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GitLab

Commit 4a643d5f authored by Elise Maigne's avatar Elise Maigne
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commit last changes of old repo

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Pipeline #49515 passed with stage
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presentation.Rmd
View file @ 4a643d5f
......@@ -30,7 +30,6 @@ style_mono_light(
link_color = "#ff0f87"
)
```
class: center, middle
# git c'est quoi ?
......@@ -153,12 +152,10 @@ gitsteps <- DiagrammeR::grViz("
bgcolor = '#EAEAEA'
edge [minlen = 3]
node [fontsize=40 shape=cylinder style=filled color='#822744' fillcolor='#c98399' fontcolor='#822744' width=2 height=1.5 penwidth=4]
workdir [label=<working<br/>directory>]
node [fontsize=40 shape=cylinder style=filled color='#595959' fillcolor='#ededed' fontcolor='#595959' width=2 height=1.5 penwidth=4]
workdir [label=<working<br/>directory>, shape=folder]
local [label=<local<br/>repository>]
remote [label=<remote<br/>repository>]
node [fontcolor='#595959' color='#595959' fillcolor = '#ededed']
stage [label=<stage<br/>(index)> penwidth=0.5]
workdir -> stage -> local -> remote
}
......@@ -181,7 +178,7 @@ gitsteps <- DiagrammeR::grViz("
node [fontsize=40 shape=cylinder style=filled fontcolor='#595959' color='#595959' fillcolor = '#ededed' width=2 height=1.5 penwidth=4]
local [label=<local<br/>repository>]
remote [label=<remote<br/>repository>]
workdir [label=<working<br/>directory>]
workdir [label=<working<br/>directory>, shape=folder]
stage [label=<stage<br/>(index)> penwidth=0.5]
workdir -> stage -> local -> remote
}
......@@ -218,7 +215,7 @@ gitsteps <- DiagrammeR::grViz("
node [fontsize=40 shape=cylinder style=filled fontcolor='#595959' color='#595959' fillcolor = '#ededed' width=2 height=1.5 penwidth=4]
local [label=<local<br/>repository>]
remote [label=<remote<br/>repository>]
workdir [label=<working<br/>directory>]
workdir [label=<working<br/>directory>, shape=folder, color='#822744', fillcolor='#c98399', fontcolor='#822744']
stage [label=<stage<br/>(index)> penwidth=0.5]
workdir -> stage -> local -> remote
}
......@@ -256,8 +253,8 @@ gitsteps <- DiagrammeR::grViz("
node [fontsize=40 shape=cylinder style=filled fontcolor='#595959' color='#595959' fillcolor = '#ededed' width=2 height=1.5 penwidth=4]
local [label=<local<br/>repository>]
remote [label=<remote<br/>repository>]
workdir [label=<working<br/>directory>]
stage [label=<stage<br/>(index)> penwidth=0.5]
workdir [label=<working<br/>directory>, shape=folder]
stage [label=<stage<br/>(index)> penwidth=0.5, color='#822744', fillcolor='#c98399', fontcolor='#822744']
workdir -> stage -> local -> remote
}
")
......@@ -296,9 +293,9 @@ gitsteps <- DiagrammeR::grViz("
edge [minlen = 3]
node [fontsize=40 shape=cylinder style=filled fontcolor='#595959' color='#595959' fillcolor = '#ededed' width=2 height=1.5 penwidth=4]
local [label=<local<br/>repository>]
local [label=<local<br/>repository>, color='#822744', fillcolor='#c98399', fontcolor='#822744']
remote [label=<remote<br/>repository>]
workdir [label=<working<br/>directory>]
workdir [label=<working<br/>directory>, shape=folder]
stage [label=<stage<br/>(index)> penwidth=0.5]
workdir -> stage -> local -> remote
}
......@@ -340,8 +337,8 @@ gitsteps <- DiagrammeR::grViz("
