conti...On assemble les contigs qui se suivent dans le chromosome (on prend la diagonale), séparés entre eux (dans le même chromosome) de 100N. Pas de N entre les contigs associés à 2 chromosomes différents.
On se retrouve avec autant de "contigs assemblés" que de chromosomes1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/85Export association table : add info of reverse2017-11-20T17:44:33+01:00Floreal CabanettesExport association table : add info of reverse+ if not reverse, - else+ if not reverse, - else1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/75Export pictures with current zoom applied2018-04-11T17:48:51+02:00Floreal CabanettesExport pictures with current zoom appliedUntil now, we export the picture by rest scale. Do it without that. Needs to be re-draw, do not use the scale.Until now, we export the picture by rest scale. Do it without that. Needs to be re-draw, do not use the scale.1.1Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/106Fix big data in all-vs-all mode2018-02-05T17:09:07+01:00Floreal CabanettesFix big data in all-vs-all modeIn all-vs-all mode (only target is given), no split is done. Probably for that reason, we need too much memory and time...
Solutions:
- Limit all-vs-all mode to small or medium analysis (done in 1/2 h)
- Split target (so target and quer...In all-vs-all mode (only target is given), no split is done. Probably for that reason, we need too much memory and time...
Solutions:
- Limit all-vs-all mode to small or medium analysis (done in 1/2 h)
- Split target (so target and query [the same as the target] will be splitted... We must change the code to take that in account: needs more work (1/2 day)1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanettes2018-02-02https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/27Fix bug on small screens for run page2017-11-03T18:06:46+01:00Floreal CabanettesFix bug on small screens for run pageUse a table (responsive with bootstrap) instead of bootstrap divs #beurkUse a table (responsive with bootstrap) instead of bootstrap divs #beurk1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/8Fix window resize2017-10-26T16:12:16+02:00Floreal CabanettesFix window resizeLorsqu'on agrandit la zone de dessin plus que la taille d'origine, la barre de droite part en bas. Ce n'est pas attendu.Lorsqu'on agrandit la zone de dessin plus que la taille d'origine, la barre de droite part en bas. Ce n'est pas attendu.1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/40Formulaire de contact2018-02-19T16:39:55+01:00Floreal CabanettesFormulaire de contactC'est quand même mieux qu'un mailto x)C'est quand même mieux qu'un mailto x)1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/28Gérer les erreurs d'upload2017-11-03T18:23:43+01:00Floreal CabanettesGérer les erreurs d'uploadEn cas d'erreur tout plante et c'est le drame :(En cas d'erreur tout plante et c'est le drame :(1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/43Handle memory exception from minimap2017-11-17T17:22:28+01:00Floreal CabanettesHandle memory exception from minimapAs minimap says there is a lack of memory, report it to the user (not directly it, say to it its data are too big...)As minimap says there is a lack of memory, report it to the user (not directly it, say to it its data are too big...)1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/31Identité : faire en absolu2017-11-02T17:51:43+01:00Floreal CabanettesIdentité : faire en absoluLes limites deviennent :
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Corriger les couleurs en correspondanceLes limites deviennent :
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- 1
Corriger les couleurs en correspondance1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/72If more than 75% of contigs have length < 1% of the full fasta, do the sort a...2018-01-29T18:17:18+01:00Floreal CabanettesIf more than 75% of contigs have length < 1% of the full fasta, do the sort automaticallyChange borns if necessary!Change borns if necessary!1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanetteshttps://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/dgenies/-/issues/41If we have too small blocks on contigs or target, too much memory used becaus...2017-11-03T16:01:46+01:00Floreal CabanettesIf we have too small blocks on contigs or target, too much memory used because of too much break linesNe pas afficher les lignes de séparation si le bloc est trop petit. On peut afficher un cadre gris sur le côté pour le mentionnerNe pas afficher les lignes de séparation si le bloc est trop petit. On peut afficher un cadre gris sur le côté pour le mentionner1.0Floreal CabanettesFloreal Cabanettes