Update R/biogrid_window_opt.R, R/build_network_window.R, R/methods.R

R/biogrid_window_opt.R

@@ -98,9 +98,27 @@ format_database = function(organism,organismID, putative, file, uniprot, pathrac
   file.remove(path.copy)
   
   # Lecture du thesaurus
-  thesaurus <- read.delim(file = sortie, header = T, sep = "\t")
-  thesaurus <- as.matrix(thesaurus)
+  thesaurus2 <- read.delim(file = sortie, header = T, sep = "\t")
+  thesaurus2 <- as.matrix(thesaurus2)
   file.remove(sortie)
+
+  thesaurus = thesaurus_data[,-c(4,6,7,8)]
+
+
+
+  thesaurus[,3] = thesaurus_data[,5]
+  colnames(thesaurus)[3] = colnames(thesaurus_data)[5]
+
+
+
+
+  thesaurus[,4] = thesaurus_data[,3]
+  colnames(thesaurus)[4] = colnames(thesaurus_data)[3]
+
+
+  thesaurus <- as.matrix(thesaurus)
+
+  thesaurus = thesaurus[!is.na(thesaurus[,2]),]
   
   cat("OK\n>Loading database ... ")
   

R/build_network_window.R

@@ -213,16 +213,17 @@ build_network = function(organism, db, ipl, th, method, degree, remove.sdi, remo
   # Visualisation de la progression des corrections
   cat ( '\n>Autocorrection' )
   cat ( '\n' )
+  data2 <<- data
   pb1 <<- txtProgressBar(min = 0, max = dim(data)[1], style = 3)
   nbpassage<<-0
   nf<<-c()
-  apply(data,1,cherche_uniprotID,data=data,thesaurus=thesaurus)
+  apply(data2,1,cherche_uniprotID,data=data2,thesaurus=thesaurus)
   not_founds<-nf
   
   
   
   # Memorisation du nouveau reseau (correction avec le thesaurus)
-  network2 <- data
+  network2 <- data2
   
   ### Toutes les corrections automatiques sont faites sur le reseau ###
   

R/methods.R

@@ -96,15 +96,39 @@ DataBases<-function(Final.List.Redondant){
 }
 
 
-search_id <- function(cible, thesaurus) {
+search_id <- function(cible, thesaurus, interactor) {
   
+  cible = as.vector(cible)
   
   
-  # Recherche de la cible dans tout le thesaurus pour associer le bon UniprotID avec le nom de la proteine et le nom du gene
+  if(interactor == 1) {
+    
+    uid = cible[4]
+    alias = cible[1]
+    genename = cible[11]
+    
+  }
+  
+  if(interactor == 2) {
+    
+    uid = cible[5]
+    alias = cible[2]
+    genename = cible[12]
+    
+  }
   
+  print(uid)
+  print(alias)
+  print(genename)
+  
+  
+  # Recherche de la cible dans tout le thesaurus pour associer le bon UniprotID avec le nom de la proteine et le nom du gene
+
   # On regarde si la cible peut etre un ID-isoforme pour cherche l'ID seul dans le thesaurus : UniprotID ou OldID
-  CIBLE <- unlist(strsplit(cible, "-"))
+  CIBLE <- unlist(strsplit(uid, "-"))
+  
   ciblePrincipale <- CIBLE[1]
+  
   if (length(CIBLE[]) > 1) {
     complementCible <- paste('-', CIBLE[2], sep = '')
   }
@@ -127,12 +151,13 @@ search_id <- function(cible, thesaurus) {
   #   }
   # }
   
+  
   resultat = grep(pattern = ciblePrincipale, x = thesaurus[,1])
   
   if (length(resultat) != 0) {
     resultat = c(thesaurus[resultat,1], thesaurus[resultat,5], thesaurus[resultat,3])
   } else {
-    resultat = grep(pattern = ciblePrincipale, x = thesaurus[,5])
+    resultat = grep(pattern = alias, x = thesaurus[,5])
     if (length(resultat) != 0) {
       resultat = c(thesaurus[resultat,1], thesaurus[resultat,5], thesaurus[resultat,3])
     } else {
@@ -148,7 +173,7 @@ search_id <- function(cible, thesaurus) {
           if (length(resultat) != 0) {
             resultat = c(thesaurus[resultat,1], thesaurus[resultat,5], thesaurus[resultat,3])
           } else {
-            resultat = grep(pattern = ciblePrincipale, x = thesaurus[,3])
+            resultat = grep(pattern = genename, x = thesaurus[,3])
             if (length(resultat) != 0) {
               resultat = c(thesaurus[resultat,1], thesaurus[resultat,5], thesaurus[resultat,3])
             }
@@ -163,6 +188,7 @@ search_id <- function(cible, thesaurus) {
 
 
 
+
 ############################################################################################
 
 recup_ppi <- function(inputListFile, Base, remove_degree = 0) {
@@ -994,7 +1020,7 @@ update_db <- function(db, resume, os, Os, organism.path) {
 # fonction de recherche de l'uniprot ID de reference et association du bon nom de proteine et de gene
 cherche_uniprotID<-function(data_i,data,thesaurus){
   # Colonne A
-  resultatA <- search_id(data_i[4],thesaurus)
+  resultatA <- search_id(data_i,thesaurus, interactor = 1)
   if (length(resultatA) == 3) {
     ID <- resultatA[1]
     Proteine <- resultatA[2]
@@ -1014,7 +1040,7 @@ cherche_uniprotID<-function(data_i,data,thesaurus){
   }
   
   # Colonne B
-  resultatB <- search_id(data_i[5], thesaurus)
+  resultatB <- search_id(data_i, thesaurus, interactor = 2)
   if (length(resultatB) == 3) {
     ID <- resultatB[1]
     Proteine <- resultatB[2]
@@ -1034,6 +1060,7 @@ cherche_uniprotID<-function(data_i,data,thesaurus){
     nf <<- rbind(nf, not_found)
   }
   nbpassage<<-nbpassage+1
+  data2[nbpassage,]<<- data_i
   setTxtProgressBar(pb1, nbpassage)
 }