__default__ : mem : "8G" cpu : 8 time : "24:00:00" partition : workq convertPhred: cpu : 1 trim_se : cpu : 1 trim_pe : cpu : 1 log_merge_trim: cpu : 1 time : "1:00:00" star_index_pass1 : mem : "18G" star_aln_pass1 : mem : "12G" star_index_pass2 : mem : "18G" star_aln_pass2 : mem : "12G" log_merge_STAR: cpu : 1 time : "1:00:00" clean_SAM : cpu : 1 mem: "12G" add_RG : cpu : 1 mem: "12G" merge_bam_star2 : cpu : 1 remove_multimap : cpu : 1 rsem_count: mem : "10G" merge_rsem : cpu : 1 time : "1:00:00" merge_bam : cpu : 1 markdup : cpu : 1 mem: "15G" SplitNCigarReads : cpu : 1 mem : "30G" RealignerTargetCreator : cpu : 1 mem : "30G" IndelRealigner : cpu : 1 mem : "30G" BaseRecalibrator : cpu : 1 mem : "30G" PrintReads : cpu: 1 mem : "30G" individual_gVCF_HaplotypeCaller : cpu: 1 mem : "30G" time : "72:00:00" genotypeGVCF : cpu: 1 mem : "60G" time : "96:00:00" selectVariant : cpu : 1 mem : "20G"