node [fontsize=40 shape=cylinder style=filled fontcolor='#595959' color='#595959' fillcolor = '#ededed' width=2 height=1.5 penwidth=4]
local [label=<local<br/>repository>]
remote [label=<remote<br/>repository>]
workdir [label=<working<br/>directory>]
remote [label=<remote<br/>repository>, color='#822744', fillcolor='#c98399', fontcolor='#822744']
workdir [label=<working<br/>directory>, shape=folder]
stage [label=<stage<br/>(index)> penwidth=0.5]
workdir -> stage -> local -> remote
}
......@@ -434,7 +431,7 @@ gitsteps <- DiagrammeR::grViz("
bgcolor = '#EAEAEA';
edge [minlen = 3]
node [fontsize=40 shape=cylinder style=filled color='#822744' fillcolor='#c98399' fontcolor='#822744' width=2 height=1.5 penwidth=4]
workdir [label=<working<br/>directory>]
workdir [label=<working<br/>directory>, shape=folder]
stage [label=<stage<br/>(index)> penwidth=0.5]
local [label=<local<br/>repository>]
node [fontcolor='#595959' color='#595959' fillcolor = '#ededed']
......@@ -469,7 +466,7 @@ gitsteps <- DiagrammeR::grViz("
remote [label=<remote<br/>repository>]
node [fontcolor='#595959' color='#595959' fillcolor = '#ededed']
workdir [label=<working<br/>directory>]
workdir [label=<working<br/>directory>, shape=folder]
stage [label=<stage<br/>(index)> penwidth=0.5]
workdir -> stage -> local [style=invis]
......@@ -494,7 +491,7 @@ gitsteps <- DiagrammeR::grViz("
edge [minlen = 3]
node [fontsize=40 shape=cylinder style=filled color='#822744' fillcolor='#c98399' fontcolor='#822744' width=2 height=1.5 penwidth=4]
workdir [label=<working<br/>directory>]
workdir [label=<working<br/>directory>, shape=folder]
local [label=<local<br/>repository>]
remote [label=<remote<br/>repository>]
......@@ -629,9 +626,42 @@ git checkout mabranche
git merge main
```
--
#### Les conflits
Si un fichier est modifié 2 fois au même endroit.
```{bash, eval=FALSE}
Il faut choisir entre les 2 versions pour pouvoir finaliser le merge
```{r, echo=FALSE, fig.height=4, fig.width=12}
gitconflict <- DiagrammeR::grViz("
digraph {
rankdir='LR';
forcelabels=true;
bgcolor='transparent';
node[width=0.15, height=0.15, shape=circle, color='#822744', fillcolor='#822744', fontsize=8, style=filled, fontcolor='#822744'];
edge[weight=2, arrowhead=none, color='#822744'];
node[group=master];
1 -> 2 -> 3;
6 [label=< <B>/!\\</B> >, color='#ff0000', fillcolor = '#ff0000', fontcolor='#ffffff']
3 -> 6
node[group=branch];
2 -> 4 -> 5 -> 6
label3 [shape='box', label='ligne 30: je change ça', fillcolor='transparent', color='transparent', fontcolor='#000000']
label3 -> 3 [color='black', minlen=0.2]
label4 [shape='box', label='ligne 30: je change ci', fillcolor='transparent', color='transparent', fontcolor='#000000']
label4 -> 4 [color='black', minlen=1]
label6 [shape='box', label=<Je ne suis qu\'un logiciel,<BR/>je ne sais pas quoi choisir !>, fillcolor='transparent', color='transparent', fontcolor='#000000']
6 -> label6 [color='black', minlen=0.2]
}")
widgetframe::frameableWidget(gitconflict)
```
---
# Les branches
#### A quoi ressemble un conflit ?
```{bash, eval=FALSE}
<<<<<<< HEAD:fichier.R
J'avais mis ça avant dans une branche
======
......@@ -639,10 +669,8 @@ Et maintenant j'ai ça, je ne suis qu'un logiciel je ne sais pas quoi faire
>>>>>>> iss53:fichier.R
```
Il faut choisir entre les 2 versions pour pouvoir finaliser le merge
--
---
# Les branches
#### Merge request/pull request (sur une forge)
Crée une demande de rajout de code.
......@@ -656,7 +684,6 @@ Superviser les "merge" à l'intérieur d'un projet ou permet à une personne ext
Vocabulaire : `merge request` chez GitLab VS `pull request` chez GitHub
---
# Les forges à votre disposition
......@@ -672,33 +699,148 @@ Vocabulaire : `merge request` chez GitLab VS `pull request` chez GitHub
---
## Possibilités (pour des statisticiens)
# Possibilités (pour des statisticiens)
#### Publication/partage du code
```{css, echo = FALSE}
.tiny .remark-code { /*Change made here*/
font-size: 70% !important;
}
```
--
.left-column[
- .h3space[Publication, Partage du code]
#### Nouvelle branche = une nouvelle méthode/nouvelle hypothèse/nouveau jeu de données
- **Branches**
--
- **GitLab pages, GitHub pages**
#### GitLab pages/GitHub pages
Faire des sites webs très facilement ! avec juste un fichier [yml](#yml) à la racine du dépôt
- **CI/CD (integration continue)**
Exemple : j'ai un projet qui crée un fichier html à l'aide de Rmarkdown. --> Si j'active gitlab pages je peux en faire un site web.
(exemple : https://elise.maigne.pages.mia.inra.fr/2021_git/index.html)
- **Enseignement**
]
--
.right-column[
</br>
Code bien identifié, accessible via une url.
Ne pas oublier le README à la racine !
Transparence et visibilité.
]
---
# Possibilités (pour des statisticiens)
.left-column[
- **Publication, partage du code**
- .h3space[Branches]
- **GitLab pages, GitHub pages**
- **CI/CD (integration continue)**
- **Enseignement**
]
.right-column[
</br></br></br>
Se servir des branches pour tester :
- une nouvelle méthode,
- une hypothèse différente,
- un nouveau jeu de données
]
---
# Possibilités (pour des statisticiens)
.left-column[
- **Publication, partage du code**
- **Branches**
#### CI/CD (integration continue)
Compiler ses Rmd automatiquement.
- .h3space[GitLab pages, GitHub pages]
- **CI/CD (integration continue)**
- **Enseignement**
]
Faire des tests automatiques (ex. `R cmd CHECK`).
.right-column[
</br>
Faire des sites webs très facilement avec :
- un code qui génère un html (ou un html dans mon dépôt)
- et juste un fichier [yml](#yml) à la racine du dépôt
(exemple : https://elisemaigne.pages.mia.inra.fr/2021_git/index.html)
]
--
.right-column[
#### Exemple de fichier yml (nom de fichier = ".gitlab-ci.yml") :
#### Enseignement
Un projet "principal" forké (`git fork`) par les étudiants qui partent de la même copie et faire leurs propres modifications, indépendemment les un des autres.
.tiny[
```{yml, eval=FALSE}
pages:
stage: deploy
# Je place le nécessaire dans un dossier public/
script:
- mkdir public
- cp -r presentation/* public
artifacts:
paths:
- public
# Je fais tout ça uniquement sur la branche main
only:
- main
```
]
]
---
# Possibilités (pour des statisticiens)
.left-column[
- **Publication, partage du code**
- **Branches**
- **GitLab pages, GitHub pages**
- .h3space[CI/CD (integration continue)]
- **Enseignement**
]
.right-column[
</br></br></br></br></br></br></br></br>
Compiler ses rapports automatiquement.
Faire des tests automatiques (ex. `R cmd CHECK`, lancer des tests unitaires, ...).
Attention, c'est fait à chaque "push" --> Est-ce toujours utile ?
]
---
# Possibilités (pour des statisticiens)
.left-column[
- **Publication, partage du code**
- **Branches**
- **GitLab pages, GitHub pages**
- **CI/CD (integration continue)**
- .h3space[Enseignement]
]
.right-column[
</br></br></br></br></br></br></br></br></br></br></br></br></br>
Un projet "principal" forké (`git fork`) par les étudiants qui partent de la même copie et peuvent faire leurs propres modifications, indépendemment les un des autres.
]
---
## Vocabulaire
......
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